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万見
- PDB-8zht: Structure of PpiD-YfgM complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zht
タイトルStructure of PpiD-YfgM complex
要素
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
  • Tetratricopeptide repeat protein
キーワードCHAPERONE / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tetratricopeptide repeat-like domain / Tetratricopeptide repeat-like domain / SurA-like N-terminal domain / : / PPIC-type PPIASE domain / Trigger factor/SurA domain superfamily / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Tetratricopeptide repeat protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Xu, J.H. / Chen, Z. / Gao, X.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2025
タイトル: A human gut bacterium antagonizes neighboring bacteria by altering their protein-folding ability.
著者: Bentley Lim / Jinghua Xu / Igor H Wierzbicki / Carlos G Gonzalez / Zhe Chen / David J Gonzalez / Xiang Gao / Andrew L Goodman /
要旨: Antagonistic interactions play a key role in determining microbial community dynamics. Here, we report that one of the most widespread contact-dependent effectors in human gut microbiomes, Bte1, ...Antagonistic interactions play a key role in determining microbial community dynamics. Here, we report that one of the most widespread contact-dependent effectors in human gut microbiomes, Bte1, directly targets the PpiD-YfgM periplasmic chaperone complex in related microbes. Structural, biochemical, and genetic characterization of this interaction reveals that Bte1 reverses the activity of the chaperone complex, promoting substrate aggregation and toxicity. Using Bacteroides, we show that Bte1 is active in the mammalian gut, conferring a fitness advantage to expressing strains. Recipient cells targeted by Bte1 exhibit sensitivity to membrane-compromising conditions, and human gut microbes can use this effector to exploit pathogen-induced inflammation in the gut. Further, Bte1 allelic variation in gut metagenomes provides evidence for an arms race between Bte1-encoding and immunity-encoding strains in humans. Together, these studies demonstrate that human gut microbes alter the protein-folding capacity of neighboring cells and suggest strategies for manipulating community dynamics.
履歴
登録2024年5月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
B: Tetratricopeptide repeat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,5703
ポリマ－93,4642
非ポリマー1061
水6,792377
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4810 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area43130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.566, 81.347, 212.851
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidylprolyl isomerase


分子量: 74581.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
遺伝子: BSIG_2281, ERS852557_00524, GAN91_18610, GAN93_09860
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0N7IAL9
#2: タンパク質 Tetratricopeptide repeat protein / Tetratricopeptide repeat-containing protein


分子量: 18882.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
遺伝子: BSIG_2392, Btheta7330_03850, DW780_14010, DWY18_22515, DXA83_21110, EH213_04903, ERS852557_00424, GAC70_07455, GAN59_22880, GAN75_05850, GAN91_20490, GAN93_09345, GAO00_04865, GAO51_05230, ...遺伝子: BSIG_2392, Btheta7330_03850, DW780_14010, DWY18_22515, DXA83_21110, EH213_04903, ERS852557_00424, GAC70_07455, GAN59_22880, GAN75_05850, GAN91_20490, GAN93_09345, GAO00_04865, GAO51_05230, KQP59_08650, KQP68_01930
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0P0FRN2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.77 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, Sodium citrate, n-Octyl-D-glucopyranoside

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL18U / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→34.19 Å / Num. obs: 65423 / % possible obs: 95.56 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 42.86 Å2 / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 1.49
反射 シェル解像度: 2.2→2.279 Å / Num. unique obs: 65423 / CC1/2: 0.53

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→34.19 Å / SU ML: 0.3215 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.5704
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2181 822 3.05 %
Rwork0.1806 26127 -
obs0.1818 26949 98.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→34.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6491 0 7 377 6875
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00746604
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84788918
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0464989
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00591163
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.77652433
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.190.30551340.2224323X-RAY DIFFRACTION99.11
3.19-3.430.27141410.21264287X-RAY DIFFRACTION98.73
3.43-3.780.26351310.19724321X-RAY DIFFRACTION99.07
3.78-4.320.19971340.17054374X-RAY DIFFRACTION98.99
4.32-5.450.18731410.16744331X-RAY DIFFRACTION97.22
5.45-34.190.16731410.15484491X-RAY DIFFRACTION96.98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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