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- PDB-8zjb: Oomycete Nudix effectors display WY-Nudix conformations with mRNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zjb
タイトルOomycete Nudix effectors display WY-Nudix conformations with mRNA decapping activity
要素Nudix hydrolase domain-containing protein
キーワードHYDROLASE / Avr3b / effector protein
機能・相同性
機能・相同性情報


bis(5'-adenosyl)-hexaphosphatase activity / diadenosine pentaphosphate catabolic process / diadenosine hexaphosphate catabolic process / adenosine 5'-(hexahydrogen pentaphosphate) catabolic process / endopolyphosphatase activity / diphosphoinositol polyphosphate metabolic process / diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase activity / bis(5'-adenosyl)-pentaphosphatase activity / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / NUDIX domain / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nudix hydrolase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Phytophthora sojae strain P6497 (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Xing, W. / Xing, W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: J Integr Plant Biol / 年: 2024
タイトル: Oomycete Nudix effectors display WY-Nudix conformation and mRNA decapping activity.
著者: Guo, B. / Hu, Q. / Wang, B. / Yao, D. / Wang, H. / Kong, G. / Han, C. / Dong, S. / Liu, F. / Xing, W. / Wang, Y.
履歴
登録2024年5月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Nudix hydrolase domain-containing protein
B: Nudix hydrolase domain-containing protein
C: Nudix hydrolase domain-containing protein
D: Nudix hydrolase domain-containing protein
E: Nudix hydrolase domain-containing protein
F: Nudix hydrolase domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,1446
ポリマ－163,1446
非ポリマー00
水00
1
A: Nudix hydrolase domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1911
ポリマ－27,1911
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nudix hydrolase domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1911
ポリマ－27,1911
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Nudix hydrolase domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1911
ポリマ－27,1911
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Nudix hydrolase domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1911
ポリマ－27,1911
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Nudix hydrolase domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1911
ポリマ－27,1911
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Nudix hydrolase domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1911
ポリマ－27,1911
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.364, 164.496, 169.545
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Nudix hydrolase domain-containing protein


分子量: 27190.645 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first 4 amino acids, the last two amino acids and the amino acids between 102 and 114 are all disordered.
由来: (組換発現) Phytophthora sojae strain P6497 (真核生物)
遺伝子: PHYSODRAFT_285308 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G4Z7E8

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.77 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 0.2 M sodium citrate trisbase dihydrate (pH 8.3), 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9864 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9864 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.19→50 Å / Num. obs: 34822 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 31.92 Å2 / CC1/2: 0.978 / CC star: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.154 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 3.19→3.26 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.24 / Num. unique obs: 1668 / CC1/2: 0.604 / CC star: 0.868 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
DIALSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.19→39.35 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3108 1941 5.77 %
Rwork0.2555 --
obs0.2587 33616 96.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.19→39.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9168 0 0 0 9168
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0129302
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.36312567
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2853338
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.2321454
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071603
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.19-3.270.40521140.32861944X-RAY DIFFRACTION85
3.27-3.360.39651400.32472066X-RAY DIFFRACTION90
3.36-3.460.37741230.30162137X-RAY DIFFRACTION92
3.46-3.570.35141300.2942164X-RAY DIFFRACTION94
3.57-3.70.32511480.25922279X-RAY DIFFRACTION97
3.7-3.850.31161320.25122260X-RAY DIFFRACTION98
3.85-4.020.31311420.26042293X-RAY DIFFRACTION99
4.02-4.230.30821460.25472297X-RAY DIFFRACTION99
4.23-4.50.25791360.22722334X-RAY DIFFRACTION99
4.5-4.840.25381440.21422336X-RAY DIFFRACTION99
4.84-5.330.27821440.21712342X-RAY DIFFRACTION100
5.33-6.10.32481430.25882367X-RAY DIFFRACTION99
6.1-7.670.29331480.25822384X-RAY DIFFRACTION99
7.68-39.350.27491510.22652472X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.2895 Å / Origin y: 88.1064 Å / Origin z: 89.7012 Å
111213212223313233
T0.2272 Å20.0062 Å20.1465 Å2-0.1845 Å2-0.0533 Å2--0.1524 Å2
L0.0371 °20.0308 °20.0281 °2-0.3229 °20.3431 °2--0.2315 °2
S0.0136 Å °0.033 Å °0.1281 Å °-0.0368 Å °-0.0941 Å °-0.0047 Å °-0.1857 Å °0.0963 Å °0.0125 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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