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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8zqf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a novel alginate-binding carbohydrate binding module | ||||||
要素 | Alginate lyase | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / A novel alginate-binding carbohydrate binding module | ||||||
機能・相同性 | PL-6 family / Chondroitinase B / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / lyase activity / Alginate lyase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Vibrio breoganii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Mei, X.W. / Tao, W.W. / Chang, Y.G. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of a novel alginate-binding carbohydrate binding module 著者: Mei, X.W. / Tao, W.W. / Chang, Y.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8zqf.cif.gz | 63.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8zqf.ent.gz | 43.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8zqf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/8zqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/8zqf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23455.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio breoganii (バクテリア) / 遺伝子: A6E01_07505 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A193KCC3 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.58 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.1 M DL-Malic acid pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97907 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97907 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→19.37 Å / Num. obs: 30419 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.129 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 196600 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.231 / Num. measured all: 9936 / Num. unique obs: 1471 / CC1/2: 0.966 / Rpim(I) all: 0.096 / Rrim(I) all: 0.251 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I) obs: 9.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→19.37 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.88 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.37 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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