PDB-8zhw: Structure of Mokola lyssavirus glycoprotein in post-fusion state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zhw

タイトル

Structure of Mokola lyssavirus glycoprotein in post-fusion state

要素

Glycoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Glycoprotein / lyssavirus / membrane fusion / VIRUS

機能・相同性

機能・相同性情報

viral envelope / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Lyssavirus mokola (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.199 Å

データ登録者

Lu, G.W. / Yang, F.L. / Lin, S. / Yang, J. / Ye, F.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Mokola lyssavirus glycoprotein in post-fusion state
著者: Lu, G.W. / Yang, F.L. / Lin, S. / Yang, J. / Ye, F.

履歴

登録	2024年5月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zhw.cif.gz	383.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zhw.ent.gz	316.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zhw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/8zhw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/8zhw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycoprotein

B: Glycoprotein

C: Glycoprotein

147 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycoprotein

登録者が定義した集合体
49.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glycoprotein

登録者が定義した集合体
49.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Glycoprotein

登録者が定義した集合体
49.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.235, 87.518, 111.189
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.87, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

#1: タンパク質	Glycoprotein 分子量: 49114.930 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lyssavirus mokola (ウイルス) 発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス) 参照: UniProt: P0C572
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.49 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M Sodium acetate trihydrate (pH 4.0), 10% w/v Polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.199→50 Å / Num. obs: 29464 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 7.2 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.58
反射シェル	解像度: 3.199→3.31 Å / Num. unique obs: 5304 / CC_1/2: 0.64

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.199→48.366 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2877	1429	4.85 %
R_work	0.2465	-	-
obs	0.2484	29436	95.03 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.199→48.366 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7217	0	0	0	7217

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	7389
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.75	9970
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.072	4517
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1098
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1256

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.199-3.3129	0.4337	124	0.4015	2540	X-RAY DIFFRACTION	86
3.3129-3.4455	0.387	140	0.3618	2894	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4455-3.6023	0.3712	160	0.3157	2847	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6023-3.7921	0.3326	145	0.286	2879	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7921-4.0296	0.2752	163	0.2225	2858	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0296-4.3405	0.2474	148	0.1986	2834	X-RAY DIFFRACTION	97
4.3405-4.777	0.2308	130	0.1841	2626	X-RAY DIFFRACTION	90
4.777-5.4674	0.2537	144	0.2022	2822	X-RAY DIFFRACTION	95
5.4674-6.8852	0.3155	146	0.2609	2892	X-RAY DIFFRACTION	98
6.8852-48.36	0.2745	129	0.251	2815	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.322	-0.219	0.5024	0.7314	-1.0825	5.9935	0.1933	-0.0115	-0.1525	0.0272	0.0957	0.0504	0.2263	0.5608	-0.171	1.0687	-0.0303	-0.1284	0.9022	-0.0402	0.9705	181.0112	-2.6343	125.5691
2	5.2026	-0.2718	-3.2199	1.2157	0.9269	2.3748	-0.0973	0.5175	0.4136	-0.058	0.3288	-0.0115	0.4197	-0.3275	-0.2066	1.3863	-0.0941	-0.1727	0.9823	0.1728	1.1134	153.8018	26.7843	135.2984
3	3.7246	1.2434	2.5587	2.9704	0.4458	3.3095	0.1804	-0.1176	-0.384	-0.1255	0.0405	0.2284	0.3915	0.2023	-0.0584	0.7302	0.0331	0.2372	0.85	-0.0038	0.8375	178.102	-31.4383	152.8981

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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