PDB-8zn1: Structure of erythrose-4-phosphate dehydrogenase from Acinetobact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zn1

タイトル

Structure of erythrose-4-phosphate dehydrogenase from Acinetobacter baumannii at 3.00 A resolution

要素

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Viswanathan, V. / Kumari, A. / Singh, A. / Kumar, A. / Sharma, P. / Chopra, S. / Sharma, S. / Raje, C.I. / Singh, T.P.

資金援助

インド, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of erythrose-4-phosphate dehydrogenase from Acinetobacter baumannii at 3.00 A resolution
著者: Viswanathan, V. / Kumari, A. / Singh, A. / Kumar, A. / Sharma, P. / Chopra, S. / Sharma, S. / Raje, C.I. / Singh, T.P.

履歴

登録	2024年5月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zn1.cif.gz	290.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zn1.ent.gz	228.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zn1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/8zn1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/8zn1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3cmcS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

C: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

D: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

156 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	147.646, 167.880, 152.269
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 分子量: 38062.383 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: epd, gap, A7M90_08740, Aba7835_13565, ABCAM1_1226, ABR2091_1144, APD17_19525, AYR68_05750, B7L45_13105, B9W25_17760, C2U32_02225, CAS83_00220, CBL15_12235, CTZ19_12640, D8O08_008145, DLI71_ ...遺伝子: epd, gap, A7M90_08740, Aba7835_13565, ABCAM1_1226, ABR2091_1144, APD17_19525, AYR68_05750, B7L45_13105, B9W25_17760, C2U32_02225, CAS83_00220, CBL15_12235, CTZ19_12640, D8O08_008145, DLI71_18430, EA706_09520, EA720_004470, EGM95_14355, F4T85_07645, FDN00_13975, FE003_13215, FJU42_18405, FJV09_11310, GSE42_06795, HBK86_03865, IAG11_16195, SAMEA4394745_03679 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A059ZTK9, 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.31 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 詳細: A reservoir solution containing 0.2 M MgCl2.6H2O, 0.1 M HEPES sodium (pH 7.5), and 30% v/v PEG 400 was prepared.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.87313 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→49.536 Å / Num. obs: 38162 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / CC_1/2: 0.971 / R_merge(I) obs: 0.73 / R_pim(I) all: 0.21 / R_rim(I) all: 0.79 / Net I/σ(I): 7.3
反射シェル	解像度: 3→3.13 Å / 冗長度: 14.4 % / R_merge(I) obs: 2.86 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4573 / CC_1/2: 0.69 / R_pim(I) all: 0.78 / R_rim(I) all: 2.98 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3CMC

3cmc

解像度: 3→49.536 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / SU B: 19.96 / SU ML: 0.336 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.4 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2419	754	1.978 %
R_work	0.1658	37362	-
all	0.167	-	-
obs	-	38116	99.893 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.146 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.227 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-3.798 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.025 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→49.536 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10716	0	216	265	11197

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	11156
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	10548
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.499	1.795	15204
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.506	1.761	24204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.871	5	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.761	5	72
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.435	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.348	10	1852
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.206	10	504
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	1792
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	12984
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2524
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	2120
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.212	0.2	10171
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	5355
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	5944
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	299
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.031	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.169	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.349	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.379	4.674	5452
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.377	4.674	5452
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.405	8.391	6808
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.405	8.393	6809
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.209	5.246	5704
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.2	5.244	5697
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.858	9.396	8396
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.845	9.393	8385
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.201	43.493	11825
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.2	43.497	11823

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3-3.078	0.355	63	0.304	2694	0.305	2757	0.895	0.933	100	0.291
3.078-3.162	0.356	55	0.273	2651	0.274	2706	0.925	0.946	100	0.256
3.162-3.253	0.307	46	0.228	2581	0.23	2627	0.938	0.964	100	0.209
3.253-3.353	0.253	54	0.195	2517	0.196	2571	0.959	0.974	100	0.177
3.353-3.462	0.228	51	0.174	2425	0.176	2477	0.964	0.98	99.9596	0.156
3.462-3.583	0.287	42	0.199	2366	0.2	2408	0.945	0.973	100	0.178
3.583-3.717	0.424	37	0.267	2307	0.269	2358	0.84	0.95	99.4063	0.24
3.717-3.868	0.258	38	0.199	2195	0.2	2237	0.952	0.973	99.8212	0.177
3.868-4.039	0.186	42	0.162	2100	0.163	2148	0.965	0.982	99.7207	0.142
4.039-4.235	0.214	41	0.127	2020	0.129	2061	0.974	0.988	100	0.11
4.235-4.462	0.274	41	0.119	1935	0.121	1977	0.958	0.99	99.9494	0.104
4.462-4.73	0.186	37	0.113	1812	0.114	1850	0.977	0.991	99.9459	0.101
4.73-5.054	0.16	39	0.114	1731	0.115	1770	0.984	0.992	100	0.104
5.054-5.454	0.215	32	0.115	1606	0.117	1638	0.975	0.992	100	0.107
5.454-5.967	0.262	33	0.151	1481	0.154	1514	0.97	0.987	100	0.14
5.967-6.66	0.298	33	0.139	1362	0.143	1395	0.972	0.989	100	0.13
6.66-7.667	0.155	27	0.125	1196	0.125	1223	0.984	0.99	100	0.119
7.667-9.334	0.199	23	0.1	1042	0.102	1065	0.98	0.994	100	0.101
9.334-12.972	0.129	13	0.107	822	0.107	835	0.993	0.994	100	0.113
12.972-49.536	0.195	7	0.242	519	0.242	527	0.978	0.954	99.8102	0.231

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関連情報:EMDBヘッダ

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