PDB-8zk7: Crystal structure of the Decarboxylase KDC4427 mutant E468L from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zk7

タイトル

Crystal structure of the Decarboxylase KDC4427 mutant E468L from Enterobacter sp. CGMCC 5087

要素

Indolepyruvate decarboxylase

キーワード

LYASE / Decarboxylase

機能・相同性

機能・相同性情報

indolepyruvate decarboxylase activity / auxin biosynthetic process / aromatic amino acid family catabolic process to alcohol via Ehrlich pathway / pyruvate decarboxylase activity / thiamine pyrophosphate binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacter sp. CGMCC 5087 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.32 Å

データ登録者

Dong, S. / Liu, L. / Zhang, H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the Decarboxylase KDC4427 mutant E468L from Enterobacter sp. CGMCC 5087
著者: Dong, S. / Liu, L. / Zhang, H.

履歴

登録	2024年5月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zk7.cif.gz	431.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zk7.ent.gz	351.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zk7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/8zk7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/8zk7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (11) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Indolepyruvate decarboxylase

B: Indolepyruvate decarboxylase

ヘテロ分子

125 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.604, 137.054, 77.488
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Indolepyruvate decarboxylase / KDC4427 分子量: 61941.367 Da / 分子数: 2 / 変異: E468L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacter sp. CGMCC 5087 (バクテリア) 遺伝子: ipdC, DEO48_12930 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2U3EYQ2
#2: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.78 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M calcium acetate, 0.1M sodium MES, pH 6.0, 13% PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.32→68.58 Å / Num. obs: 54533 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.985 / R_merge(I) obs: 0.216 / R_pim(I) all: 0.093 / R_rim(I) all: 0.235 / Χ²: 0.75 / Net I/σ(I): 4.7 / Num. measured all: 349686
反射シェル	解像度: 2.32→2.38 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 1.254 / Num. measured all: 26216 / Num. unique obs: 3991 / CC_1/2: 0.767 / R_pim(I) all: 0.53 / R_rim(I) all: 1.364 / Χ²: 0.79 / Net I/σ(I) obs: 1.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
xia2		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.32→68.53 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2474	2730	5.02 %
R_work	0.2028	-	-
obs	0.205	54340	99.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.32→68.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8278	0	54	330	8662

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8524
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.006	11620
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.231	1166
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	1318
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1504

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.32-2.36	0.3164	164	0.2705	2522	X-RAY DIFFRACTION	94
2.36-2.41	0.3021	147	0.2869	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.45	0.3354	174	0.2717	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.51	0.3269	154	0.2564	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.57	0.3154	151	0.253	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.63	0.2965	141	0.2441	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.7	0.2953	140	0.2388	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.78	0.3097	133	0.2248	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.87	0.2616	142	0.2141	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-2.97	0.3069	120	0.2168	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.09	0.302	149	0.2223	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.23	0.2496	135	0.2044	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.4	0.2223	123	0.1975	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4-3.62	0.226	151	0.1922	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
3.62-3.9	0.2393	130	0.1847	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9-4.29	0.1949	144	0.165	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
4.29-4.91	0.1864	151	0.1535	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
4.91-6.18	0.2161	140	0.1865	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
6.18-68.53	0.208	141	0.1886	2930	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2349	0.2294	0.1332	1.2536	-0.0821	0.8116	0.0679	-0.2069	-0.044	0.1801	-0.0884	-0.1383	0.0698	0.0744	0.0219	0.2306	-0.0228	-0.0023	0.2488	0.0397	0.424	-39.498	6.7004	-18.3254
2	0.9343	0.9127	0.9101	0.6603	0.5132	2.6259	0.0515	-0.0457	-0.2011	0.1588	-0.0473	-0.4017	0.4299	0.2822	0.015	0.2765	0.0389	-0.0649	0.269	0.085	0.5977	-35.5472	-5.9603	-20.8907
3	1.8157	-0.033	-0.4174	2.3968	-0.3112	1.1272	-0.0176	0.0698	-0.0866	-0.3506	-0.0597	-0.3489	-0.0011	0.0826	0.0736	0.2701	0.0108	0.0955	0.239	-0.0228	0.4785	-31.4572	-2.6992	-52.5429
4	1.1979	-0.0181	0.1627	8.0243	1.6666	-0.0321	-0.054	0.1479	-0.2429	-0.8666	0.0845	-0.7234	-0.2219	0.2469	0.0308	0.3912	-0.0735	0.1359	0.3661	0.0245	0.663	-23.9434	5.3086	-53.2431
5	1.3418	0.0482	0.3985	1.3956	0.0334	0.8583	-0.0234	0.0711	0.1459	-0.1482	0.0667	-0.3293	-0.1943	0.1974	-0.0474	0.24	-0.0477	0.0503	0.2381	0.0332	0.4718	-29.8795	24.3689	-38.2547
6	0.4965	-1.3607	1.1841	4.5551	0.0833	6.9573	0.2066	0.0791	-0.0997	-0.2378	-0.2536	0.1844	0.2316	-0.3818	0.103	0.2419	-0.0465	0.1428	0.2635	0.0559	0.4358	-33.762	24.335	-47.5451
7	0.8428	0.0973	-0.0777	1.8224	0.3356	1.3376	0.0005	0.0579	0.0601	-0.1396	-0.0412	0.0855	-0.1297	-0.0797	0.0305	0.169	0.0002	-0.0196	0.18	0.0016	0.3873	-57.8603	19.8831	-35.457
8	0.4073	0.5408	0.4778	1.7772	-1.6582	3.1913	0.0393	-0.0596	0.1629	-0.0525	-0.0212	0.5061	-0.0976	-0.4992	-0.0398	0.1932	0.0233	-0.0335	0.2929	-0.0113	0.5	-71.1382	19.5928	-32.8924
9	2.6463	0.6284	0.1022	0.8953	0.554	1.3902	0.0958	-0.5173	0.407	0.3755	-0.2432	0.5165	-0.1519	-0.0679	0.1101	0.3842	-0.0618	0.1638	0.3597	-0.1462	0.6024	-69.3779	24.4892	-1.2277
10	8.1459	1.9152	-1.4307	1.248	-0.208	0.4189	0.061	-0.8439	1.1142	0.7767	-0.3012	0.6867	-0.529	-0.0556	0.1603	0.7078	-0.0584	0.1265	0.5123	-0.1684	0.9813	-71.4492	32.286	0.2788
11	1.0298	0.3121	-0.1239	1.2179	0.3638	1.1236	0.1234	-0.151	0.1235	0.2743	-0.1236	0.0992	-0.1042	-0.0307	0.003	0.2454	-0.0539	0.0243	0.1971	-0.0556	0.3581	-46.8764	32.7788	-13.6774
12	2.7734	-0.5542	-0.2815	0.4371	0.4834	3.6936	0.2022	-0.4465	0.2121	0.107	-0.0532	-0.0887	-0.0576	0.0944	-0.1507	0.3188	-0.1229	-0.0597	0.2999	-0.0756	0.589	-39.5976	36.7159	-12.3856

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 144 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 145 through 191 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 192 through 323 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 324 through 370 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 371 through 516 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 517 through 551 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 3 through 144 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 145 through 191 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 192 through 323 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 324 through 361 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 362 through 479 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 480 through 551 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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