PDB-8zhu: Structure of 3-amino-3-carboxyltransferase in complex with 5-thio...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zhu

タイトル

Structure of 3-amino-3-carboxyltransferase in complex with 5-thioadenosine in the biosynthesis of nocardicins

要素

Isonocardicin synthase

キーワード

TRANSFERASE / 3-amino-3-carboxyltransferase / nocardicin / biosynthesis

機能・相同性

isonocardicin synthase / Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / antibiotic biosynthetic process / transferase activity / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / 5'-thioadenosine / Isonocardicin synthase

機能・相同性情報

生物種

Nocardia uniformis subsp. tsuyamanensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Gao, Y. / Mori, T. / Awakawa, T. / Abe, I.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of 3-amino-3-carboxyltransferase in complex with 5-thioadenosine in the biosynthesis of nocardicins
著者: Gao, Y. / Mori, T. / Awakawa, T. / Abe, I.

履歴

登録	2024年5月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zhu.cif.gz	271.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zhu.ent.gz	182.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zhu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/8zhu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/8zhu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Isonocardicin synthase

B: Isonocardicin synthase

ヘテロ分子

71.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.730, 94.317, 136.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Isonocardicin synthase / Nocardicin 3-amino-3-carboxypropyltransferase 分子量: 35517.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nocardia uniformis subsp. tsuyamanensis (バクテリア) 遺伝子: nat, nocC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RAH6, isonocardicin synthase
#2: 化合物	ChemComp-A4D / 5'-thioadenosine / 5′-メルカプト-5′-デオキシアデノシン分子量: 283.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.03 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 17% PEG 8000, 100 mM Tris-HCl pH 8.5, 200 mM MgCl2, 1 mM SAH

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→47.16 Å / Num. obs: 25949 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15 % / B_iso Wilson estimate: 43 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.209 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 15.8 % / R_merge(I) obs: 1.551 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2699 / CC_1/2: 0.885 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 2.4→47.16 Å / SU ML: 0.2887 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.2997
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2715	1999	7.73 %
R_work	0.2133	23863	-
obs	0.2177	25862	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4258	0	0	95	4353

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0028	4347
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6304	5921
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0441	670
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0062	787
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.1666	643

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.46	0.2951	140	0.294	1660	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.46-2.53	0.2934	140	0.2811	1676	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.53-2.6	0.3401	142	0.266	1687	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.6-2.68	0.318	139	0.2383	1667	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.68-2.78	0.2998	140	0.2487	1676	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.78-2.89	0.3055	141	0.2521	1686	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.89-3.02	0.2998	142	0.2698	1680	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.02-3.18	0.3302	141	0.2437	1692	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.18-3.38	0.2705	141	0.2219	1697	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.38-3.64	0.3022	143	0.2144	1700	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.64-4.01	0.2701	143	0.1903	1713	X-RAY DIFFRACTION	100
4.01-4.59	0.2098	145	0.1712	1732	X-RAY DIFFRACTION	100
4.59-5.78	0.2636	147	0.1924	1746	X-RAY DIFFRACTION	100
5.78-47.16	0.2425	155	0.1924	1851	X-RAY DIFFRACTION	99.85

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.00107597457	-1.33512443242	1.45952279139	5.69662214738	-2.06759998079	7.61412622733	-0.170258439292	-0.38212679988	0.729741614378	0.23506205979	0.079465904492	-0.63673480756	-0.202280896819	0.251488431608	0.0746028434792	0.226869728927	0.0349036111426	-0.0714246859843	0.376947164808	-0.0644074573188	0.490790207299	9.79771051304	17.701663378	-26.5781379148
2	3.16209604361	-2.27480997133	0.695281473073	3.01496270172	-1.52284313372	2.575700144	-0.0634473167233	-0.0880609627216	0.816619908353	-0.0282582345828	-0.0335107317146	-0.737847946952	-0.371282049149	0.109116337704	0.0886829651807	0.395630273345	-0.00452708701199	0.0103564145687	0.333006016846	-0.0569944107075	0.483087347282	1.67295008126	23.6229631659	-36.0224405096
3	1.56396070801	-1.70047882822	-0.0700809335245	3.91622963666	-0.286831374804	2.09097596221	0.0100390790708	0.136762348566	-0.0745725466549	-0.130465777546	-0.0182661814595	0.233962090036	0.140378995458	-0.357724646103	-0.00364164849934	0.276056678194	-0.0618442889591	-0.0255648738664	0.314925505386	0.0217996831093	0.287943202212	-11.4907875525	29.5608782036	-36.2336422494
4	3.85820915635	-0.570010091553	1.90415686456	6.0301223048	-2.92119061431	8.07544109797	0.108585608777	-0.425312205253	-0.0214747876677	0.018037071475	0.00727864041084	0.29071577164	0.379440525827	-1.11818514872	-0.104545043099	0.247374117957	-0.0777058225738	-0.00618661062533	0.487370625287	-0.0363689444859	0.362410924838	-9.56400059455	7.60023058171	-9.91789151127
5	2.50074478908	-0.255965808276	1.77652570147	2.6211969686	-0.174047053306	6.97712452635	0.15955967597	-0.144563134723	-0.393356232218	0.19537024911	-0.0298948551258	-0.14493370171	1.19033520281	0.206003619911	-0.123247632387	0.582005820854	0.0223641715785	-0.0741762046489	0.313601132425	0.0107538727272	0.371494371982	7.61696503214	0.983435992702	3.02812187125

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 11 through 91 )	A	A	11 - 91	1 - 81
2	2	chain 'A' and (resid 92 through 156 )	A	A	92 - 156	82 - 139
3	3	chain 'A' and (resid 157 through 301 )	A	A	157 - 301	140 - 284
4	4	chain 'B' and (resid 9 through 91 )	B	B	9 - 91	1 - 81
5	5	chain 'B' and (resid 92 through 301 )	B	B	92 - 301	82 - 287

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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