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万見
- PDB-8zh9: The structure of ELK1-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zh9
タイトルThe structure of ELK1-DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*GP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*AP*CP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*T)-3')
  • ETS transcription factor ELK1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Complex / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / ETS transcription factor ELK1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Liu, G. / Sun, L.T.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32271314 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32102504 中国
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2025
タイトル: Host genetic variation governs PCV2 susceptibility through CXCL13 and ELK1-mediated immune regulation.
著者: Liu, G. / Gao, Y. / Cheng, Y. / Wang, W. / Li, X. / Wu, Y. / Gao, F. / Zhou, Z.W. / Sun, Y. / Jiang, Y. / Yang, N. / Shu, Y. / Sun, L.
履歴
登録2024年5月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*GP*T)-3')
C: ETS transcription factor ELK1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8633
ポリマ－20,8633
非ポリマー00
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, ELK1 can be pulled down by DNA., gel filtration, There was a shift of ELK1 co-injected with DNA from the position of free ELK1 or DNA in size exclusion chromatography.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3270 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area9500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.318, 62.345, 99.011
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*T)-3')


分子量: 4882.192 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Sus scrofa (ブタ)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*GP*T)-3')


分子量: 4913.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Sus scrofa (ブタ)
#3: タンパク質 ETS transcription factor ELK1


分子量: 11067.706 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: ELK1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4X1T8E2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.09 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.05 M TRIS hydrochloride pH 8.5, 0.2 M Ammonium chloride, 0.01 M Calcium chloride dihydrate, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 8912 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 39.15 Å2 / CC1/2: 0.958 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 840 / CC1/2: 0.817 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DUX

1dux


解像度: 2.4→29.73 Å / SU ML: 0.2576 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.1333
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 413 4.97 %
Rwork0.1931 7901 -
obs0.1957 8314 97.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数726 650 0 36 1412
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091471
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00562119
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0499229
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0118156
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d31.231410
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.750.28931170.24032506X-RAY DIFFRACTION94.42
2.75-3.460.2311460.2082628X-RAY DIFFRACTION98.82
3.46-29.730.2421500.17382767X-RAY DIFFRACTION98.58
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.19009567119 Å / Origin y: -5.68901637343 Å / Origin z: 18.8724260794 Å
111213212223313233
T0.177643055417 Å20.0196055660215 Å2-0.00515664494488 Å2-0.217152824203 Å20.0800260849453 Å2--0.2417526308 Å2
L3.30944080063 °20.219563869771 °2-1.40354926244 °2-4.08087266264 °20.57177136306 °2--3.50767536354 °2
S0.0834475306294 Å °0.117953981112 Å °0.181743026049 Å °0.0961283876177 Å °0.158513238445 Å °0.0483223115185 Å °-0.221710241953 Å °0.213566262228 Å °-0.199981301012 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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