PDB-8znt: Catalytic antibody T99_C220A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8znt

タイトル

Catalytic antibody T99_C220A

要素

Catalytic antibody T99_C220A

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Catalytic antibody

機能・相同性

: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.61 Å

データ登録者

Kobayashi, J. / Yoshida, H. / Tsuyuguchi, M. / Kato, R.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Mabs / 年: 2025
タイトル: Structural and biochemical differences between non-catalytic and catalytic antibodies.
著者: Uda, T. / Kato, R. / Shigeta, Y. / Hirota, S. / Kobayashi, J. / Yoshida, H. / Tsuyuguchi, M. / Hengphasatporn, K. / Tsujita, M. / Taguchi, H. / Hifumi, E.

履歴

登録	2024年5月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年5月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8znt.cif.gz	430.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8znt.ent.gz	283.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8znt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8znt_validation.pdf.gz	544.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8znt_full_validation.pdf.gz	558.9 KB	表示
XML形式データ	8znt_validation.xml.gz	72.8 KB	表示
CIF形式データ	8znt_validation.cif.gz	90.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/8znt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/8znt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8znuC 4hcrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Catalytic antibody T99_C220A

B: Catalytic antibody T99_C220A

C: Catalytic antibody T99_C220A

D: Catalytic antibody T99_C220A

E: Catalytic antibody T99_C220A

F: Catalytic antibody T99_C220A

G: Catalytic antibody T99_C220A

H: Catalytic antibody T99_C220A

ヘテロ分子

203 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Catalytic antibody T99_C220A

ヘテロ分子

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2

B: Catalytic antibody T99_C220A

ヘテロ分子

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25.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Catalytic antibody T99_C220A

ヘテロ分子

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25.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Catalytic antibody T99_C220A

ヘテロ分子

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5

E: Catalytic antibody T99_C220A

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6

F: Catalytic antibody T99_C220A

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7

G: Catalytic antibody T99_C220A

ヘテロ分子

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25.7 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Catalytic antibody T99_C220A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	77.085, 85.326, 104.580
Angle α, β, γ (deg.)	106.772, 91.437, 116.914
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

-
抗体 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: 抗体	Catalytic antibody T99_C220A 分子量: 24753.621 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 6種, 246分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 14%(w/v) PG3350, 0.4 M KSCN, 0.1 M HEPES(pH7.5), 30%(v/v) Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 66456 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 46.34 Å² / CC_1/2: 0.983 / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 22.7
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / R_merge(I) obs: 0.444 / Num. unique obs: 3335 / CC_1/2: 0.878 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4HCR

4hcr

解像度: 2.61→28.11 Å / SU ML: 0.3572 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 27.8719
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2542	3229	4.86 %
R_work	0.1945	63167	-
obs	0.1974	66396	97.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.61→28.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13389	0	320	159	13868

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0025	13926
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5677	18793
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0427	2079
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0031	2405
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.6244	1979

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.61-2.65	0.334	127	0.2613	2300	X-RAY DIFFRACTION	82.44
2.65-2.69	0.3304	128	0.2669	2751	X-RAY DIFFRACTION	97.83
2.69-2.74	0.3419	127	0.2545	2775	X-RAY DIFFRACTION	98.27
2.74-2.78	0.3959	149	0.256	2730	X-RAY DIFFRACTION	98.16
2.78-2.83	0.3389	144	0.2436	2789	X-RAY DIFFRACTION	98.39
2.83-2.89	0.294	120	0.2293	2739	X-RAY DIFFRACTION	98.01
2.89-2.95	0.2951	134	0.2334	2797	X-RAY DIFFRACTION	98.29
2.95-3.01	0.2812	150	0.229	2734	X-RAY DIFFRACTION	98.36
3.01-3.08	0.2902	155	0.2206	2762	X-RAY DIFFRACTION	98.55
3.08-3.16	0.2846	140	0.2057	2753	X-RAY DIFFRACTION	98.6
3.16-3.24	0.2774	132	0.2086	2761	X-RAY DIFFRACTION	98.74
3.24-3.34	0.281	149	0.2069	2760	X-RAY DIFFRACTION	98.61
3.34-3.45	0.258	148	0.2006	2766	X-RAY DIFFRACTION	98.55
3.45-3.57	0.245	134	0.1939	2780	X-RAY DIFFRACTION	98.78
3.57-3.71	0.2534	164	0.1925	2761	X-RAY DIFFRACTION	98.82
3.71-3.88	0.2463	146	0.1896	2808	X-RAY DIFFRACTION	98.99
3.88-4.08	0.2546	138	0.1832	2742	X-RAY DIFFRACTION	98.94
4.08-4.34	0.2376	125	0.1703	2789	X-RAY DIFFRACTION	98.98
4.34-4.67	0.1838	126	0.1536	2781	X-RAY DIFFRACTION	99.05
4.67-5.14	0.2228	141	0.1615	2810	X-RAY DIFFRACTION	99.19
5.14-5.88	0.2358	175	0.1773	2729	X-RAY DIFFRACTION	98.94
5.88-7.38	0.2551	132	0.2085	2756	X-RAY DIFFRACTION	98.03
7.38-28.11	0.2119	145	0.1793	2794	X-RAY DIFFRACTION	99.26

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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