PDB-8zoj: The crystal structure of YegTK267A from the Nucleoside: H+ Sympor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zoj

タイトル

The crystal structure of YegTK267A from the Nucleoside: H+ Symporter Family

要素

Putative nucleoside transporter YegT

キーワード

TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

cytidine transmembrane transporter activity / uridine transmembrane transporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.913 Å

データ登録者

Xiao, Q.J. / Deng, D.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Mechanistic insights into proton-coupled substrate translocation of nucleoside proton symporters.
著者: Xiao, Q. / Chen, X. / Wang, C. / He, Y. / Deng, D. / Sun, B.

履歴

登録	2024年5月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zoj.cif.gz	322.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zoj.ent.gz	264.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zoj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/8zoj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/8zoj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (4) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (3) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (3) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (4)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (3)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (3)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Putative nucleoside transporter YegT

A: Putative nucleoside transporter YegT

ヘテロ分子

97.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.769, 58.212, 105.076
Angle α, β, γ (deg.)	77.85, 81.30, 68.46
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Putative nucleoside transporter YegT 分子量: 47330.691 Da / 分子数: 2 / 変異: K267A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 遺伝子: yegT, b2098, JW2085 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P76417
#2: 化合物	ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト分子量: 356.540 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法詳細: 0.1 M MES (pH=5.8), 0.1 M Li2SO4, 0.1 M glycine, and 26% PEG550MME

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: NFPSS

/ ビームライン: BL18U / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.91→50 Å / Num. obs: 20090 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.43 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_rim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 4.03

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
2.91-3.09	1.594	1006	0.127	0.929	1
3.09-3.3	0.604	1015	0.307	0.712	1
3.3-3.56	0.481	861	0.69	0.681	1
3.56-3.9	0.228	788	0.929	0.323	1
3.9-4.36	0.136	704	0.956	0.193	1
4.36-5.02	0.083	596	0.985	0.118	1
5.02-6.13	0.089	514	0.979	0.126	1
6.13-8.59	0.031	358	0.997	0.043	1
8.59-30	0.029	182	0.996	0.04	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.913→39.139 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2619	1967	10.01 %
R_work	0.2413	-	-
obs	0.2434	19644	97.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.913→39.139 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6199	0	165	0	6364

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	6550
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.378	8851
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.948	2238
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	978
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1067

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9132-2.986	0.3189	131	0.3189	1216	X-RAY DIFFRACTION	96
2.986-3.0667	0.3223	153	0.2879	1286	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0667-3.1569	0.3458	124	0.2877	1245	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1569-3.2588	0.3365	152	0.301	1263	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2588-3.3752	0.3563	132	0.2723	1265	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3752-3.5102	0.304	150	0.2604	1276	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5102-3.6699	0.2669	138	0.2432	1254	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6699-3.8632	0.2418	135	0.2408	1314	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8632-4.105	0.2582	143	0.2315	1232	X-RAY DIFFRACTION	99
4.105-4.4216	0.2346	148	0.2225	1295	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4216-4.8658	0.2603	135	0.1979	1238	X-RAY DIFFRACTION	98
4.8658-5.5682	0.2451	139	0.2435	1265	X-RAY DIFFRACTION	99
5.5682-7.0087	0.2568	144	0.2649	1282	X-RAY DIFFRACTION	98
7.0087-39.139	0.2126	143	0.2126	1246	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5035	0.7665	-1.1067	0.1632	-0.097	0.9953	-0.0298	0.0646	0.0605	0.0149	-0.0801	0.54	0.1273	0.0573	0	0.2844	-0.0461	-0.0377	0.3548	-0.0054	0.3549	7.9608	8.8252	56.7476
2	0.028	0.2966	-0.4357	1.3339	0.0421	1.0985	0.1111	-0.0046	0.0667	0.2124	-0.0834	0.1584	0.1306	0.0526	0	0.3376	-0.036	0.0333	0.3731	-0.0125	0.4596	12.7907	6.5094	66.1901
3	0.0966	0.364	0.4655	0.3378	0.0028	0.8442	0.0412	0.0335	0.0579	0.3558	-0.0847	0.1058	-0.0282	-0.0174	-0	0.6657	-0.1376	0.1265	0.5381	-0.0571	0.5035	10.4881	9.5951	78.6519
4	0.2682	0.0558	0.3803	-0.1079	-0.1233	0.2532	0.3525	-0.1699	0.4422	0.2139	-0.4252	1.0582	-0.0867	-0.0778	-0	0.5933	-0.1181	0.2376	0.4796	-0.0459	0.4733	6.894	21.5364	82.3739
5	2.0002	2.001	1.9992	1.9999	1.9988	5.6738	-0.2035	-0.162	0.1929	0.0638	-0.0379	0.1437	-0.073	0.1421	0.0684	1.6247	-0.1118	0.2447	0.7471	0.4567	1.2392	8.8196	-8.1314	92.7548
6	0.2947	-0.4783	0.0406	0.2804	-0.6616	1.1202	0.1066	-0.0063	-0.1046	-0.0133	0.0305	0.1931	-0.1101	-0.0114	-0	0.2836	0.0617	-0.0528	0.3957	0.0227	0.3394	9.2108	6.0748	28.1018
7	0.3696	-0.0993	0.4979	0.0917	0.0937	-0.0835	-0.1178	-0.1193	0.0633	-0.945	0.0699	0.4379	0.002	-0.0517	0	0.6294	-0.046	-0.0009	0.4519	0.0378	0.541	5.1288	10.6553	38.9127
8	0.51	-0.0716	0.8959	-0.0156	0.5379	0.8097	0.0207	-0.0532	-0.1442	-0.2708	-0.0981	-0.0444	-0.3366	-0.0836	0	0.351	0.0292	0.042	0.4152	0.0275	0.4605	12.7645	13.591	28.0081
9	-0.4419	0.3732	0.1575	1.5728	0.5275	0.9094	-0.0566	-0.1646	0.0576	-0.204	-0.0542	0.1752	0.0317	-0.0328	0	0.297	0.0725	-0.0697	0.3897	-0.023	0.4301	9.7565	7.069	22.1398
10	-0.2041	-0.7887	0.1703	0.0591	-0.282	0.2395	0.0877	-0.1614	0.415	-0.6148	-0.3774	-0.2524	0.1935	-0.0572	-0	0.6574	0.1157	-0.0768	0.3824	0.0369	0.5597	18.6571	8.3646	7.3086
11	0.0408	0.4021	-0.4048	0.236	-0.8524	0.6935	0.049	0.1073	0.0852	-0.5674	-0.0464	0.1114	-0.1868	-0.022	0	0.6855	0.0685	-0.123	0.5221	-0.0208	0.6043	12.1935	10.7147	10.5589
12	-0.08	-0.4548	-0.0106	0.1289	0.9202	0.495	0.2413	-0.3366	-0.2504	-1.014	-0.3793	0.2717	0.2207	-0.1471	0	0.5604	0.165	-0.1915	0.3988	-0.1295	0.4929	4.3236	-4.8379	8.9133
13	6.2558	2.0003	-2.2714	2	-3.0207	2.5388	0.2345	0.0573	-0.2308	0.3236	-0.1519	-0.4133	0.015	-0.0514	-0.0354	1.7986	-0.1712	0.4524	0.6797	0.3669	0.3568	7.3849	25.0603	-4.3295

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 1 through 90 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 91 through 269 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 270 through 364 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 365 through 401 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 402 through 403 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 1 through 60 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 61 through 90 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 91 through 146 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 147 through 243 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 244 through 291 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 292 through 347 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 348 through 401 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 402 through 403 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)