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- PDB-8zkv: Crystal structure of mutant catalytic domains of threonine deamin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zkv
タイトルCrystal structure of mutant catalytic domains of threonine deaminase in complex with PLP
要素L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Threonine Deaminase / Pyridoxal phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


threonine ammonia-lyase / threonine deaminase activity / threonine metabolic process / branched-chain amino acid biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / amino acid binding / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Threonine dehydratase, biosynthetic / Threonine dehydratase, ACT-like domain / Threonine dehydratase, ACT-like domain superfamily / C-terminal regulatory domain of Threonine dehydratase / ACT-like domain profile. / : / Serine/threonine dehydratase, pyridoxal-phosphate-binding site / Serine/threonine dehydratases pyridoxal-phosphate attachment site. / ACT-like domain / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme ...Threonine dehydratase, biosynthetic / Threonine dehydratase, ACT-like domain / Threonine dehydratase, ACT-like domain superfamily / C-terminal regulatory domain of Threonine dehydratase / ACT-like domain profile. / : / Serine/threonine dehydratase, pyridoxal-phosphate-binding site / Serine/threonine dehydratases pyridoxal-phosphate attachment site. / ACT-like domain / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Khodi, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dimer-Tetramer Transition Modulates the Allosteric Regulation of Threonine Deaminase
著者: Khodi, S. / Yekeen, A. / Liu, H. / Chen, Q.
履歴
登録2024年5月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年9月4日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / entity / pdbx_contact_author / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / refine / refine_hist / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / struct / struct_asym / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _citation.title / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _reflns.d_resolution_low / _reflns.number_obs / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI / _reflns.percent_possible_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.number_unique_obs / _reflns_shell.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all / _reflns_shell.percent_possible_all / _struct.title / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end
解説: Model completeness / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12024年9月18日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA
B: L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA
C: L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA
D: L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,54819
ポリマ－142,1114
非ポリマー1,43715
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9960 Å2
ΔGint-228 kcal/mol
Surface area47390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.567, 83.808, 143.245
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.51, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA / Threonine deaminase


分子量: 35527.723 Da / 分子数: 4 / 変異: H322L,S328L,G334L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: ilvA, b3772, JW3745 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04968, threonine ammonia-lyase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.28 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.5 M (NH4)2SO4 and 0.1 M Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→40.38 Å / Num. obs: 52178 / % possible obs: 99.83 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1379 / Rpim(I) all: 0.05753 / Rrim(I) all: 0.1496 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.56→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.9016 / Num. unique obs: 5170 / CC1/2: 0.756 / Rpim(I) all: 0.3744 / Rrim(I) all: 0.9775 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TDJ

1tdj


解像度: 2.56→40.38 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2344 2495 4.78 %
Rwork0.1829 --
obs0.1853 52142 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.56→40.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9868 0 70 98 10036
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00610100
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71313704
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.8241431
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481577
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051777
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.56-2.650.31791230.25195170X-RAY DIFFRACTION98
2.61-2.660.30991440.23922747X-RAY DIFFRACTION100
2.66-2.720.32661180.23742751X-RAY DIFFRACTION100
2.72-2.780.36891270.23132782X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.850.25781440.21242741X-RAY DIFFRACTION100
2.85-2.930.26171510.22222749X-RAY DIFFRACTION100
2.93-3.020.32111270.21932770X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.110.33931480.22962736X-RAY DIFFRACTION100
3.11-3.220.31061420.232754X-RAY DIFFRACTION100
3.22-3.350.28721530.20912718X-RAY DIFFRACTION100
3.35-3.510.25661280.20062803X-RAY DIFFRACTION100
3.51-3.690.27431420.18922765X-RAY DIFFRACTION100
3.69-3.920.18381420.16362723X-RAY DIFFRACTION100
3.92-4.220.15681280.15362802X-RAY DIFFRACTION100
4.22-4.650.18451220.13492791X-RAY DIFFRACTION100
4.65-5.320.18561580.15112770X-RAY DIFFRACTION100
5.32-6.70.2281400.17962784X-RAY DIFFRACTION100
6.7-8.10.18411580.1562813X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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