PDB-8zoz: Crystal structure of the complex of glyceraldehyde-3-phosphate de...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zoz

タイトル

Crystal structure of the complex of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase of type B from Acinetobacter baumannii with Adenosine monophosphate at 3.20 A resolution.

要素

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Pahuja, P. / Viswanathan, V. / Kumari, A. / Singh, A. / Kumar, A. / Sharma, P. / Chopra, S. / Sharma, S. / Raje, C.I. / Singh, T.P.

資金援助

インド, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the complex of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase of type B from Acinetobacter baumannii with Adenosine monophosphate at 3.20 A resolution.
著者: Pahuja, P. / Viswanathan, V. / Kumari, A. / Singh, A. / Kumar, A. / Sharma, P. / Chopra, S. / Sharma, S. / Raje, C.I. / Singh, T.P.

履歴

登録	2024年5月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zoz.cif.gz	287.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zoz.ent.gz	225.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zoz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/8zoz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/8zoz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (9) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (9)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

C: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

D: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

154 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	147.509, 167.732, 150.726
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-403- SO4

#1: タンパク質	Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 分子量: 38062.383 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: epd, gap, A7M90_08740, Aba7835_13565, ABCAM1_1226, ABR2091_1144, APD17_19525, AYR68_05750, B7L45_13105, B9W25_17760, C2U32_02225, CAS83_00220, CBL15_12235, CTZ19_12640, D8O08_008145, DLI71_ ...遺伝子: epd, gap, A7M90_08740, Aba7835_13565, ABCAM1_1226, ABR2091_1144, APD17_19525, AYR68_05750, B7L45_13105, B9W25_17760, C2U32_02225, CAS83_00220, CBL15_12235, CTZ19_12640, D8O08_008145, DLI71_18430, EA706_09520, EA720_004470, EGM95_14355, F4T85_07645, FDN00_13975, FE003_13215, FJU42_18405, FJV09_11310, GSE42_06795, HBK86_03865, IAG11_16195, SAMEA4394745_03679 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A059ZTK9, 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.83 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2M MgSo4. 6H2O, 0.1M HEPES sodium (pH 7.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.87313 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→89.26 Å / Num. obs: 30330 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 12.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.23 / R_pim(I) all: 0.069 / R_rim(I) all: 0.24 / Net I/σ(I): 7.9
反射シェル	解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 2.39 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4487 / CC_1/2: 0.86 / R_pim(I) all: 0.757 / R_rim(I) all: 2.51 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.2→84.007 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 41.213 / SU ML: 0.613 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.561 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2793	1202	3.967 %
R_work	0.2012	29101	-
all	0.204	-	-
obs	-	30303	97.181 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 129.269 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	12.992 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-18.822 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.831 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→84.007 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10716	0	122	89	10927

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	11092
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	10547
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.112	1.794	15103
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.402	1.762	24191
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.284	5	1366
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.483	5	71
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.853	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.152	10	1861
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.489	10	507
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.05	0.2	1773
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	13011
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2529
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	2311
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.212	0.2	10474
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	5297
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	5761
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	317
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.027	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.148	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.224	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.172	12.78	5467
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.172	12.78	5467
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	11.256	22.958	6832
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	11.256	22.959	6833
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.01	13.562	5625
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.007	13.561	5621
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.558	24.663	8271
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	11.557	24.662	8266
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	15.651	118.855	11985
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	15.651	118.873	11985

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.2-3.283	0.502	100	0.464	2194	0.465	2300	0.792	0.816	99.7391	0.447
3.283-3.373	0.412	91	0.433	2092	0.432	2192	0.773	0.814	99.5894	0.404
3.373-3.47	0.387	88	0.387	2060	0.387	2155	0.835	0.843	99.6752	0.35
3.47-3.577	0.347	80	0.349	2010	0.349	2097	0.869	0.878	99.6662	0.318
3.577-3.694	0.388	71	0.319	1970	0.322	2048	0.876	0.9	99.6582	0.288
3.694-3.824	0.308	70	0.268	1889	0.269	1960	0.917	0.944	99.949	0.245
3.824-3.968	0.311	38	0.204	1049	0.208	1893	0.924	0.964	57.4221	0.177
3.968-4.129	0.273	81	0.173	1754	0.177	1840	0.95	0.973	99.7283	0.154
4.129-4.312	0.281	81	0.148	1679	0.154	1771	0.943	0.982	99.3789	0.134
4.312-4.522	0.193	59	0.131	1607	0.133	1674	0.968	0.987	99.5221	0.118
4.522-4.766	0.229	67	0.119	1528	0.124	1597	0.963	0.99	99.8748	0.111
4.766-5.054	0.188	62	0.119	1475	0.122	1537	0.974	0.993	100	0.111
5.054-5.402	0.17	48	0.127	1398	0.128	1447	0.98	0.992	99.9309	0.12
5.402-5.833	0.26	59	0.169	1271	0.174	1331	0.958	0.986	99.9249	0.158
5.833-6.386	0.334	43	0.183	1201	0.188	1244	0.933	0.983	100	0.173
6.386-7.135	0.248	43	0.156	1080	0.16	1123	0.963	0.983	100	0.149
7.135-8.229	0.279	45	0.149	964	0.155	1009	0.954	0.985	100	0.15
8.229-10.054	0.222	31	0.128	836	0.131	867	0.973	0.994	100	0.132
10.054-14.118	0.185	27	0.168	657	0.169	685	0.982	0.991	99.854	0.174
14.118-84.007	0.436	18	0.329	387	0.333	410	0.948	0.939	98.7805	0.309

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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