[English] 日本語
Yorodumi- PDB-8zmw: Structure of a triple-helix region of human Collagen type VII fro... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8zmw | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of a triple-helix region of human Collagen type VII from Trautec | ||||||
Components | collagen type VII | ||||||
Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / Human collagen VII / Triple-helix | ||||||
Function / homology | ACETATE ION Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Chu, Y. / Zhai, Y. / Fan, X. / Fu, S. / Li, J. / Wu, X. / Cai, H. / Wang, X. / Li, D. / Feng, P. ...Chu, Y. / Zhai, Y. / Fan, X. / Fu, S. / Li, J. / Wu, X. / Cai, H. / Wang, X. / Li, D. / Feng, P. / Cao, K. / Qian, S. | ||||||
Funding support | 1items
| ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Structure of a triple-helix region of human Collagen type VII from Trautec Authors: Chu, Y. / Zhai, Y. / Fan, X. / Fu, S. / Li, J. / Wu, X. / Cai, H. / Wang, X. / Li, D. / Feng, P. / Cao, K. / Qian, S. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8zmw.cif.gz | 50.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8zmw.ent.gz | 38.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8zmw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8zmw_validation.pdf.gz | 700.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 8zmw_full_validation.pdf.gz | 700.5 KB | Display | |
Data in XML | 8zmw_validation.xml.gz | 11.7 KB | Display | |
Data in CIF | 8zmw_validation.cif.gz | 17.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/8zmw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/8zmw | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
---|
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth seq-ID: 1 - 30 / Label seq-ID: 1 - 30
NCS ensembles :
|
-Components
#1: Protein/peptide | Mass: 2857.037 Da / Num. of mol.: 6 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) #2: Chemical | ChemComp-ACT / | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.84 Å3/Da / Density % sol: 33.05 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: Crystal-B6 (0.2M MgAc2, 0.1M Sodium cacodylate pH6.5, 20% PEG 8000) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL18U1 / Wavelength: 0.97853 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 15, 2024 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97853 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→28.66 Å / Num. obs: 11871 / % possible obs: 96.6 % / Redundancy: 3.4 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.78 Å / Num. unique obs: 607 / CC1/2: 0.99 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.75→28.659 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 2.022 / SU ML: 0.066 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.128 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.7 Å / Shrinkage radii: 0.7 Å / VDW probe radii: 1.3 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 13.123 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→28.659 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|