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- PDB-8zo9: Structure of the wild-type PSI-9VCPI supercomplex in Nannochlorop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zo9
タイトルStructure of the wild-type PSI-9VCPI supercomplex in Nannochloropsis oceanica
要素
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 5
  • PSI subunit V
  • Photosystem I iron-sulfur center
  • PsaM
  • PsaR
  • PsaS
  • VCPI-1
  • VCPI-2
  • VCPI-3
  • VCPI-4/7
  • VCPI-5
  • VCPI-6
  • VCPI-8
  • VCPI-9
キーワードPHOTOSYNTHESIS / PSI-VCPI supercomplex
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity ...photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III ...Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-SQD ...: / : / BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-SQD / Chem-XAT / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I iron-sulfur center / PSI subunit V
類似検索 - 構成要素
生物種Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Shen, L.L. / Li, Z.H. / Shen, J.R. / Wang, W.D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the wild-type PSI-9VCPI supercomplex in Nannochloropsis oceanica
著者: Shen, L.L. / Li, Z.H. / Shen, J.R. / Wang, W.D.
履歴
登録2024年5月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月3日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月3日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月3日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月3日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月3日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月3日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
5: VCPI-5
9: VCPI-9
8: VCPI-8
4: VCPI-4/7
3: VCPI-3
6: VCPI-6
2: VCPI-2
7: VCPI-4/7
1: VCPI-1
a: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
b: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
d: Photosystem I reaction center subunit II
e: Photosystem I reaction center subunit IV
f: Photosystem I reaction center subunit III
h: PsaR
i: Photosystem I reaction center subunit VIII
j: Photosystem I reaction center subunit IX
l: PSI subunit V
m: PsaM
g: PsaS
c: Photosystem I iron-sulfur center
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)701,236294
ポリマ－480,63021
非ポリマー220,606273
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 12種, 13分子 598473621hlgc

#1: タンパク質 VCPI-5


分子量: 25849.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
#2: タンパク質 VCPI-9


分子量: 24175.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
#3: タンパク質 VCPI-8


分子量: 21633.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
#4: タンパク質 VCPI-4/7


分子量: 21611.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
#5: タンパク質 VCPI-3


分子量: 23046.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
#6: タンパク質 VCPI-6


分子量: 27655.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
#7: タンパク質 VCPI-2


分子量: 23865.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
#8: タンパク質 VCPI-1


分子量: 22652.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
#14: タンパク質 PsaR


分子量: 13958.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
#17: タンパク質 PSI subunit V


分子量: 18695.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
参照: UniProt: T1RJZ1
#19: タンパク質 PsaS


分子量: 4698.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
#20: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8763.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
参照: UniProt: T1RJY1, photosystem I

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Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 ab

#9: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PSI-A / PsaA


分子量: 82797.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
参照: UniProt: T1RJP7, photosystem I
#10: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PSI-B / PsaB


分子量: 82864.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
参照: UniProt: T1RIQ1, photosystem I

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 5種, 5分子 defij

#11: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II


分子量: 15037.159 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
参照: UniProt: T1RIT2
#12: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I subunit IV


分子量: 7668.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
参照: UniProt: T1RJT6
#13: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III / PSI-F


分子量: 20813.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
参照: UniProt: T1RJ05
#15: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII / PSI-I


分子量: 5226.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
参照: UniProt: T1RJ07
#16: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / PSI-J


分子量: 4762.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
参照: UniProt: T1RJW8

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 4分子 m

#18: タンパク質・ペプチド PsaM


分子量: 3241.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
#27: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 10種, 270分子

#21: 化合物...
ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN


分子量: 600.870 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#22: 化合物
ChemComp-A1L1G / (1~{R},3~{S})-6-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{Z},17~{E})-16-(hydroxymethyl)-3,7,12-trimethyl-18-[(1~{S},4~{S},6~{R})-2,2,6-trimethyl-4-oxidanyl-7-oxabicyclo[4.1.0]heptan-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenylidene]-1,5,5-trimethyl-cyclohexane-1,3-diol


分子量: 616.870 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#23: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#24: 化合物 ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL


分子量: 795.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#25: 化合物
ChemComp-A1L1F / [(2~{Z},4~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E})-17-[(4~{S},6~{R})-4-acetyloxy-2,2,6-trimethyl-6-oxidanyl-cyclohexylidene]-6,11,15-trimethyl-2-[(~{E})-2-[(1~{S},4~{S},6~{R})-2,2,6-trimethyl-4-oxidanyl-7-oxabicyclo[4.1.0]heptan-1-yl]ethenyl]heptadeca-2,4,6,8,10,12,14,16-octaenyl] octanoate


分子量: 785.102 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C50H72O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#26: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE


分子量: 722.970 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#28: 化合物 ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#29: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#30: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE


分子量: 536.873 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#31: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: WT-PSI-9VCPI / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#10, #20, #11-#13, #19, #14-#18 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 96367 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00346270
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.03666199
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.3727901
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.1395865
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0058724

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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