PDB-8znk: chromone glycosyltransferase (UGT93BB1,SdUGT2)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8znk

タイトル

chromone glycosyltransferase (UGT93BB1,SdUGT2)

要素

chromone glycosyltransferase (UGT93BB1)

キーワード

PLANT PROTEIN / glycosyltransferase

機能・相同性

URIDINE-5'-DIPHOSPHATE

機能・相同性情報

生物種

Saposhnikovia divaricata (ボウフウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Zou, J.L. / Li, H.Y. / Wang, Z.L. / Ye, M.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: chromone glycosyltransferase (UGT93BB1,SdUGT2)
著者: Zou, J.L. / Li, H.Y. / Wang, Z.L. / Ye, M.

履歴

登録	2024年5月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8znk.cif.gz	198.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8znk.ent.gz	156.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8znk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/8znk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/8znk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: chromone glycosyltransferase (UGT93BB1)

B: chromone glycosyltransferase (UGT93BB1)

ヘテロ分子

107 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: chromone glycosyltransferase (UGT93BB1)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: chromone glycosyltransferase (UGT93BB1)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.560, 67.610, 93.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.40, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	chromone glycosyltransferase (UGT93BB1) 分子量: 52975.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saposhnikovia divaricata (ボウフウ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.32 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M HEPES, 27% 3350, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→34.53 Å / Num. obs: 80838 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.122 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.132 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I): 12.7 / Num. measured all: 555217
反射シェル	解像度: 1.88→1.93 Å / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 1.379 / Num. measured all: 39877 / Num. unique obs: 5848 / CC_1/2: 0.573 / R_pim(I) all: 0.566 / R_rim(I) all: 1.492 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.88→34.53 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2253	4020	4.97 %
R_work	0.187	-	-
obs	0.1889	80820	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→34.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7062	0	50	527	7639

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7293
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.127	9916
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.371	977
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	1112
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1270

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.88-1.9	0.3217	133	0.2681	2544	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.93	0.322	128	0.2674	2663	X-RAY DIFFRACTION	99
1.93-1.95	0.3059	122	0.2583	2602	X-RAY DIFFRACTION	99
1.95-1.98	0.3175	131	0.2593	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2	0.2893	143	0.2416	2610	X-RAY DIFFRACTION	99
2-2.03	0.2663	115	0.2274	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.06	0.2561	152	0.2181	2633	X-RAY DIFFRACTION	99
2.06-2.09	0.2607	140	0.2169	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.13	0.2595	139	0.2114	2636	X-RAY DIFFRACTION	99
2.13-2.16	0.2469	131	0.2044	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.2	0.2482	123	0.2016	2630	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2-2.25	0.2305	137	0.2043	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.29	0.2661	147	0.197	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.34	0.2504	123	0.208	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.4	0.2563	143	0.2046	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.46	0.2365	143	0.2013	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.52	0.2536	156	0.195	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.6	0.2453	164	0.1922	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.68	0.2213	144	0.1937	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.78	0.2082	134	0.1908	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.89	0.2312	131	0.1838	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-3.02	0.2222	148	0.1803	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.18	0.1929	151	0.1829	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.38	0.2148	126	0.1742	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.64	0.2023	130	0.1704	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
3.64-4	0.1957	151	0.164	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
4-4.58	0.1948	121	0.1537	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
4.58-5.77	0.1976	144	0.1752	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
5.77-34.53	0.2267	170	0.1803	2712	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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