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万見
- PDB-8zm2: Structure of human pyruvate dehydrogenase kinase 2 complexed with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zm2
タイトルStructure of human pyruvate dehydrogenase kinase 2 complexed with compound 16
要素[Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / pdhk / kinase inhibitors / fragment screening / pdk1 / pdk2 / pdk3 / pdk4 / transferase-inhibitor complex / transferase/inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


[pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / regulation of acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / : / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / pyruvate dehydrogenase complex / regulation of cellular ketone metabolic process / regulation of pH / cellular response to nutrient / Signaling by Retinoic Acid ...[pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / regulation of acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / : / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / pyruvate dehydrogenase complex / regulation of cellular ketone metabolic process / regulation of pH / cellular response to nutrient / Signaling by Retinoic Acid / regulation of gluconeogenesis / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / regulation of glucose metabolic process / regulation of calcium-mediated signaling / cellular response to reactive oxygen species / glucose metabolic process / phosphorylation / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / protein kinase activity / mitochondrial matrix / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase/Pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal / Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain superfamily / PDK/BCKDK protein kinase / Mitochondrial branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Akai, S. / Orita, T. / Nomura, A. / Adachi, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2024
タイトル: Design and synthesis of novel fluorene derivatives as inhibitors of pyruvate dehydrogenase kinase.
著者: Inoue, M. / Nagamori, H. / Morita, T. / Kobayashi, S. / Suzawa, K. / Kitao, Y. / Saito, T. / Kawahara, I. / Orita, T. / Akai, S. / Adachi, T. / Motomura, T.
履歴
登録2024年5月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9562
ポリマ－44,6481
非ポリマー3081
水1,18966
1
A: [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
ヘテロ分子

A: [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
  • 89.9 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,9124
ポリマ－89,2952
非ポリマー6172
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area32300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.886, 108.886, 84.421
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64
Space group name HallP64
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial / Pyruvate dehydrogenase kinase isoform 2 / PDH kinase 2 / PDKII


分子量: 44647.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDK2, PDHK2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q15119, [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase
#2: 化合物 ChemComp-A1L17 / methyl (9~{R})-9-oxidanyl-9-(trifluoromethyl)fluorene-4-carboxylate


分子量: 308.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H11F3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.99 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 50mM Na acetate pH 5.5, 100mM magnesium chloride, 8% (v/v) isopropanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→94.3 Å / Num. obs: 24368 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 47.97 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 2.33→2.39 Å / Rmerge(I) obs: 0.985 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 1776 / CC1/2: 0.839 / Rpim(I) all: 0.305 / Rrim(I) all: 1.032

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.34→94.3 Å / SU ML: 0.2963 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.2086
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2195 1162 4.81 %
Rwork0.1992 23020 -
obs0.2002 24182 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→94.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2757 0 22 66 2845
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00182858
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.42213875
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0384424
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033495
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.87371069
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.34-2.440.33421340.26812855X-RAY DIFFRACTION99.97
2.44-2.570.23581280.22942869X-RAY DIFFRACTION99.97
2.57-2.730.24671520.24632873X-RAY DIFFRACTION99.97
2.73-2.940.28561540.24272883X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.240.22661350.23932880X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.710.2281650.19772857X-RAY DIFFRACTION100
3.71-4.670.16671440.16962887X-RAY DIFFRACTION100
4.67-94.30.21751500.17662916X-RAY DIFFRACTION99.35
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.38937388622-0.199370352381.149027676372.814147363340.0578819507723.551301189640.1464421845580.815157788677-0.411845188588-0.664835729694-0.2833317063370.2890565786580.284361186038-0.1543365974480.1609343056420.6074864403670.0617011276304-0.1518471278670.677025153164-0.2890539685130.67054799660438.4252377703-22.75371671314.2452335208
21.56195794597-1.07085473637-1.03015725641.18952864179-0.2264423809443.235070810970.1337679383430.163011208278-0.520904671176-0.453744733451-0.2721157566670.2194100764190.339386421707-0.080227984687-0.005488062229430.6624846162980.0818995380596-0.08409489227320.471498357519-0.1704806407330.63665466249245.1794314547-24.370606468320.0082873357
33.298354771051.275291618710.3353788448234.768371097850.2201427773283.255028783610.418266660171-0.704395797293-0.4641982772490.924361175984-0.560456196860.2215081367170.158826494597-0.3330756669070.1123644659390.65745534443-0.1952265271410.06794630244540.4773060886960.0500955562410.53612358068442.8611385465-16.656518103445.5952831877
43.714571359461.319893932680.6266679480513.053879215160.4399269048722.067552979310.4434381710570.0660399086831-0.5459901598350.15821296642-0.384673299835-0.2156731453570.2055811229460.120079327144-0.1025154166960.4447789975350.04736676168-0.05538797049880.3243623981240.007211116450860.36716260008552.929507831-10.245855594435.938274615
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 14 through 98 )14 - 981 - 85
22chain 'A' and (resid 99 through 175 )99 - 17586 - 162
33chain 'A' and (resid 176 through 241 )176 - 241163 - 222
44chain 'A' and (resid 242 through 376 )242 - 376223 - 343

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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