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- PDB-8zn4: Crystal structure of Poly(ethylene glycol) stabilized erythrose-4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zn4
タイトルCrystal structure of Poly(ethylene glycol) stabilized erythrose-4-phosphate dehydrogenase from Acinetobacter baumannii at 2.30 A resolution
要素Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Viswanathan, V. / Kumari, A. / Singh, A. / Kumar, A. / Sharma, P. / Chopra, S. / Sharma, S. / Raje, C.I. / Singh, T.P.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Science and Engineering Research Board (SERB) インド
Indian Council of Medical Research インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Poly(ethylene glycol) stabilized erythrose-4-phosphate dehydrogenase from Acinetobacter baumannii at 2.30 A resolution
著者: Viswanathan, V. / Kumari, A. / Singh, A. / Kumar, A. / Sharma, P. / Chopra, S. / Sharma, S. / Raje, C.I. / Singh, T.P.
履歴
登録2024年5月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
C: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
D: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,70553
ポリマ－152,2504
非ポリマー7,45549
水11,548641
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31150 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area46030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.775, 167.135, 150.103
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase


分子量: 38062.383 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: epd, gap, A7M90_08740, Aba7835_13565, ABCAM1_1226, ABR2091_1144, APD17_19525, AYR68_05750, B7L45_13105, B9W25_17760, C2U32_02225, CAS83_00220, CBL15_12235, CTZ19_12640, D8O08_008145, DLI71_ ...遺伝子: epd, gap, A7M90_08740, Aba7835_13565, ABCAM1_1226, ABR2091_1144, APD17_19525, AYR68_05750, B7L45_13105, B9W25_17760, C2U32_02225, CAS83_00220, CBL15_12235, CTZ19_12640, D8O08_008145, DLI71_18430, EA706_09520, EA720_004470, EGM95_14355, F4T85_07645, FDN00_13975, FE003_13215, FJU42_18405, FJV09_11310, GSE42_06795, HBK86_03865, IAG11_16195, SAMEA4394745_03679
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A059ZTK9, 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる

-
非ポリマー , 11種, 690分子

#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-XPE / 3,6,9,12,15,18,21,24,27-NONAOXANONACOSANE-1,29-DIOL / DECAETHYLENE GLYCOL / デカエチレングリコ-ル


分子量: 458.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C20H42O11 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 641 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.04 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5
詳細: A reservoir solution containing 0.2 M MgCl2.6H2O, 0.1 M HEPES sodium (pH 7.5), and 30% v/v PEG 400 was prepared.

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.87313 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→46.703 Å / Num. obs: 81357 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 1.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4423 / CC1/2: 0.82 / Rpim(I) all: 0.47 / Rrim(I) all: 1.69 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CMC

3cmc


解像度: 2.3→46.703 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / WRfactor Rfree: 0.188 / WRfactor Rwork: 0.142 / SU B: 6.136 / SU ML: 0.145 / Average fsc free: 0.9678 / Average fsc work: 0.9803 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.181 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 2400 2.951 %
Rwork0.1517 78921 -
all0.153 --
obs-81321 99.963 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 44.028 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.561 Å20 Å2-0 Å2
2---3.614 Å20 Å2
3---2.053 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.703 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10716 0 488 641 11845
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01211448
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.01610983
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5471.79715481
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.521.75425214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.00851370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.827576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg0.24154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.205101866
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.57110508
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.21800
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213098
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022554
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.22079
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2140.210184
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.25361
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0850.26096
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2563
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0230.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2590.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1840.221
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2030.285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1710.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5914.2395479
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.594.2395479
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.1447.6016848
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.1437.6036849
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9884.9585969
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.9884.9595970
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.5288.788633
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.5288.7818634
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.59341.00812168
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other9.58441.00712085
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.3-2.360.2521810.2357950.23159770.9450.95899.98330.209
2.36-2.4240.2671660.21656280.21757950.9520.96599.98270.197
2.424-2.4940.2271700.18854280.18955980.9650.9741000.168
2.494-2.5710.2541570.18853340.1954930.9570.97499.96360.168
2.571-2.6550.2681570.18251640.18453230.9630.97899.96240.16
2.655-2.7480.2191550.16750100.16951650.9650.9811000.147
2.748-2.8510.2151410.15548170.15749590.9730.98499.97980.137
2.851-2.9670.2071250.1646620.16147870.9750.9841000.142
2.967-3.0980.251380.15844500.1645880.9610.9841000.142
3.098-3.2490.2321380.16542740.16844120.9660.9831000.15
3.249-3.4240.1881220.14540640.14641860.9790.9871000.134
3.424-3.630.2191220.15438680.15639910.9680.98599.97490.146
3.63-3.8790.2321080.15136350.15337440.9680.98699.97330.144
3.879-4.1870.1791000.12533960.12734960.9790.991000.122
4.187-4.5830.146990.10831290.10932280.9890.9931000.11
4.583-5.1180.155950.11928320.1229270.9860.9921000.121
5.118-5.8980.169820.14425270.14526090.9860.9891000.144
5.898-7.1950.2580.14821770.14922350.9820.9881000.148
7.195-10.0570.136550.12317040.12317590.990.9911000.131
10.057-46.7030.218310.20110270.20110650.9580.97399.34270.211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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