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- PDB-8zkd: The Crystal Structure of the RON from Biortus. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zkd
タイトルThe Crystal Structure of the RON from Biortus.
要素Macrophage-stimulating protein receptor beta chain
キーワードTRANSFERASE / Kinase / Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by MST1 / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / pancreas development / vacuole / single fertilization / phagocytosis / stress fiber / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / basal plasma membrane ...Signaling by MST1 / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / pancreas development / vacuole / single fertilization / phagocytosis / stress fiber / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / basal plasma membrane / liver development / positive regulation of MAP kinase activity / response to virus / neuron differentiation / receptor protein-tyrosine kinase / defense response / cell migration / nervous system development / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / phosphorylation / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / enzyme binding / cell surface / signal transduction / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
RON, Sema domain / Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain ...RON, Sema domain / Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / IPT domain / Immunoglobulin E-set / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Macrophage-stimulating protein receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Qi, J. / Pan, W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of the RON from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Qi, J. / Pan, W.
履歴
登録2024年5月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage-stimulating protein receptor beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9035
ポリマ－34,2481
非ポリマー6554
水3,459192
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area14220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.193, 98.193, 46.873
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Macrophage-stimulating protein receptor beta chain


分子量: 34248.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MST1R, PTK8, RON
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q04912
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.72 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.952998 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.952998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→49.1 Å / Num. obs: 28370 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2.05→2.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.769 / Num. unique obs: 2163

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→49.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 5.873 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.151 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2305 1457 5.14 %
Rwork0.1774 26891 -
all0.18 --
obs-28348 99.972 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 54.292 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.085 Å20 Å20 Å2
2---4.085 Å20 Å2
3---8.171 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→49.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2411 0 40 192 2643
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0122526
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162387
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3231.8473428
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4771.7585474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.355299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.019524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg0.01251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.410419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.03310123
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2378
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other0.0420.21
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022979
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02606
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.2508
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1930.22202
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.21221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0770.21239
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.2156
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2290.28
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1910.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2680.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5255.5351193
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5165.5341193
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.1469.9431490
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.1459.9441491
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4656.0661333
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.4656.0691333
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.90910.9071937
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.90710.9081938
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.98955.0812842
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.95354.5332804
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.1030.2981120.321953X-RAY DIFFRACTION100
2.103-2.1610.2911100.2961902X-RAY DIFFRACTION100
2.161-2.2230.3261020.2931903X-RAY DIFFRACTION99.9501
2.223-2.2920.2951070.2511782X-RAY DIFFRACTION99.9471
2.292-2.3670.3051060.2211752X-RAY DIFFRACTION100
2.367-2.4490.245890.2121690X-RAY DIFFRACTION100
2.449-2.5420.269990.21638X-RAY DIFFRACTION100
2.542-2.6450.227750.181598X-RAY DIFFRACTION100
2.645-2.7620.215520.1761556X-RAY DIFFRACTION100
2.762-2.8970.28620.1871482X-RAY DIFFRACTION100
2.897-3.0530.244790.1851389X-RAY DIFFRACTION100
3.053-3.2370.214820.1821303X-RAY DIFFRACTION100
3.237-3.460.231770.191212X-RAY DIFFRACTION100
3.46-3.7350.249610.191167X-RAY DIFFRACTION100
3.735-4.090.264700.1671058X-RAY DIFFRACTION100
4.09-4.5680.19370.139988X-RAY DIFFRACTION100
4.568-5.2670.167340.12866X-RAY DIFFRACTION100
5.267-6.4330.208540.154729X-RAY DIFFRACTION100
6.433-9.0210.137290.141585X-RAY DIFFRACTION100
9.021-49.10.209200.157338X-RAY DIFFRACTION98.895

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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