PDB-8zlf: Crystal structure of DH domain of FYVE Domain containing protein(...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zlf

タイトル

Crystal structure of DH domain of FYVE Domain containing protein(FP10) from Entamoeba histolytica

要素

Rho/RAC guanine nucleotide exchange factor, putative

キーワード

SIGNALING PROTEIN / DH domain / GTPase Activator / cytoskeleton Modulator

機能・相同性

機能・相同性情報

guanyl-nucleotide exchange factor activity / cytoskeleton / intracellular signal transduction / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Entamoeba histolytica HM-1:IMSS-A (赤痢アメーバ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.48 Å

データ登録者

Gautam, A.K. / Umarao, P. / Gourinath, S.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: crystal structure of DH domain of FYVE domain containing Protein(FP10) from Entamoeba histolytica
著者: Gautam, A.K. / Umarao, P. / Gourinath, S.

履歴

登録	2024年5月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zlf.cif.gz	94 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zlf.ent.gz	67.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zlf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8zlf_validation.pdf.gz	907.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8zlf_full_validation.pdf.gz	915.4 KB	表示
XML形式データ	8zlf_validation.xml.gz	20.1 KB	表示
CIF形式データ	8zlf_validation.cif.gz	25.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/8zlf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/8zlf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (5) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Rho/RAC guanine nucleotide exchange factor, putative

B: Rho/RAC guanine nucleotide exchange factor, putative

ヘテロ分子

48.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.590, 69.337, 57.615
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 118.275, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 192 / Label seq-ID: 1 - 192

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Rho/RAC guanine nucleotide exchange factor, putative 分子量: 24215.014 Da / 分子数: 2 断片: DH domain of FYVE domain containing GEF(FP10) protein 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS-A (赤痢アメーバ) 遺伝子: EHI7A_047060 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: N9UU15
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.9 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.5M Sodium Citrate tribasic dihydrate, 0.1M Sodium Citrate pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.48→50.741 Å / Num. obs: 16337 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 2.6
反射シェル	解像度: 2.48→5.544 Å / Num. unique obs: 1780 / CC_1/2: 0.93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.48→50.741 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 13.149 / SU ML: 0.283 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.386 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2893	697	5.493 %
R_work	0.2339	11993	-
all	0.237	-	-
obs	-	12690	90.404 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.861 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.04 Å²	0 Å²	-1.922 Å²
2-	-	6.717 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.386 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.48→50.741 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3037	0	13	78	3128

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	3100
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2937
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.423	1.639	4203
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.486	1.566	6727
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.44	5	394
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.925	5	15
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.102	10	523
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.331	10	126
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	500
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3575
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	673
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.247	0.2	898
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.207	0.2	2937
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.191	0.2	1584
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1796
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.02	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.289	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.324	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.465	4.232	1582
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.465	4.232	1582
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.743	7.605	1974
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.743	7.604	1975
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.263	4.58	1518
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.253	4.583	1518
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.162	8.237	2229
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.164	8.236	2230
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.517	50.732	13342
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.516	50.669	13324
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.126	0.05	5945

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12605	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12605	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.48-2.544	0.36	49	0.29	974	0.293	1027	0.916	0.945	99.6105	0.28
2.544-2.614	0.368	30	0.348	770	0.349	994	0.911	0.932	80.4829	0.324
2.614-2.689		0	0.31	2	0.31	979		0.944	0.2043	0.302
2.689-2.772	0.393	45	0.353	785	0.355	950	0.912	0.93	87.3684	0.323
2.772-2.863	0.342	48	0.252	863	0.256	912	0.93	0.961	99.8904	0.246
2.863-2.963	0.319	51	0.248	841	0.252	893	0.95	0.962	99.888	0.242
2.963-3.074	0.297	59	0.253	806	0.256	865	0.953	0.965	100	0.246
3.074-3.199	0.322	54	0.23	775	0.236	832	0.942	0.971	99.6394	0.228
3.199-3.341	0.269	45	0.227	746	0.229	792	0.95	0.973	99.8737	0.234
3.341-3.503	0.328	54	0.248	697	0.253	756	0.939	0.965	99.3386	0.253
3.503-3.692	0.358	19	0.226	685	0.23	710	0.941	0.973	99.1549	0.239
3.692-3.914	0.239	29	0.219	664	0.22	700	0.96	0.976	99	0.241
3.914-4.183	0.248	48	0.21	588	0.213	643	0.969	0.976	98.9114	0.237
4.183-4.515	0.162	19	0.186	585	0.186	609	0.984	0.981	99.179	0.219
4.515-4.942	0.417	15	0.181	527	0.185	548	0.977	0.983	98.9051	0.224
4.942-5.519	0.321	35	0.222	467	0.229	504	0.954	0.977	99.6032	0.27
5.519-6.36	0.368	52	0.286	401	0.297	456	0.948	0.959	99.3421	0.339
6.36-7.759	0.184	24	0.241	351	0.237	377	0.983	0.973	99.4695	0.31
7.759-10.847	0.14	7	0.19	294	0.188	302	0.997	0.983	99.6689	0.283
10.847-50.741	0.24	14	0.252	168	0.252	184	0.962	0.956	98.913	0.327

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関連情報:EMDBヘッダ

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