PDB-8zml: Structure of TNIK with inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zml

タイトル

Structure of TNIK with inhibitor

要素

TRAF2 and NCK-interacting protein kinase

キーワード

CELL CYCLE / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

microvillus assembly / regulation of dendrite morphogenesis / regulation of MAPK cascade / postsynaptic density, intracellular component / cytoskeleton organization / neuron projection morphogenesis / protein localization to plasma membrane / positive regulation of JNK cascade / recycling endosome / Wnt signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.489 Å

データ登録者

Fan, Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of TNIK with inhibitor
著者: Fan, Y.

履歴

登録	2024年5月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年5月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zml.cif.gz	146 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zml.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zml.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/8zml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/8zml	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TRAF2 and NCK-interacting protein kinase

B: TRAF2 and NCK-interacting protein kinase

ヘテロ分子

70.9 kDa, 2 ポリマー
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1

A: TRAF2 and NCK-interacting protein kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: TRAF2 and NCK-interacting protein kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.889, 89.595, 97.577
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	TRAF2 and NCK-interacting protein kinase 分子量: 34862.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNIK, KIAA0551 / 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) 参照: UniProt: Q9UKE5, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-A1D8H / 2-[5-(4-fluorophenyl)-3-propan-2-yl-imidazol-4-yl]-~{N}-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]-1~{H}-imidazole-4-carboxamide 分子量: 487.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₀FN₇O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.22 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.489→65.995 Å / Num. obs: 25206 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.2 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 2.489→2.59 Å / Num. unique obs: 2769 / CC_1/2: 0.777

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.489→65.995 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.871 / SU B: 17.584 / SU ML: 0.366 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.813 / ESU R Free: 0.384 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3263	1315	5.227 %
R_work	0.2556	23841	-
all	0.259	-	-
obs	-	25156	99.885 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.798 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.798 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.347 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.145 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.489→65.995 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4843	0	82	144	5069

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	5118
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4910
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.177	1.668	6928
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.985	1.602	11336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.3	5	617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.605	22.388	268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.16	15	931
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.236	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.033	0.2	649
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	5716
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1152
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.155	0.2	928
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.15	0.2	4597
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.143	0.2	2364
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	2321
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	169
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.088	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.155	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.117	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.111	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.258	6.859	2447
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.259	6.857	2446
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.331	10.269	3068
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.331	10.271	3069
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.726	6.945	2671
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.726	6.945	2672
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.439	10.357	3859
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.439	10.357	3860
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.509	77.38	5489
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.485	77.365	5479

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.489-2.553	0.372	88	0.369	1731	0.369	1828	0.564	0.522	99.5077	0.344
2.553-2.623	0.361	97	0.336	1673	0.338	1774	0.693	0.72	99.7745	0.31
2.623-2.699	0.361	113	0.329	1619	0.331	1735	0.74	0.77	99.8271	0.296
2.699-2.782	0.37	98	0.324	1583	0.327	1685	0.75	0.778	99.7626	0.298
2.782-2.873	0.429	94	0.315	1561	0.322	1655	0.718	0.763	100	0.285
2.873-2.974	0.386	65	0.296	1523	0.3	1588	0.775	0.826	100	0.264
2.974-3.086	0.366	75	0.286	1465	0.29	1540	0.813	0.864	100	0.255
3.086-3.212	0.363	73	0.281	1383	0.285	1456	0.829	0.851	100	0.253
3.212-3.354	0.355	74	0.304	1353	0.307	1428	0.813	0.827	99.93	0.277
3.354-3.517	0.354	67	0.264	1300	0.268	1367	0.833	0.885	100	0.244
3.517-3.707	0.365	61	0.257	1231	0.262	1293	0.83	0.882	99.9227	0.238
3.707-3.931	0.333	54	0.246	1176	0.25	1231	0.853	0.894	99.9188	0.23
3.931-4.201	0.341	62	0.234	1104	0.239	1166	0.858	0.9	100	0.225
4.201-4.537	0.235	58	0.211	1027	0.212	1085	0.929	0.937	100	0.206
4.537-4.967	0.23	52	0.193	957	0.195	1009	0.943	0.948	100	0.19
4.967-5.55	0.264	50	0.232	861	0.234	913	0.933	0.936	99.7809	0.224
5.55-6.401	0.292	48	0.266	774	0.267	822	0.925	0.926	100	0.256
6.401-7.821	0.347	30	0.211	673	0.216	703	0.92	0.936	100	0.208
7.821-10.983	0.239	32	0.185	524	0.187	560	0.93	0.961	99.2857	0.197
10.983-65.995	0.505	24	0.329	323	0.339	347	0.81	0.894	100	0.361

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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