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- PDB-8zly: Crystal structure of Streptococcus pneumoniae pyruvate kinase in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zly
タイトルCrystal structure of Streptococcus pneumoniae pyruvate kinase in complex with oxalate and fructose 1,6-bisphosphate and UDP
要素Pyruvate kinase
キーワードTRANSFERASE / Pyruvate kinase / Streptococcus pneumoniae / Glycolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / potassium ion binding / glycolytic process / kinase activity / phosphorylation / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / : / OXALATE ION / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Pyruvate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Nakashima, R. / Taguchi, A.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21K20759 日本
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Structural basis of nucleotide selectivity in pyruvate kinase.
著者: Taguchi, A. / Nakashima, R. / Nishino, K.
履歴
登録2024年5月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pyruvate kinase
B: Pyruvate kinase
C: Pyruvate kinase
D: Pyruvate kinase
E: Pyruvate kinase
F: Pyruvate kinase
G: Pyruvate kinase
H: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)462,88054
ポリマ－455,9498
非ポリマー6,93246
水69,3403849
1
A: Pyruvate kinase
B: Pyruvate kinase
ヘテロ分子

A: Pyruvate kinase
B: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,65428
ポリマ－227,9744
非ポリマー3,68024
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area13060 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area72840 Å2
手法PISA
2
C: Pyruvate kinase
D: Pyruvate kinase
ヘテロ分子

C: Pyruvate kinase
D: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,65428
ポリマ－227,9744
非ポリマー3,68024
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area13070 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area72610 Å2
手法PISA
3
G: Pyruvate kinase
H: Pyruvate kinase
ヘテロ分子

E: Pyruvate kinase
F: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,22626
ポリマ－227,9744
非ポリマー3,25222
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_444x-1/2,-y-1/2,-z-11
Buried area12740 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area73160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.809, 403.204, 113.593
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 16分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Pyruvate kinase


分子量: 56993.590 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: pykF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DQ84
#2: 糖
ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O12P2
識別子タイププログラム
b-D-Fruf1PO36PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 5種, 3887分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物
ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン


分子量: 88.019 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3849 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 60 mM HEPES pH7.3, 75 mM NaCl, 75 mM KCl, 10 mM MgCl2, 75 mM Na formate, 14 % PEG3350, 10 mM oxalate, 10 mM FBP, 5 mM UDP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月4日
詳細: Main beamline optics is a double-crystal monochromator and a horizontal focusing mirror
放射モノクロメーター: Double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→48.17 Å / Num. obs: 423736 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.34 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 6.23
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.89-20.307513870.8560.3991
2-2.140.211531400.9290.2741
2.14-2.310.152491690.960.1961
2.31-2.530.121439650.9720.1561
2.53-2.830.096364640.9820.1231
2.83-3.260.07309430.9890.0891
3.26-3.990.054251470.9920.0671
3.99-5.630.046182280.9940.0571
5.63-48.170.03398920.9980.041

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.89→48.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20472 21187 5 %RANDOM
Rwork0.16524 ---
obs0.16721 402543 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.93 Å20 Å20 Å2
2--0.55 Å2-0 Å2
3----1.48 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.89→48.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30720 0 406 3849 34975
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01331462
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0360.01730119
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7191.6642504
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3461.58969849
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.74554000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.68922.9851608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.642155776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.06215216
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.24332
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0235087
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0130.026093
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1313.58116024
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1313.5816023
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1525.35620016
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.1525.35720017
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.424.11315438
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.424.11415397
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.675.94922441
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.07344.07335811
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.01743.37134787
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.89→1.936 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 1506 -
Rwork0.289 28618 -
obs--96.75 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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