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- PDB-8zmg: Crystal structure of an inverse agonist antipsychotic drug pimava... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zmg
タイトルCrystal structure of an inverse agonist antipsychotic drug pimavanserin-bound 5-HT2A
要素5-hydroxytryptamine receptor 2A,Soluble cytochrome b562
キーワードMEMBRANE PROTEIN / class A G protein-coupled receptor / inverse agonist
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to cytoskeleton / positive regulation of heat generation / 1-(4-iodo-2,5-dimethoxyphenyl)propan-2-amine binding / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor complex / neurofilament / cell body fiber / Serotonin receptors ...protein localization to cytoskeleton / positive regulation of heat generation / 1-(4-iodo-2,5-dimethoxyphenyl)propan-2-amine binding / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor complex / neurofilament / cell body fiber / Serotonin receptors / serotonin receptor activity / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / artery smooth muscle contraction / G protein-coupled serotonin receptor activity / positive regulation of cytokine production involved in immune response / serotonin receptor signaling pathway / sensitization / neurotransmitter receptor activity / urinary bladder smooth muscle contraction / serotonin binding / positive regulation of platelet aggregation / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of DNA biosynthetic process / temperature homeostasis / positive regulation of vasoconstriction / regulation of dopamine secretion / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / negative regulation of potassium ion transport / protein tyrosine kinase activator activity / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / positive regulation of execution phase of apoptosis / positive regulation of fat cell differentiation / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / behavioral response to cocaine / release of sequestered calcium ion into cytosol / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of glycolytic process / dendritic shaft / glycolytic process / electron transport chain / caveola / memory / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / virus receptor activity / presynaptic membrane / cytoplasmic vesicle / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / postsynaptic membrane / periplasmic space / electron transfer activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / iron ion binding / response to xenobiotic stimulus / axon / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / heme binding / dendrite / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
5-Hydroxytryptamine 2A receptor / 5-hydroxytryptamine receptor family / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Soluble cytochrome b562 / 5-hydroxytryptamine receptor 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Oguma, T. / Asada, H. / Sekiguchi, Y. / Imono, M. / Iwata, S. / Kusakabe, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22KK0099 日本
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Dual 5-HT 2A and 5-HT 2C Receptor Inverse Agonist That Affords In Vivo Antipsychotic Efficacy with Minimal hERG Inhibition for the Treatment of Dementia-Related Psychosis.
著者: Oguma, T. / Jino, K. / Nakahara, K. / Asada, H. / Fuchino, K. / Nagatani, K. / Kouki, K. / Okamoto, R. / Takai, N. / Koda, K. / Fujita, S. / Sekiguchi, Y. / Yasuo, K. / Mayumi, K. / Abe, A. / ...著者: Oguma, T. / Jino, K. / Nakahara, K. / Asada, H. / Fuchino, K. / Nagatani, K. / Kouki, K. / Okamoto, R. / Takai, N. / Koda, K. / Fujita, S. / Sekiguchi, Y. / Yasuo, K. / Mayumi, K. / Abe, A. / Imono, M. / Horiguchi, N. / Iwata, S. / Kusakabe, K.I.
履歴
登録2024年5月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月4日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_contact_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_contact_author.email
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-hydroxytryptamine receptor 2A,Soluble cytochrome b562
B: 5-hydroxytryptamine receptor 2A,Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,0684
ポリマ－93,2132
非ポリマー8552
水00
1
A: 5-hydroxytryptamine receptor 2A,Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0342
ポリマ－46,6061
非ポリマー4281
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 5-hydroxytryptamine receptor 2A,Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0342
ポリマ－46,6061
非ポリマー4281
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)276.260, 42.040, 90.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.147, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y

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要素

#1: タンパク質 5-hydroxytryptamine receptor 2A,Soluble cytochrome b562 / 5-HT-2 / 5-HT-2A / Serotonin receptor 2A / Cytochrome b-562


分子量: 46606.297 Da / 分子数: 2 / 変異: S162K,M164W,M29W,H124I,R128L,R315G / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Ser162Lys and Met164Trp mutations were induced in the 5-HT2A receptor and imBRIL was substituted in the 266-312 aa region of the intracellular third loop (ICL3).
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: HTR2A, HTR2, cybC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P28223, UniProt: P0ABE7
#2: 化合物 ChemComp-A1L11 / Pimavanserin / 1-[(4-fluorophenyl)methyl]-1-(1-methylpiperidin-4-yl)-3-[[4-(2-methylpropoxy)phenyl]methyl]urea


分子量: 427.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H34FN3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6 / 詳細: 32-38%PEG300, 40-60mM lithium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→45.14 Å / Num. obs: 14824 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.7 % / Biso Wilson estimate: 82.5 Å2 / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 1.231 / Rpim(I) all: 0.2694 / Rrim(I) all: 1.246 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allDiffraction-ID
3.4-3.613.09124140.5840.67973.1311
3.61-3.8622290.79910.4721
3.86-4.163.8220080.9543.8691
4.16-4.561.41919180.9591.4361
4.56-5.10.84717430.9860.8581
5.1-5.890.77315570.9670.7831
5.89-7.210.53113120.9880.5371
7.21-10.20.24410470.9960.2471
10.2-45.140.1925960.9890.1941

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21rc1_5127精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6A93

6a93


解像度: 3.4→45.14 Å / SU ML: 0.5892 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.9702
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3277 1470 9.95 %
Rwork0.2907 13304 -
obs0.2943 14774 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 104.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→45.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5707 0 62 0 5769
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00235891
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51368000
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0364951
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0049973
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.30412102
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.510.38231310.36011220X-RAY DIFFRACTION100
3.51-3.640.40541300.34491176X-RAY DIFFRACTION99.69
3.64-3.780.40611380.33061209X-RAY DIFFRACTION99.85
3.78-3.950.32931290.31111177X-RAY DIFFRACTION99.85
3.95-4.160.34381380.28371196X-RAY DIFFRACTION99.4
4.16-4.420.31751270.27551180X-RAY DIFFRACTION99.77
4.42-4.760.3071350.25391220X-RAY DIFFRACTION99.41
4.76-5.240.28031330.27151194X-RAY DIFFRACTION99.18
5.24-60.40631350.33011219X-RAY DIFFRACTION99.63
6-7.550.32161340.31941215X-RAY DIFFRACTION100
7.56-45.140.27561400.25091298X-RAY DIFFRACTION99.52
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.100698931762.87311937721-0.01750092029752.676588736240.1125992205252.926601564710.03143854940930.57821654621-0.07473455179980.163752228819-0.1573733182350.396828469161-0.104131225409-0.09631133247970.1754474634710.581213653298-0.467550596560.04844567326181.772789236370.5214169376511.44625370996-31.006536845314.313144752117.7287838795
25.315147408991.69251436052-0.373400571911.274028692281.113604580572.14700098690.03290135714470.680861430682-0.583689124935-0.08632312632930.0757795485888-0.590093734810.1283340101530.956309560428-0.09808025927370.118244250915-0.0609989410749-0.1379685431711.209722969220.6275107052071.2433601178-21.784564018917.234107505123.8582911139
34.149173075480.606731916798-0.952607899850.475511193552-0.4778596144381.87012130877-0.3004377294830.3361076517641.442802918150.2533566508970.1350759645350.174539668586-0.322008157488-0.43949530833-0.03722375576580.0977012159624-0.08376367172140.1123386601590.509869282728-0.04174354432411.26178118563-32.469030415819.215489650937.1102395713
41.55577609017-0.2388739473980.545862721220.717701487649-0.156881371820.9744980215790.07449680199650.436894496081-0.192727844522-0.138302963901-0.1031375194120.04014616480650.01508942316680.606386134440.03636962866730.2578684874040.1825358548260.2383300969840.4671194997610.08183523608260.977970098989-38.32682442946.2363696115940.2899165016
51.93911537701-1.683827378490.2223024883742.624240085641.004788979571.267460121310.1040224062840.08622424476750.5861506200670.2439390709610.320649285888-0.0946282362862-0.196124676590.0512708353823-0.1612261235070.3373318712220.06073212277260.0680675233330.1868194749090.09361837790951.11028892004-77.917231593710.947220428743.0903515579
68.342826934561.92936783376-1.986053608741.57974719582-0.3334965497431.62401543-0.04658602567720.953316684503-1.02685162235-0.05600948984890.197313853029-0.3322010331420.1584468667260.217511957655-0.07965648768840.54531480529-0.122466048860.1425611424310.189488606479-0.08934664347350.81210507242-49.19351672365.1298122349733.2982816087
78.346866133050.798858032081-0.1841693187714.06886411214-0.7664002872083.249951138360.02909110550550.738750510991-0.372275843369-0.2348745992410.416193091-0.69832758588-0.1000833914770.0939412444806-0.2990601684170.477962613007-0.3092558348110.2834756760651.64918275573-0.4960433599290.895466180935-28.02070695417.3884466332222.2546459054
82.40350299690.193790609690.7688509798371.00272166588-0.05152306627680.703160425502-0.141027492333-0.7154439163680.3534873307410.06993576262320.167124743305-0.04654866317940.2742262248050.7343538205650.07547743396490.09240677143060.2802839312190.376896932180.89115635646-0.06434757767521.80295534503-30.118927087716.848074604465.9070182764
90.48426815967-0.233843687738-1.04239796321.81166996282-0.7970861879193.233078920710.357346103077-1.028452610820.8459437496650.3306174643970.1072579833310.36088562547-0.358984714436-0.00299987370901-0.4203464073110.480265800442-0.02958048180580.3820204745941.59935404967-0.482493404911.72364253005-37.600629699431.02323383969.1277799958
101.19226393876-0.470851916171-0.2534319188060.2196947759660.09301812932070.6993473826380.329685794964-0.191704176797-0.273605031626-0.1097543078890.304322384981-0.3220871120740.2196187776740.5294845711510.1784000116610.1624233699230.2564737193780.295494455291.83829713852-0.1799086034261.6913327105-40.472090006122.38399835983.5415659097
114.96613517858-1.101734365681.302918812015.851636037793.12354286242.419655423660.05860802913780.0198857063944-0.1947180537310.4333809835520.172791546090.174226773601-0.202567438519-0.413458629734-0.329584500360.4622254898090.175049860192-0.01781380542291.29451590634-0.1057131056241.2986526677-80.268427649125.912016955492.9857896994
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162.133674017290.8715261737983.350171920511.518612884251.362068367145.25790179091-0.167189469361-0.729960638461-0.50426193115-0.03979004071250.114710536435-0.170577622060.3435264210810.4955881657390.205354236880.421002531404-0.1563404869770.145597398811.252104742260.1043293430971.36164320541-48.43903692516.9807918021658.4670839241
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 74 through 107 )AA74 - 1071 - 34
22chain 'A' and (resid 108 through 144 )AA108 - 14435 - 71
33chain 'A' and (resid 145 through 216 )AA145 - 21672 - 143
44chain 'A' and (resid 217 through 1018 )AA217 - 1018144 - 210
55chain 'A' and (resid 1019 through 1063 )AA1019 - 1063211 - 255
66chain 'A' and (resid 1064 through 348 )AA1064 - 348256 - 314
77chain 'A' and (resid 349 through 399 )AA349 - 399315 - 365
88chain 'B' and (resid 74 through 178 )BC74 - 1781 - 105
99chain 'B' and (resid 179 through 216 )BC179 - 216106 - 143
1010chain 'B' and (resid 217 through 1018 )BC217 - 1018144 - 210
1111chain 'B' and (resid 1019 through 1046 )BC1019 - 1046211 - 232
1212chain 'B' and (resid 1047 through 1063 )BC1047 - 1063233 - 249
1313chain 'B' and (resid 1064 through 348 )BC1064 - 348250 - 308
1414chain 'B' and (resid 349 through 357 )BC349 - 357309 - 317
1515chain 'B' and (resid 358 through 383 )BC358 - 383318 - 343
1616chain 'B' and (resid 384 through 401 )BC384 - 401344 - 361

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る