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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8zkc | ||||||
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タイトル | iron-sulfur cluster transfer protein ApbC | ||||||
要素 | Iron-sulfur cluster carrier protein | ||||||
キーワード | CYTOSOLIC PROTEIN / Iron-sulfur clusters / dimerization / disulfide bonds | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATP-dependent FeS chaperone activity / iron-sulfur cluster assembly / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, J. / Liu, L. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2024 タイトル: Crystal structure of the iron-sulfur cluster transfer protein ApbC from Escherichia coli. 著者: Yang, J. / Duan, Y.F. / Liu, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8zkc.cif.gz | 145.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8zkc.ent.gz | 112.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8zkc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8zkc_validation.pdf.gz | 449 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8zkc_full_validation.pdf.gz | 451.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8zkc_validation.xml.gz | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8zkc_validation.cif.gz | 17.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/8zkc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/8zkc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44206.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mrp, b2113, JW2100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AF08 |
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.81 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: tri-potassium citrate, PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→55.51 Å / Num. obs: 11707 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 24.3 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.129 / Net I/σ(I): 21.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.85→2.91 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 845 / CC1/2: 0.507 / Rpim(I) all: 0.706 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→55.51 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.48 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.85→55.51 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 8.1621 Å / Origin y: 40.5851 Å / Origin z: 18.7716 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |