PDB-8znm: CRYSTAL STRUCTURE OF DI-C-GLYCOSYLTRANSFERASE GGCGT MUTANT IN COM...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8znm

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF DI-C-GLYCOSYLTRANSFERASE GGCGT MUTANT IN COMPLEX WITH UDP-GLC

要素

GgCGT

キーワード

TRANSFERASE / Thermostable di-C-glycosyltransferase / mutant

機能・相同性

: / UDP-glucosyltransferase activity / UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / GgCGT

機能・相同性情報

生物種

Glycyrrhiza glabra (マメ科)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.21 Å

データ登録者

Feng, X.D. / Liu, X.H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF DI-C-GLYCOSYLTRANSFERASE GGCGT MUTANT IN COMPLEX WITH UDP-GLC
著者: Feng, X.D. / Liu, X.H.

履歴

登録	2024年5月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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XML形式データ	8znm_validation.xml.gz	77.2 KB	表示
CIF形式データ	8znm_validation.cif.gz	100.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/8znm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/8znm	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GgCGT

B: GgCGT

C: GgCGT

D: GgCGT

ヘテロ分子

211 kDa, 4 ポリマー
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1

A: GgCGT

ヘテロ分子

B: GgCGT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
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2

C: GgCGT

D: GgCGT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	75.618, 81.849, 94.141
Angle α, β, γ (deg.)	64.760, 88.280, 88.240
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	GgCGT 分子量: 52107.977 Da / 分子数: 4 変異: S155A/G424A/L227E/G200Y/D411G/V194D/V437R/K381P/G456S/C457Q 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycyrrhiza glabra (マメ科) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6I8WFN2
#2: 化合物	ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス分子量: 566.302 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₄N₂O₁₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 528 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.32 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Sodium chloride, 0.1 M Tris pH7.5, 22.5% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.21→29.64 Å / Num. obs: 98869 / % possible obs: 96.75 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 39.53 Å² / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05923 / R_pim(I) all: 0.03748 / R_rim(I) all: 0.07038 / Net I/σ(I): 7.54
反射シェル	解像度: 2.21→2.289 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.4958 / Num. unique obs: 9933 / CC_1/2: 0.79 / CC star: 0.94 / R_pim(I) all: 0.32 / R_rim(I) all: 0.5928 / % possible all: 97.15

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.21→29.64 Å / SU ML: 0.2534 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.0134
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2174	5169	5.23 %
R_work	0.1764	93689	-
obs	0.1785	98858	96.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.21→29.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14025	0	144	528	14697

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0024	14587
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5709	19833
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0432	2217
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0045	2479
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.8302	5330

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.21-2.24	0.2865	176	0.2878	3116	X-RAY DIFFRACTION	97.48
2.24-2.26	0.4232	162	0.3534	3153	X-RAY DIFFRACTION	96.87
2.26-2.29	0.324	170	0.2918	3156	X-RAY DIFFRACTION	97.14
2.29-2.32	0.2786	183	0.2437	3114	X-RAY DIFFRACTION	97.69
2.32-2.35	0.2667	174	0.219	3137	X-RAY DIFFRACTION	97.41
2.35-2.38	0.2438	190	0.21	3147	X-RAY DIFFRACTION	97.37
2.38-2.41	0.2733	202	0.2055	3123	X-RAY DIFFRACTION	97.91
2.41-2.45	0.2615	171	0.2011	3122	X-RAY DIFFRACTION	97.86
2.45-2.49	0.263	179	0.2099	3183	X-RAY DIFFRACTION	97.73
2.49-2.53	0.2585	160	0.2084	3160	X-RAY DIFFRACTION	97.82
2.53-2.57	0.2521	160	0.202	3202	X-RAY DIFFRACTION	98.3
2.57-2.62	0.2503	170	0.2069	3172	X-RAY DIFFRACTION	98.03
2.62-2.67	0.2549	165	0.2032	3122	X-RAY DIFFRACTION	97.97
2.67-2.72	0.2622	169	0.2015	3224	X-RAY DIFFRACTION	98.12
2.72-2.78	0.2389	168	0.2009	3174	X-RAY DIFFRACTION	98.18
2.78-2.85	0.2472	192	0.2048	3124	X-RAY DIFFRACTION	98.34
2.85-2.92	0.2795	195	0.2029	3180	X-RAY DIFFRACTION	98.28
2.92-3	0.2243	202	0.1958	3108	X-RAY DIFFRACTION	98.34
3-3.09	0.2406	173	0.198	3174	X-RAY DIFFRACTION	98.35
3.09-3.19	0.2647	149	0.2002	3222	X-RAY DIFFRACTION	98.31
3.19-3.3	0.2213	180	0.1916	3176	X-RAY DIFFRACTION	98.13
3.3-3.43	0.2213	157	0.186	3184	X-RAY DIFFRACTION	98.18
3.43-3.59	0.2268	197	0.1761	3101	X-RAY DIFFRACTION	97.11
3.59-3.78	0.2244	230	0.1697	3062	X-RAY DIFFRACTION	95.73
3.78-4.01	0.1694	145	0.1551	3062	X-RAY DIFFRACTION	95.56
4.01-4.32	0.1833	180	0.1406	3030	X-RAY DIFFRACTION	93.83
4.32-4.76	0.1638	166	0.1343	3042	X-RAY DIFFRACTION	93.99
4.76-5.44	0.1909	145	0.1427	2995	X-RAY DIFFRACTION	92.24
5.44-6.84	0.1675	122	0.1516	2977	X-RAY DIFFRACTION	90.8
6.84-29.64	0.1475	137	0.134	2947	X-RAY DIFFRACTION	90.84

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.665231340686	0.0151827395027	0.147968414342	0.845489481362	0.489424707366	1.35642633205	-0.00812620973302	-0.136062000299	0.0294995321934	0.208060663701	0.00566622477979	-0.114979405234	-0.057481681354	0.0677688647087	-4.87019239129E-6	0.39016676063	-0.000601437357481	-0.0167160437295	0.307706803752	-0.0127502183727	0.323136107729	9.86115309935	37.6918442797	3.38873763636
2	0.990366178835	0.0728136363198	-0.44180561932	0.95949533277	-0.0204864031972	1.23472018521	-0.0195243722532	0.0167890022509	-0.0404482094537	0.0393126724331	-0.00285044554252	-0.0372987079622	0.013314502692	0.058044291947	-1.40979402172E-6	0.239545055157	0.0119146948114	-0.0213630217479	0.255743894094	0.00551231769216	0.230498162384	10.4413791168	24.629766697	-13.6473016435
3	0.713970030585	0.100412789415	0.177272867823	1.34156495393	-0.119656781767	1.09890003391	0.0706011320376	-0.0394619703174	-0.104563024083	-0.0454948827696	-0.113342557542	-0.0639735497967	0.222205318413	0.0783030890123	1.22847997544E-5	0.334043093432	0.0454703266395	-0.0192792166965	0.258428932993	0.00933391465906	0.323287022198	-13.2221707494	-14.9483513748	-21.5219247204
4	0.96556271247	-0.0748270633415	0.0680529711724	1.09661185185	-0.394115736059	1.09380644056	0.0547023323164	0.0150924195181	0.103031482878	0.0120242888041	-0.053270903674	0.113119101758	-0.00658270999274	-0.10644763525	-6.16807148593E-7	0.251300616593	0.0207507490745	0.00249366242131	0.304556223368	0.0113672989588	0.281269088655	-23.0539032653	6.7004190296	-24.3607836203
5	0.669156369139	-0.305123446275	-0.333236304351	0.822786547314	0.477476648358	1.17751680347	-0.079866267937	0.143075057855	-0.140543380831	-0.0785217220673	-0.0737684851823	-0.006036208012	0.217157289538	-0.103769203391	-3.23832457678E-5	0.390713211774	-0.030828816911	0.0154772586118	0.355787252912	-0.0613374619595	0.380810278574	-26.2265381178	4.51375639804	-75.6953881929
6	1.1297781637	-0.0386434359347	-0.0112912391149	0.754963966083	0.331438335215	1.37379033486	-0.0564975441002	0.0298914707204	-0.0426703091892	0.0450550195377	-0.00168730401333	0.034187375409	-0.0481854078257	-0.0664206630931	-2.06357904084E-6	0.250849323549	-0.00696193145885	0.020069654879	0.295055838926	0.00433620085965	0.284087371766	-27.9850772717	19.8426186093	-59.6629208126
7	0.366971337834	-0.214037907538	0.0858677897294	1.45361878679	-0.555455519583	1.31612315281	0.0753839733186	0.0881548873862	0.275853916847	0.108331979094	-0.116158717936	-0.0932355389516	-0.408368941116	0.131719652835	8.67911028217E-6	0.491997292572	-0.0701930817454	0.000683163945037	0.357430342652	0.0230117776357	0.545562567598	24.5562529934	58.9366622499	-51.5628689788
8	0.0974489494378	0.013667111098	-0.05908184028	-0.0105929025577	-0.00843151760102	0.0380476815876	0.132252803542	-0.18694577834	0.169183499826	0.330388937317	0.145737371964	0.154364736601	-0.174187439314	-0.391187497982	0.000109898465411	0.366224634925	0.055579083484	0.0760135372729	0.429111691037	0.049040812409	0.390112631454	5.78419516976	37.8096893543	-39.4929535729
9	0.859676103417	0.0280575658174	-0.242203366086	1.32026963812	-0.610347247347	1.03055345376	0.0315065797208	0.12190150609	0.0568465651574	0.000536434832866	-0.0268891560179	0.043084241068	0.0178844522243	0.023783142319	-7.84372114071E-7	0.281369848191	-0.0208938132579	-0.0204553288097	0.35970933063	0.0201106213218	0.332604800705	16.7941905091	37.0557617133	-49.5599254537

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 13 through 171 )	A	A	13 - 171	1 - 159
2	2	chain 'A' and (resid 172 through 469 )	A	A	172 - 469	160 - 447
3	3	chain 'B' and (resid 14 through 253 )	B	C	14 - 253	1 - 240
4	4	chain 'B' and (resid 254 through 469 )	B	C	254 - 469	241 - 456
5	5	chain 'C' and (resid 14 through 161 )	C	E	14 - 161	1 - 148
6	6	chain 'C' and (resid 162 through 469 )	C	E	162 - 469	149 - 445
7	7	chain 'D' and (resid 14 through 253 )	D	G	14 - 253	1 - 240
8	8	chain 'D' and (resid 254 through 281 )	D	G	254 - 281	241 - 268
9	9	chain 'D' and (resid 282 through 469 )	D	G	282 - 469	269 - 451

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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