PDB-8zn5: Crystal Structure of Designed Clock Protein KaiC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zn5

タイトル

Crystal Structure of Designed Clock Protein KaiC

要素

KaiC

キーワード

TRANSFERASE / clock protein

機能・相同性

ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Furuike, Y. / Akiyama, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Designed Clock Protein KaiC
著者: Furuike, Y. / Akiyama, S.

履歴

登録	2024年5月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zn5.cif.gz	953.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zn5.ent.gz	748.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zn5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8zn5_validation.pdf.gz	12.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8zn5_full_validation.pdf.gz	13.2 MB	表示
XML形式データ	8zn5_validation.xml.gz	194.6 KB	表示
CIF形式データ	8zn5_validation.cif.gz	246.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/8zn5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/8zn5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8zn6C 8zn7C 2gblS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: KaiC

C: KaiC

F: KaiC

A: KaiC

D: KaiC

E: KaiC

G: KaiC

H: KaiC

K: KaiC

L: KaiC

I: KaiC

J: KaiC

ヘテロ分子

710 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: KaiC

C: KaiC

F: KaiC

A: KaiC

D: KaiC

E: KaiC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
355 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: KaiC

H: KaiC

K: KaiC

L: KaiC

I: KaiC

J: KaiC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
355 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.126, 385.574, 108.115
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.15, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	KaiC 分子量: 58239.227 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	... ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 分子量: 427.201 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	... ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.84 %
結晶化	温度: 313 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Acetic acid Sodium malonate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→49.35 Å / Num. obs: 138997 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 3→3.11 Å / R_merge(I) obs: 1.09 / Num. unique obs: 13900

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2GBL

2gbl

解像度: 3.1→49.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.873 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.834 / SU B: 30.877 / SU ML: 0.551 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.575 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.32907	6294	5 %	RANDOM
R_work	0.28017	-	-	-
obs	0.28262	119652	99.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.435 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.28 Å²	-0 Å²	0.75 Å²
2-	-	-0.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.1→49.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	36026	0	672	27	36725

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.011	37321
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	31663
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.61	1.649	51028
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.244	1.568	71685
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.493	5	5314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.89	5	225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.694	10	4353
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.027	0.2	6121
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	45579
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	8513
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.271	8.796	21424
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.271	8.796	21424
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.332	15.807	26682
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.332	15.807	26683
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.845	8.348	15897
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.845	8.348	15897
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.648	15.54	24347
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.199	81.06	39436
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.196	81.06	39430
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.366	419	-
R_work	0.341	8841	-
obs	-	-	99.98 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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