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万見
- PDB-8zh6: Yeast-expressed polio type 2 expanded virus-like particles -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zh6
タイトルYeast-expressed polio type 2 expanded virus-like particles
要素
  • VP1
  • VP2
  • VP3
キーワードVIRAL PROTEIN / Poliovirus type 2 / virus-like particles / compact state
機能・相同性
機能・相同性情報


picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression ...picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral ...Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Poliovirus 2 (ポリオウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Hong, Q. / Cong, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: High-yield production, immunogenicity and structure of yeast-expressed polio type 2 stabilized virus-like particles
著者: Hong, Q. / Wang, S.X. / Wang, X.L. / Han, W.Y. / Chen, T. / Liu, Y. / Cheng, F. / Qin, S. / Zhao, S.T. / Liu, Q.W. / Cong, Y. / Huang, Z.
履歴
登録2024年5月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP1
C: VP3
B: VP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5803
ポリマ－89,5803
非ポリマー00
水00
1
A: VP1
C: VP3
B: VP2
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,374,817180
ポリマ－5,374,817180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: VP1
C: VP3
B: VP2
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 448 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)447,90115
ポリマ－447,90115
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: VP1
C: VP3
B: VP2
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 537 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)537,48218
ポリマ－537,48218
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 VP1


分子量: 33111.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Poliovirus 2 (ポリオウイルス) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: Q80I02, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 VP3


分子量: 26472.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Poliovirus 2 (ポリオウイルス) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: J3SGQ4, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 VP2


分子量: 29996.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Poliovirus 2 (ポリオウイルス) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: Q80I02, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Poliovirus 2 / タイプ: VIRUS
詳細: Yeast-expressed polio type 2 expanded virus-like particles
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Poliovirus 2 (ポリオウイルス)
由来(組換発現)生物種: Komagataella pastoris (菌類) / 株: Pichia pastoris
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

画像処理
IDImage recording-ID
11
21
CTF補正
IDEM image processing-IDタイプ
11PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
21PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
32PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
42PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成
ID解像度 (Å)解像度の算出法粒子像の数Image processing-IDEntry-ID対称性のタイプ
13.1FSC 0.143 CUT-OFF10778118ZH6POINT
23.1FSC 0.143 CUT-OFF10778118ZH6POINT
33.1FSC 0.143 CUT-OFF10778118ZH6POINT
43.1FSC 0.143 CUT-OFF10778118ZH6POINT
53.1FSC 0.143 CUT-OFF10778128ZH6POINT
63.1FSC 0.143 CUT-OFF10778128ZH6POINT
73.1FSC 0.143 CUT-OFF10778128ZH6POINT
83.1FSC 0.143 CUT-OFF10778128ZH6POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0014859
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4546619
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.068654
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041724
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004848

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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