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- PDB-8zo3: The crystal structures of MurK in complex with N-acetylglucosamin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zo3
タイトルThe crystal structures of MurK in complex with N-acetylglucosamine from Clostridium acetobutylicum
要素N-acetylmuramic acid/N-acetylglucosamine kinase
キーワードTRANSFERASE / N-acetylmuramic acid/N-acetylglucosamine kinase / MurK / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylmuramic acid metabolic process / carbohydrate kinase activity / N-acetylglucosamine kinase / N-acetylglucosamine kinase activity / carbohydrate phosphorylation / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの） / N-acetylglucosamine metabolic process / peptidoglycan turnover / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / ATPase, BadF/BadG/BcrA/BcrD type / BadF/BadG/BcrA/BcrD ATPase family / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetylmuramic acid/N-acetylglucosamine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium acetobutylicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Yang, X.Y. / Liu, X.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Structural and biochemical insights into the molecular mechanism of N-acetylglucosamine/N-Acetylmuramic acid kinase MurK from Clostridium acetobutylicum.
著者: He, X. / Liu, C. / Li, X. / Yang, Q. / Niu, F. / An, L. / Fan, Y. / Li, Y. / Zhou, Z. / Zhou, H. / Yang, X. / Liu, X.
履歴
登録2024年5月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetylmuramic acid/N-acetylglucosamine kinase
B: N-acetylmuramic acid/N-acetylglucosamine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3884
ポリマ－66,9462
非ポリマー4422
水10,305572
1
A: N-acetylmuramic acid/N-acetylglucosamine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6942
ポリマ－33,4731
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: N-acetylmuramic acid/N-acetylglucosamine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6942
ポリマ－33,4731
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: N-acetylmuramic acid/N-acetylglucosamine kinase
ヘテロ分子

B: N-acetylmuramic acid/N-acetylglucosamine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3884
ポリマ－66,9462
非ポリマー4422
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+3/2,-y,z+1/21
Buried area4830 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area24090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.028, 103.829, 108.864
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 N-acetylmuramic acid/N-acetylglucosamine kinase / MurNAc/GlcNAc kinase / Murein sugar kinase


分子量: 33472.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium acetobutylicum (strain ATCC 824 / DSM 792 / JCM 1419 / IAM 19013 / LMG 5710 / NBRC 13948 / NRRL B-527 / VKM B-1787 / 2291 / W) (バクテリア)
遺伝子: murK, CA_C0183 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q97ML3, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）, N-acetylglucosamine kinase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 572 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2 M Potassium sodium tartrate 20% (w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→75.14 Å / Num. obs: 48285 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.163 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 340700
反射 シェル解像度: 1.88→1.98 Å / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.735 / Num. measured all: 47134 / Num. unique obs: 6980 / CC1/2: 0.884 / Rpim(I) all: 0.297 / Rrim(I) all: 0.797 / Χ2: 0.71 / Net I/σ(I) obs: 2.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.88→46.94 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2692 2440 5.08 %
Rwork0.2125 --
obs0.2153 48073 98.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→46.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4618 0 30 572 5220
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074696
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.946300
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.692670
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059744
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008786
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.88-1.920.31811170.24572667X-RAY DIFFRACTION98
1.92-1.960.30291450.24632673X-RAY DIFFRACTION99
1.96-20.29431630.22442697X-RAY DIFFRACTION100
2-2.050.28951500.2192654X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.110.2211540.21862682X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.170.26141360.21632702X-RAY DIFFRACTION99
2.17-2.240.24371370.20712708X-RAY DIFFRACTION99
2.24-2.320.27311620.2152682X-RAY DIFFRACTION99
2.32-2.410.34551480.21762703X-RAY DIFFRACTION99
2.41-2.520.33491730.22142656X-RAY DIFFRACTION99
2.52-2.660.27591660.22372676X-RAY DIFFRACTION99
2.66-2.820.26891520.21612687X-RAY DIFFRACTION99
2.82-3.040.30481090.2252737X-RAY DIFFRACTION99
3.04-3.350.25811230.21132759X-RAY DIFFRACTION99
3.35-3.830.25071150.1952310X-RAY DIFFRACTION83
3.83-4.820.2271700.18142732X-RAY DIFFRACTION98
4.82-46.940.26661200.22162908X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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