PDB-8zi8: Terephthalate 1,2-cis-dihydrodioldehydrogenase/Decarboxylase in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zi8

タイトル

Terephthalate 1,2-cis-dihydrodioldehydrogenase/Decarboxylase in complex with 2,5-Dihydroxybenzoate.

要素

4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase

キーワード

LYASE / Metal-dependent oxidative Decarboxylase / OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase / 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase activity / PdxA family / Pyridoxal phosphate biosynthetic protein PdxA / NAD binding / metal ion binding / CARBON DIOXIDE / 2,5-dihydroxybenzoic acid / 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase

機能・相同性情報

生物種

Comamonas testosteroni KF-1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Kumar, K.A. / Pahwa, D. / Kumar, P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Terephthalate 1,2-cis-dihydrodioldehydrogenase/Decarboxylase in complex with 2,5-Dihydroxybenzoate.
著者: Kumar, K.A. / Pahwa, D.

履歴

登録	2024年5月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月9日	Group: Derived calculations / Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_struct_assembly ...pdbx_entry_details / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zi8.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zi8.ent.gz	659.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zi8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8zi8_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8zi8_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	8zi8_validation.xml.gz	26.8 KB	表示
CIF形式データ	8zi8_validation.cif.gz	40.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/8zi8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/8zi8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8zhy
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase

B: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase

C: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase

D: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

141 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

D: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
71 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase

C: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
70.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.549, 94.717, 166.714
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	THR	THR	GLN	GLN	2 - 313	22 - 333
2	1	1	THR	THR	GLN	GLN	2 - 313	22 - 333
3	2	2	MET	MET	GLY	GLY	1 - 311	21 - 331
4	2	2	MET	MET	GLY	GLY	1 - 311	21 - 331
5	3	3	MET	MET	PRO	PRO	1 - 314	21 - 334
6	3	3	MET	MET	PRO	PRO	1 - 314	21 - 334
7	4	4	THR	THR	GLY	GLY	2 - 311	22 - 331
8	4	4	THR	THR	GLY	GLY	2 - 311	22 - 331
9	5	5	THR	THR	GLN	GLN	2 - 313	22 - 333
10	5	5	THR	THR	GLN	GLN	2 - 313	22 - 333
11	6	6	MET	MET	GLY	GLY	1 - 311	21 - 331
12	6	6	MET	MET	GLY	GLY	1 - 311	21 - 331

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase 分子量: 35159.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Comamonas testosteroni KF-1 (バクテリア) 遺伝子: CtesDRAFT_PD2128 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: B7WRJ7, 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase

-
非ポリマー , 6種, 131分子

#2: 化合物	ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素分子量: 44.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GTQ / 2,5-dihydroxybenzoic acid / 2,5-ジヒドロキシ安息香酸分子量: 154.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₄
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / Density meas: 0.485 Mg/m³ / 溶媒含有率: 52.57 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 4% v/v Tacsimate pH 6.0 12% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→27.23 Å / Num. obs: 40549 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 2.65→2.76 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4526 / CC_1/2: 0.788 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.65→24.001 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.885 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.837 / SU B: 37.263 / SU ML: 0.342 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.392 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2949	2000	4.941 %
R_work	0.2604	38475	-
all	0.262	-	-
obs	-	40475	99.663 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 3.479 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.439 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	3.645 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.206 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→24.001 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9184	0	40	121	9345

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	9362
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	9198
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.343	1.803	12732
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.471	1.722	21138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.183	5	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	19.009	6	60
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.377	10	1530
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.806	10	347
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	1541
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	11039
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1909
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	1984
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	8379
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	4567
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	4953
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	203
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.132	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.158	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.165	0.2	192
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.682	0.324	5007
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.681	0.324	5007
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.128	0.583	6250
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.128	0.583	6251
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.677	0.351	4355
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.677	0.351	4356
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.115	0.636	6482
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.115	0.636	6483
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.122	3.985	38524
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.01	3.973	38509
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.649	3	18560
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.105	0.05	9152
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.104	0.05	9064
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.079	0.05	9297
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.125	0.05	8872
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.114	0.05	9070
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.101	0.05	9028

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10457	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10457	0.05008
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10415	0.05008
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10415	0.05008
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07925	0.05009
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07925	0.05009
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12469	0.05008
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12469	0.05008
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1141	0.05008
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1141	0.05008
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10102	0.05008
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10102	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.65-2.718	0.306	130	0.318	2816	0.317	2947	0.919	0.929	99.9661	0.311
2.718-2.791	0.298	134	0.307	2710	0.307	2848	0.942	0.939	99.8596	0.301
2.791-2.871	0.315	139	0.305	2632	0.305	2772	0.914	0.935	99.9639	0.294
2.871-2.958	0.367	145	0.302	2546	0.305	2693	0.908	0.94	99.9257	0.288
2.958-3.054	0.302	126	0.279	2495	0.28	2622	0.933	0.947	99.9619	0.266
3.054-3.159	0.312	128	0.27	2410	0.272	2538	0.929	0.95	100	0.255
3.159-3.276	0.308	134	0.264	2309	0.266	2443	0.941	0.954	100	0.251
3.276-3.407	0.345	115	0.279	2265	0.282	2381	0.915	0.947	99.958	0.264
3.407-3.556	0.275	109	0.255	2157	0.256	2268	0.948	0.957	99.9118	0.241
3.556-3.725	0.362	83	0.296	2076	0.298	2159	0.924	0.945	100	0.287
3.725-3.921	0.29	89	0.279	2030	0.279	2120	0.947	0.955	99.9528	0.269
3.921-4.152	0.296	104	0.244	1849	0.247	1965	0.945	0.96	99.3893	0.223
4.152-4.429	0.27	96	0.234	1764	0.236	1863	0.954	0.962	99.839	0.22
4.429-4.771	0.25	104	0.21	1648	0.213	1761	0.958	0.972	99.4889	0.193
4.771-5.206	0.277	74	0.229	1538	0.231	1612	0.949	0.968	100	0.212
5.206-5.786	0.292	68	0.25	1416	0.252	1484	0.959	0.968	100	0.234
5.786-6.618	0.293	65	0.288	1263	0.289	1329	0.953	0.956	99.9248	0.275
6.618-7.955	0.236	69	0.202	1083	0.204	1153	0.972	0.978	99.9133	0.19
7.955-10.679	0.217	50	0.16	892	0.163	943	0.975	0.986	99.894	0.144
10.679-24.001	0.313	38	0.259	576	0.263	637	0.956	0.971	96.3893	0.244

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2052	0.2358	-0.0846	1.2992	-1.4005	3.9406	0.0571	-0.0558	0.0139	0.049	-0.1409	-0.1247	-0.1295	0.2744	0.0838	0.2014	0.0024	-0.0019	0.1221	-0.0101	0.2872	49.8354	26.4022	3.9289
2	1.1576	-0.5193	-0.0714	0.4401	0.0478	3.6998	0.0845	0.2567	0.0063	-0.2026	-0.1137	-0.0105	-0.0315	-0.3521	0.0292	0.3067	0.043	-0.023	0.7888	-0.0176	0.4805	6.7914	21.0615	6.5251
3	2.0437	-0.0222	-1.5525	0.8127	0.5228	1.5894	-0.1337	-0.1204	-0.1192	0.33	0.1555	0.0307	0.2751	-0.0326	-0.0218	0.5024	0.1622	-0.1129	0.9418	-0.0123	0.4899	0.5484	16.396	-32.7104
4	0.7275	0.0972	-0.6827	0.6191	-0.3673	3.2366	-0.0972	-0.0537	-0.0735	-0.1826	0.0052	0.1241	0.2594	0.0302	0.0919	0.3498	-0.0229	-0.0922	0.0073	0.0009	0.3071	42.4437	14.8941	-40.1156

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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