PDB-8zhy: Magnesium substituted Terephthalate 1,2-cis-dihydrodioldehydrogen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zhy

タイトル

Magnesium substituted Terephthalate 1,2-cis-dihydrodioldehydrogenase/Decarboxylase in complex with CO2.

要素

4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase

キーワード

LYASE / Metal-dependent oxidative Decarboxylase / OXIDOREDUCTASE.

機能・相同性

4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase / 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase activity / PdxA family / Pyridoxal phosphate biosynthetic protein PdxA / NAD binding / metal ion binding / CARBON DIOXIDE / 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase

機能・相同性情報

生物種

Comamonas testosteroni KF-1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Kumar, K.A. / Pahwa, D. / Kumar, P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Magnesium substituted Terephthalate 1,2-cis-dihydrodioldehydrogenase/Decarboxylase in complex with CO2.
著者: Kumar, K.A. / Pahwa, D.

履歴

登録	2024年5月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月9日	Group: Derived calculations / Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_struct_assembly ...pdbx_entry_details / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zhy.cif.gz	424.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zhy.ent.gz	356.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zhy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8zhy_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8zhy_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	8zhy_validation.xml.gz	48.2 KB	表示
CIF形式データ	8zhy_validation.cif.gz	64.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/8zhy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/8zhy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase

B: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase

C: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase

D: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

141 kDa, 4 ポリマー
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1

A: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

D: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
70.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase

C: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
70.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.729, 93.776, 166.309
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	THR	THR	GLN	GLN	2 - 313	22 - 333
2	1	1	THR	THR	GLN	GLN	2 - 313	22 - 333
3	2	2	MET	MET	GLY	GLY	1 - 311	21 - 331
4	2	2	MET	MET	GLY	GLY	1 - 311	21 - 331
5	3	3	MET	MET	PRO	PRO	1 - 314	21 - 334
6	3	3	MET	MET	PRO	PRO	1 - 314	21 - 334
7	4	4	THR	THR	GLY	GLY	2 - 311	22 - 331
8	4	4	THR	THR	GLY	GLY	2 - 311	22 - 331
9	5	5	THR	THR	GLN	GLN	2 - 313	22 - 333
10	5	5	THR	THR	GLN	GLN	2 - 313	22 - 333
11	6	6	MET	MET	GLY	GLY	1 - 311	21 - 331
12	6	6	MET	MET	GLY	GLY	1 - 311	21 - 331

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase / Terephthalate 1 / 2-cis-dihydrodioldehydrogenase/Decarboxylase 分子量: 35159.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Comamonas testosteroni KF-1 (バクテリア) 遺伝子: CtesDRAFT_PD2128 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: B7WRJ7, 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase

#1: タンパク質

4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase / Terephthalate 1 / 2-cis-dihydrodioldehydrogenase/Decarboxylase

分子量: 35159.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Comamonas testosteroni KF-1 (バクテリア)
遺伝子: CtesDRAFT_PD2128 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: B7WRJ7, 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase

-
非ポリマー , 6種, 167分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素分子量: 44.010 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / Density meas: 0.51 Mg/m³ / 溶媒含有率: 52.08 % / 解説: tabular plates
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 4% v/v TacsimateTM pH 6.0 12% w/v Polyethylene glycol 3,350 PH範囲: 7-8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→26.22 Å / Num. obs: 42297 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.969 / R_merge(I) obs: 0.1 / R_pim(I) all: 0.094 / R_rim(I) all: 0.25 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 2.7→9.73 Å / R_merge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 4389 / CC_1/2: 0.785 / R_pim(I) all: 0.241 / R_rim(I) all: 0.685 / Χ²: 0.72 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→20.001 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.819 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.745 / SU B: 20.531 / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.847 / ESU R Free: 0.464 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3303	1855	4.914 %
R_work	0.2829	35893	-
all	0.285	-	-
obs	-	37748	99.217 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.117 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.756 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.567 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.189 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→20.001 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9148	0	32	153	9333

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	9311
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	9174
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.3	1.802	12655
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.446	1.723	21086
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.666	5	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.901	5	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.4	10	1525
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.105	10	344
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	1537
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	10951
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1893
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	1944
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	8658
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	4447
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	5086
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	257
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.153	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.177	0.2	166
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.078	0.05	9204
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.078	0.05	9028
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.081	0.05	9258
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.081	0.05	8907
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.076	0.05	9168
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.081	0.05	9003

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07824	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07824	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07832	0.05009
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07832	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08097	0.05009
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08097	0.05009
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08131	0.05009
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08131	0.05009
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07556	0.05009
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07556	0.05009
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08085	0.05009
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08085	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.7-2.769	0.36	130	0.317	2604	0.319	2734	0.889	0.93	100	0.31
2.769-2.843	0.344	119	0.329	2536	0.33	2655	0.898	0.922	100	0.321
2.843-2.924	0.374	148	0.31	2407	0.314	2555	0.904	0.934	100	0.301
2.924-3.012	0.396	130	0.328	2383	0.332	2514	0.881	0.921	99.9602	0.319
3.012-3.108	0.374	108	0.311	2335	0.313	2445	0.893	0.931	99.9182	0.301
3.108-3.215	0.342	113	0.305	2258	0.307	2371	0.92	0.933	100	0.299
3.215-3.333	0.369	113	0.306	2181	0.309	2296	0.896	0.94	99.9129	0.303
3.333-3.465	0.307	112	0.302	2090	0.302	2208	0.933	0.941	99.7283	0.299
3.465-3.614	0.368	119	0.313	1993	0.316	2113	0.886	0.924	99.9527	0.31
3.614-3.784	0.406	108	0.35	1920	0.353	2031	0.878	0.918	99.8523	0.346
3.784-3.981	0.332	97	0.28	1849	0.283	1954	0.923	0.943	99.5906	0.278
3.981-4.212	0.319	84	0.261	1733	0.264	1833	0.922	0.95	99.1271	0.258
4.212-4.488	0.335	63	0.268	1673	0.271	1752	0.922	0.943	99.0868	0.267
4.488-4.828	0.281	81	0.236	1542	0.238	1644	0.95	0.959	98.7226	0.239
4.828-5.258	0.254	69	0.234	1436	0.235	1514	0.956	0.962	99.4055	0.233
5.258-5.829	0.297	62	0.259	1342	0.261	1407	0.942	0.958	99.7868	0.259
5.829-6.637	0.309	61	0.257	1187	0.259	1251	0.951	0.961	99.7602	0.254
6.637-7.914	0.247	61	0.207	1018	0.21	1096	0.966	0.972	98.4489	0.21
7.914-10.407	0.181	45	0.16	825	0.161	897	0.98	0.983	96.99	0.169
10.407-20.001	0.307	30	0.227	565	0.231	631	0.966	0.974	94.2948	0.239

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