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- PDB-8zn3: Structure of Phosphopantetheine adenylyltransferase (PPAT) from E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zn3
タイトルStructure of Phosphopantetheine adenylyltransferase (PPAT) from Enterobacter sp. with the expression tag bound in the substrate binding site of a neighbouring molecule at 2.41 A resolution.
要素Phosphopantetheine adenylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / coaD / PPAT / COENZYME A biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


pantetheine-phosphate adenylyltransferase / pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphopantetheine adenylyltransferase / Cytidylyltransferase-like / Cytidyltransferase-like domain / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHONOACETIC ACID / Phosphopantetheine adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter sp. 638 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Ahmad, N. / Sharma, P. / Bhushan, A. / Sharma, S. / Singh, T.P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Indian Council of Medical ResearchI-1251 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Phosphopantetheine adenylyltransferase (PPAT) from Enterobacter sp. with the expression tag bound in the substrate binding site of a neighbouring molecule at 2.41 A resolution.
著者: Ahmad, N. / Sharma, P. / Bhushan, A. / Sharma, S. / Singh, T.P.
履歴
登録2024年5月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2024年6月5日ID: 8I8O
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
C: Phosphopantetheine adenylyltransferase
D: Phosphopantetheine adenylyltransferase
E: Phosphopantetheine adenylyltransferase
F: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,24216
ポリマ－115,0946
非ポリマー1,14910
水9,350519
1
A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7375
ポリマ－38,3652
非ポリマー3723
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area16290 Å2
手法PISA
2
C: Phosphopantetheine adenylyltransferase
D: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7996
ポリマ－38,3652
非ポリマー4344
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area15380 Å2
手法PISA
3
E: Phosphopantetheine adenylyltransferase
F: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7075
ポリマ－38,3652
非ポリマー3423
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area16160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.692, 78.682, 106.902
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.077, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Phosphopantetheine adenylyltransferase / Dephospho-CoA pyrophosphorylase / Pantetheine-phosphate adenylyltransferase / PPAT


分子量: 19182.268 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter sp. 638 (バクテリア)
遺伝子: coaD, Ent638_0105 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A4W515, pantetheine-phosphate adenylyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-PAE / PHOSPHONOACETIC ACID / ホスホノ酢酸


分子量: 140.032 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5O5P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 519 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: BIS-TRIS propane pH 7.0, Sodium citrate tribasic dihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→106.75 Å / Num. obs: 41591 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 36 Å2 / CC1/2: 0.975 / Rmerge(I) obs: 0.194 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 2.41→2.5 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 1.019 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4006 / CC1/2: 0.391 / % possible all: 87.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.41→106.748 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.603 / ESU R Free: 0.302 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2627 2078 4.996 %
Rwork0.2086 39513 -
all0.211 --
obs-41591 93.804 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 46.791 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.303 Å2-0 Å20.11 Å2
2--1.58 Å2-0 Å2
3----2.879 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→106.748 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7662 0 68 519 8249
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0127962
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0167655
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3751.82710770
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7391.74617629
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7015994
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.371551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.347101399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.40510342
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21223
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.029219
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021769
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.21789
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2120.27310
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.23893
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0810.23948
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1920.2425
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0860.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2020.259
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2410.2214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1950.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5284.7673955
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5284.7673955
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.8578.5474944
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.8578.5484945
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7225.2674007
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.7225.2674008
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.3169.4725822
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.3159.4725823
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it10.29553.4018986
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other10.29753.4188979
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.41-2.4710.3471220.3372555X-RAY DIFFRACTION82.8793
2.471-2.5380.3611330.3372944X-RAY DIFFRACTION96.7002
2.538-2.6120.3461400.3292828X-RAY DIFFRACTION96.0207
2.612-2.6920.3251520.3012714X-RAY DIFFRACTION96.6937
2.692-2.7810.3011480.2592629X-RAY DIFFRACTION95.3313
2.781-2.8780.3121490.2742591X-RAY DIFFRACTION96.1404
2.878-2.9870.311030.2352467X-RAY DIFFRACTION95.3264
2.987-3.1080.3111260.2392410X-RAY DIFFRACTION96.536
3.108-3.2470.3021310.2212280X-RAY DIFFRACTION95.2212
3.247-3.4050.302990.2182141X-RAY DIFFRACTION92.9461
3.405-3.5890.2581070.2042100X-RAY DIFFRACTION95.9983
3.589-3.8060.228840.181954X-RAY DIFFRACTION93.9604
3.806-4.0690.221060.1731816X-RAY DIFFRACTION94.8667
4.069-4.3940.2471110.1661676X-RAY DIFFRACTION93.4623
4.394-4.8130.229870.1531533X-RAY DIFFRACTION93.9675
4.813-5.3790.19940.1461406X-RAY DIFFRACTION93.3416
5.379-6.2090.265600.1621245X-RAY DIFFRACTION92.161
6.209-7.5980.17590.1321039X-RAY DIFFRACTION91.6528
7.598-10.7180.187370.116775X-RAY DIFFRACTION86.5672
10.718-106.7480.256300.233410X-RAY DIFFRACTION80.5861

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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