PDB-8zlk: PWWP domain from human DNMT3B

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zlk

タイトル

PWWP domain from human DNMT3B

要素

DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Methyltransferase / DNA methylation

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpNpG substrates / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpN substrates / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpG substrates / DNA-methyltransferase activity / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / SUMOylation of DNA methylation proteins / catalytic complex / DNA methylation / PRC2 methylates histones and DNA ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.74 Å

データ登録者

Cho, C.-C. / Yuan, H.S.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Histone modification-driven structural remodeling unleashes DNMT3B in DNA methylation.
著者: Cho, C.C. / Huang, H.H. / Jiang, B.C. / Yang, W.Z. / Chen, Y.N. / Yuan, H.S.

履歴

登録	2024年5月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.2	2025年4月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zlk.cif.gz	124.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zlk.ent.gz	97.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zlk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8zlk_validation.pdf.gz	438.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8zlk_full_validation.pdf.gz	442.5 KB	表示
XML形式データ	8zlk_validation.xml.gz	13.2 KB	表示
CIF形式データ	8zlk_validation.cif.gz	16.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/8zlk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/8zlk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (18) #67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

登録構造単位

A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B

B: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B

33.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
16.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B

登録者が定義した集合体
16.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.940, 73.940, 156.973
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B / Dnmt3b / DNA methyltransferase HsaIIIB / DNA MTase HsaIIIB / M.HsaIIIB 分子量: 16755.896 Da / 分子数: 2 / 断片: PWWP domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNMT3B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9UBC3, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.72 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Lithium sulfate monohydrate, CAPS, Ammonium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2024年3月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.74→30 Å / Num. obs: 13596 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 20.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.74-2.84	10.1	0.496	1346	0.955	0.988	0.162	0.523	1.145	100
2.84-2.95	10.1	0.364	1317	0.98	0.995	0.119	0.384	1.224	100
2.95-3.09	10	0.275	1327	0.983	0.996	0.09	0.29	1.274	100
3.09-3.25	9.9	0.171	1327	0.993	0.998	0.056	0.18	1.262	100
3.25-3.45	9.8	0.11	1343	0.997	0.999	0.036	0.116	1.257	100
3.45-3.72	9.8	0.072	1350	0.998	1	0.024	0.076	1.281	100
3.72-4.09	9.7	0.054	1351	0.999	1	0.018	0.057	1.183	99.9
4.09-4.68	9.6	0.048	1375	0.999	1	0.016	0.05	1.288	99.9
4.68-5.89	10.3	0.037	1376	0.999	1	0.012	0.039	1.102	100
5.89-30	10.6	0.03	1484	1	1	0.009	0.031	1.252	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.74→28.19 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2673	1311	10.04 %
R_work	0.2208	-	-
obs	0.2256	13059	96.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.74→28.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2156	0	0	14	2170

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2220
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.72	2984
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.611	794
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	294
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	372

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.74-2.85	0.36	132	0.302	1187	X-RAY DIFFRACTION	89
2.85-2.98	0.3071	142	0.2725	1226	X-RAY DIFFRACTION	93
2.98-3.14	0.3334	144	0.2624	1250	X-RAY DIFFRACTION	95
3.14-3.34	0.285	143	0.2534	1281	X-RAY DIFFRACTION	96
3.34-3.59	0.2559	144	0.2289	1289	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6-3.96	0.2724	140	0.2082	1327	X-RAY DIFFRACTION	98
3.96-4.53	0.2131	154	0.1942	1350	X-RAY DIFFRACTION	99
4.53-5.69	0.2317	151	0.1986	1384	X-RAY DIFFRACTION	99
5.71-28.19	0.3008	161	0.2206	1454	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.851	0.6444	-6.1036	8.1908	-1.3516	9.7393	0.1333	-0.8996	2.0713	0.1793	0.6075	-0.505	-0.7831	0.9032	-0.684	0.7967	0.0189	-0.2416	0.5895	-0.0771	0.8488	-33.5304	24.4497	2.5948
2	5.952	1.8019	1.7403	5.8033	-5.2724	6.881	-0.192	2.1561	-1.0796	-0.6532	0.8159	0.3959	1.4376	1.1424	-0.6708	0.6436	-0.0531	0.009	0.6854	-0.0654	0.4078	-47.3141	18.6411	-6.7114
3	9.8967	0.1924	-3.8901	9.5303	0.3931	5.2071	-0.5806	-0.2569	-0.3706	0.6544	0.0287	-0.806	0.588	0.6995	0.5273	0.4483	0.0193	-0.035	0.363	0.0545	0.2939	-34.573	15.4048	-2.452
4	8.4444	-3.0392	-1.966	2.0525	2.4733	5.4681	-0.0074	0.6224	0.916	0.0239	-0.2019	-0.1936	0.0776	-0.3275	0.2337	0.5155	-0.0355	-0.072	0.3824	0.1286	0.4014	-46.133	19.1023	-2.6102
5	9.7745	-4.2899	-1.6352	7.0831	-0.5756	3.6322	-0.4063	-0.2592	-1.817	0.32	0.0803	0.569	1.1737	-0.0087	0.2112	0.5594	-0.0179	0.1354	0.3534	0.0423	0.6183	-53.9148	11.2795	1.8151
6	4.6963	-1.4502	1.5969	4.2022	3.1699	4.1055	0.8235	-1.0253	-2.9922	1.9431	0.338	0.5561	1.2651	-0.7129	-1.1768	1.3178	0.1219	0.0111	1.1527	0.4072	1.1101	-58.2647	9.6805	15.2742
7	9.0802	-3.0159	1.6055	9.3581	-3.4307	5.8749	-0.8225	-1.0725	-2.1971	0.1367	0.2851	1.0622	1.4909	0.1641	0.4516	0.7815	0.0656	0.3447	0.5493	0.149	0.8343	-59.9162	12.589	7.4623
8	5.0792	6.9797	4.0773	2.0056	4.5408	5.4545	-1.1045	-2.8384	2.4973	0.9804	1.3759	0.6666	-1.793	-0.5182	-0.2565	0.9059	0.3148	0.0372	0.8086	-0.1546	0.6142	-55.2841	23.6266	13.0598
9	5.086	-1.805	3.5464	2.6042	-2.3989	3.1514	-1.1112	-1.4577	0.8813	1.7932	1.5644	-0.3878	0.4124	2.3298	-0.4696	0.905	0.245	-0.1366	0.9493	0.0558	0.5844	-44.593	22.6513	12.6253
10	8.7797	2.2486	-1.4012	5.8099	-0.4448	4.7567	0.3888	-0.0278	1.819	0.1233	0.397	-0.1051	-0.4309	1.3482	-0.8488	0.5488	-0.1766	0.0154	0.6989	-0.0887	0.7494	-17.8452	29.7258	-14.5989
11	5.1236	2.5382	-0.9097	4.8747	-1.2959	9.262	-0.0503	-0.2166	0.2521	-0.1809	0.6176	0.06	0.4829	0.8625	-0.5688	0.3239	-0.0311	-0.0304	0.5387	-0.0968	0.4836	-19.0889	24.0563	-13.6723
12	7.686	-2.0846	-0.4994	6.7869	1.8815	6.3798	0.1452	0.7566	0.0879	-0.5257	0.1523	1.4779	1.2453	-1.7865	-0.1811	0.7773	-0.4588	-0.1623	1.28	0.2586	0.7686	-33.6902	21.1992	-22.3072

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 215 through 227 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 228 through 238 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 239 through 263 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 264 through 288 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 289 through 312 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 313 through 324 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 325 through 337 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 338 through 344 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 345 through 351 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 215 through 238 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 239 through 295 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 296 through 351 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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