[日本語] English
万見
- PDB-8zlq: Proenzyme of Triticum aestivum papain-like cysteine protease Trit... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zlq
タイトルProenzyme of Triticum aestivum papain-like cysteine protease Triticain-alpha inactive mutant lacking granulin domain
要素Triticain alpha
キーワードHYDROLASE / Cysteine protease / glutenase / seed germination
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type peptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Granulin / Granulin superfamily / Granulin / Granulin / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. ...Granulin / Granulin superfamily / Granulin / Granulin / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Triticum aestivum (コムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Petushkova, A.I. / Zalevsky, A.O. / Gorokhovets, N.V. / Makarov, V.A. / Maslova, V.D. / Fedorov, V.A. / Savvateeva, L.V. / Zernii, E.Y. / Soond, S.M. / Golovin, A.V. / Zamyatnin Jr., A.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Structure of Triticain-Alpha Revealed a pH-Dependent Mechanism of Substrate Recognition
著者: Petushkova, A.I. / Zalevsky, A.O. / Gorokhovets, N.V. / Makarov, V.A. / Maslova, V.D. / Fedorov, V.A. / Savvateeva, L.V. / Zernii, E.Y. / Soond, S.M. / Golovin, A.V. / Zamyatnin Jr., A.A.
履歴
登録2024年5月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Triticain alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3691
ポリマ－38,3691
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area15020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.691, 126.691, 42.361
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Triticain alpha


分子量: 38369.215 Da / 分子数: 1 / 変異: C154A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Engineered mutation: C154A. Expression tag: first 20 aa contain His-tag; they were not modelled due to low resolution.
由来: (組換発現) Triticum aestivum (コムギ) / 器官: SEEDLING / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami 2 (DE3) pLysS
参照: UniProt: Q0WXG8, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.91 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 100 mM sodium acetate buffer, 3.5% polyethylene glycol 4000 (w/v), 15% glycerol (v/v)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.96409 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.46→109.72 Å / Num. obs: 4186 / % possible obs: 78.6 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 131.38 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 0.88 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 3.46→3.79 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 382 / CC1/2: 0.787 / Rpim(I) all: 0.54 / Rrim(I) all: 0.764 / Χ2: 0.94 / % possible all: 29.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROC1.0.5 (20190923)データ削減
STARANISO2.3.13 (20190907)データスケーリング
PHENIX1.21_5207位相決定
PHENIX1.21_5207精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AF-Q0WXG8-F1

解像度: 3.46→109.7 Å / SU ML: 0.1804 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.2482
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2594 221 -
Rwork0.2441 7355 -
obs-4178 78.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 164.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.46→109.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2548 0 0 0 2548
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00152597
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.41533506
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0383360
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0028471
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.9901959
LS精密化 シェル解像度: 3.46→3.96 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4207 37 -
Rwork0.4216 706 -
obs--39.21 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -10.8162098673 Å / Origin y: -48.01247437 Å / Origin z: 1.56756106857 Å
111213212223313233
T1.23625932209 Å20.114668199272 Å20.04547966457 Å2-1.0218441637 Å20.0343305001649 Å2--0.721893684405 Å2
L5.10023058536 °2-2.86512546871 °21.00280503993 °2-3.50491094059 °2-1.27230822418 °2--3.65207340012 °2
S-0.166095183967 Å °0.678386932523 Å °0.605094947926 Å °0.742595757411 Å °-0.0837918619314 Å °-0.226844879862 Å °-1.19943762166 Å °-0.144683113657 Å °-0.00544856455548 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る