PDB-8zk6: Crystal structure of the Decarboxylase KDC4427 from Enterobacter ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zk6

タイトル

Crystal structure of the Decarboxylase KDC4427 from Enterobacter sp. CGMCC 5087

要素

Indolepyruvate decarboxylase

キーワード

LYASE / Decarboxylase

機能・相同性

機能・相同性情報

indolepyruvate decarboxylase activity / auxin biosynthetic process / aromatic amino acid family catabolic process to alcohol via Ehrlich pathway / pyruvate decarboxylase activity / thiamine pyrophosphate binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacter sp. CGMCC 5087 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Dong, S. / Liu, L. / Zhang, H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the Decarboxylase KDC4427 from Enterobacter sp. CGMCC 5087
著者: Dong, S. / Liu, L. / Zhang, H.

履歴

登録	2024年5月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zk6.cif.gz	437.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zk6.ent.gz	355.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zk6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/8zk6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/8zk6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (11) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Indolepyruvate decarboxylase

B: Indolepyruvate decarboxylase

ヘテロ分子

125 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	138.230, 170.290, 115.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1110- HOH
2	1	B-715- HOH

#1: タンパク質	Indolepyruvate decarboxylase / KDC4427 分子量: 61957.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacter sp. CGMCC 5087 (バクテリア) 遺伝子: ipdC, DEO48_12930 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2U3EYQ2
#2: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 898 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.23 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M calcium acetate, 0.1M sodium MES, pH 6.0, 13% PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→78.68 Å / Num. obs: 100159 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.164 / R_pim(I) all: 0.07 / R_rim(I) all: 0.179 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 652693
反射シェル	解像度: 1.94→1.99 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 1.258 / Num. measured all: 50727 / Num. unique obs: 7413 / CC_1/2: 0.658 / R_pim(I) all: 0.517 / R_rim(I) all: 1.361 / Χ²: 0.86 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.94→78.68 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2238	3832	1.99 %
R_work	0.2083	-	-
obs	0.2086	92221	98.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→78.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8244	0	54	898	9196

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	8487
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.346	1157
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.76	1162
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1313
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1499

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.94-1.96	0.2861	145	0.3078	7028	X-RAY DIFFRACTION	99
1.96-1.99	0.3124	146	0.2973	7059	X-RAY DIFFRACTION	99
1.99-2.02	0.3198	143	0.2994	6978	X-RAY DIFFRACTION	99
2.02-2.05	0.3775	134	0.3816	6173	X-RAY DIFFRACTION	88
2.05-2.08	0.4052	137	0.3676	6771	X-RAY DIFFRACTION	95
2.08-2.11	0.2902	140	0.2744	7015	X-RAY DIFFRACTION	99
2.11-2.14	0.269	142	0.2629	7011	X-RAY DIFFRACTION	99
2.14-2.18	0.261	144	0.2594	7058	X-RAY DIFFRACTION	99
2.18-2.22	0.3139	136	0.3677	6794	X-RAY DIFFRACTION	96
2.22-2.26	0.4415	138	0.3668	6742	X-RAY DIFFRACTION	95
2.26-2.31	0.265	144	0.2242	7099	X-RAY DIFFRACTION	99
2.31-2.36	0.2305	142	0.2212	7021	X-RAY DIFFRACTION	99
2.36-2.41	0.2339	144	0.2111	7044	X-RAY DIFFRACTION	99
2.41-2.48	0.245	139	0.207	7054	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.54	0.2223	144	0.2057	7047	X-RAY DIFFRACTION	99
2.54-2.62	0.2278	141	0.2088	7098	X-RAY DIFFRACTION	99
2.62-2.7	0.289	140	0.2384	6933	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7-2.8	0.2503	143	0.2016	7024	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.91	0.2081	145	0.189	7087	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.04	0.1814	144	0.1815	7070	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.2	0.1911	139	0.1735	7068	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.4	0.2145	145	0.1758	7016	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4-3.67	0.1852	146	0.1639	6992	X-RAY DIFFRACTION	99
3.67-4.04	0.1711	143	0.1646	6967	X-RAY DIFFRACTION	99
4.04-4.62	0.1488	147	0.1367	7090	X-RAY DIFFRACTION	100
4.62-5.82	0.1643	141	0.1626	7081	X-RAY DIFFRACTION	100
5.82-78.68	0.1835	140	0.1774	7069	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8574	-0.9815	-0.805	1.4731	-0.7265	2.0647	0.0357	0.2917	-0.3944	-0.1591	-0.1641	-0.0097	0.3252	-0.1233	0.2149	0.2659	-0.0173	-0.0816	0.274	-0.014	0.2694	27.8675	40.1357	-1.2872
2	0.3233	0.0432	0.0953	0.7006	-0.2754	0.5228	-0.0186	0.1027	0.0679	-0.0332	-0.0331	-0.0832	-0.0601	0.0717	0.0561	0.1476	0.0064	0.0129	0.1827	0.0227	0.1652	22.2244	61.0772	-34.9846
3	1.388	0.4359	0.1815	0.8791	-0.1948	1.581	-0.0542	-0.0094	0.2706	0.0708	-0.0321	-0.0276	-0.2898	-0.0166	0.0971	0.1855	-0.0022	-0.0532	0.1806	0.033	0.2432	33.9469	69.022	-13.904
4	0.842	-0.2071	0.1858	0.5175	0.1862	0.339	0.0037	-0.0935	0.0581	0.0762	-0.0458	0.0655	-0.0425	-0.1071	0.0365	0.1946	0.0168	0.006	0.2043	-0.008	0.158	2.7401	62.4413	-9.2617
5	0.9951	0.2765	0.2896	0.4996	-0.0478	0.1706	0.0269	-0.2282	-0.1978	0.1156	-0.0145	-0.0448	0.05	-0.0464	-0.0133	0.1871	-0.0128	0.0124	0.2077	0.0413	0.1526	3.6985	33.3807	0.1637

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 451 through 551 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 3 through 338 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 339 through 551 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 3 through 191 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 192 through 450 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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