PDB-8zmx: Crystal Structures of meso-diaminopimelate dehydrogenase from Bac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zmx

タイトル

Crystal Structures of meso-diaminopimelate dehydrogenase from Bacillus thermozeamaize

要素

Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

diaminopimelate dehydrogenase / diaminopimelate dehydrogenase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus thermozeamaize (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.46 Å

データ登録者

Geng, Q. / Wei, Y. / Zhang, Z.J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024
タイトル: Hierarchical Engineering of meso-Diaminopimelate Dehydrogenase for Efficient Synthesis of Bulky d-Amino Acids
著者: Wei, Y. / Geng, Q. / Liu, H.P. / Wang, Y.Q. / Zhang, G.F. / Qian, X.L. / Yu, H.L. / Xu, J.H. / Zhang, Z.J.

履歴

登録	2024年5月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zmx.cif.gz	179.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zmx.ent.gz	142 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zmx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/8zmx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/8zmx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3wbbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase

B: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase

C: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase

ヘテロ分子

106 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase

ヘテロ分子

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ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
106 kDa, 3 ポリマー
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2

A: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase

C: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase

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ヘテロ分子

B: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
213 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	157.090, 157.090, 111.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase / DAPDH / Meso-DAP dehydrogenase 分子量: 34705.805 Da / 分子数: 3 / 変異: W129T,D134C,F154V,S177A,H235I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus thermozeamaize (バクテリア) 遺伝子: BAA01_00405 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Y3PXT7, diaminopimelate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.91 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Carboxylic acids; 0.1 M Imidazole-MES monohydrate (acid) pH 6.5; 20% v/v Ethylene glycol; 10% w/v PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.46→49.81 Å / Num. obs: 51060 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 26.8 % / B_iso Wilson estimate: 64.57 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.2187 / Net I/σ(I): 16.38
反射シェル	解像度: 2.46→2.548 Å / R_merge(I) obs: 5.182 / Num. unique obs: 5017 / CC_1/2: 0.39 / CC star: 0.749

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3WBB

3wbb

解像度: 2.46→49.81 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2748	2560	5.02 %
R_work	0.2251	-	-
obs	0.2275	51032	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.46→49.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6606	0	144	26	6776

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6888
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.089	9360
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.101	1064
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1105
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	1206

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.46-2.51	0.413	143	0.3894	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.56	0.4276	141	0.3553	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.61	0.3442	146	0.3331	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.67	0.3824	150	0.3095	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.74	0.3572	136	0.2892	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.82	0.3875	133	0.2745	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.9	0.3477	153	0.2731	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-2.99	0.3068	139	0.2748	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.1	0.3405	146	0.2765	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.22	0.3223	143	0.261	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.37	0.2787	145	0.2444	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.55	0.289	124	0.2201	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
3.55-3.77	0.2502	131	0.2223	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
3.77-4.06	0.2807	155	0.2038	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
4.06-4.47	0.2106	129	0.1814	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
4.47-5.12	0.2315	164	0.1813	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
5.12-6.44	0.2725	150	0.224	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
6.44-49.81	0.2411	132	0.2063	2932	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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