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- PDB-8zh4: HIV-1 integrase core domain in complex with compound 5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zh4
タイトルHIV-1 integrase core domain in complex with compound 5
要素Integrase
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV / integrase / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated activation of host apoptosis / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...symbiont-mediated activation of host apoptosis / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Furuzono, T. / Orita, T. / Nomura, A. / Adachi, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2024
タイトル: Design and synthesis of novel and potent allosteric HIV-1 integrase inhibitors with a spirocyclic moiety.
著者: Adachi, K. / Manabe, T. / Yamasaki, T. / Suma, A. / Orita, T. / Furuzono, T. / Adachi, T. / Ohata, Y. / Akiyama, Y. / Miyazaki, S.
履歴
登録2024年5月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1755
ポリマ－18,4441
非ポリマー7314
水1,51384
1
A: Integrase
ヘテロ分子

A: Integrase
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
  • 38.3 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,34910
ポリマ－36,8872
非ポリマー1,4628
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area5190 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area12840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.300, 72.300, 66.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Integrase / IN


分子量: 18443.689 Da / 分子数: 1 / 変異: F185H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (NEW YORK-5 ISOLATE) (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P12497, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-A1L1V / (2~{S})-2-(4',5-dimethylspiro[1,2-dihydroindene-3,1'-cyclohexane]-4-yl)-2-[(2-methylpropan-2-yl)oxy]ethanoic acid


分子量: 344.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H32O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M sodium cacodylate, 0.2M ammonium sulfate, 7% (w/v) PEG 8000, 5mM DTT, soaking the crystal with 1mM compound 5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 300 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→45.56 Å / Num. obs: 18381 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 31.84 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 1.82→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.741 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 1077 / CC1/2: 0.885 / Rpim(I) all: 0.288 / Rrim(I) all: 0.796

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.82→45.56 Å / SU ML: 0.1573 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.4011
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2204 873 4.76 %
Rwork0.1913 17484 -
obs0.1927 18357 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→45.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1106 0 48 84 1238
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00531186
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60451614
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0459177
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041194
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6575426
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.82-1.930.27421310.22512863X-RAY DIFFRACTION99.97
1.93-2.080.22331500.182886X-RAY DIFFRACTION99.93
2.08-2.290.23641420.22182884X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.620.24181460.21322900X-RAY DIFFRACTION99.97
2.62-3.30.25811510.21232933X-RAY DIFFRACTION100
3.31-45.560.19151530.16923018X-RAY DIFFRACTION99.16
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.740606534053.33934375896-4.266809859912.24529582891-2.691019347563.28815848506-0.4513920443830.646297993025-0.767400002155-1.141561147510.312141628341-0.413919582490.6016222397280.3050938493680.05938817155840.346038345521-0.05753519445940.01289628221890.281473613425-0.07308493002560.35801821040723.912308286519.0253977116-7.98200953066
26.074117581572.55480186512-1.561831484677.25186678938-0.9076463662462.66070344170.1817540157840.4682495561920.5276400959220.0320389594228-0.1048846884250.172279023772-0.1493800921110.175117505072-0.02943758504280.2257779704320.01003498196590.01244642753760.2634049060690.0421396790220.23873132173423.724324525232.2005410741-10.1075962398
37.899172299553.85605118071-5.666900314453.85743497188-4.015599671277.605356318380.1896205727910.1352204435610.4596655232730.297424302974-0.1149513031280.264027343191-0.3633819969170.0106694856683-0.06164265722110.225466420968-0.00585554549336-0.01943323149360.213005715983-0.004446477560870.23723171611326.828540891730.00488995750.918828508715
44.853948412421.37849623245-5.25774997596.76850025389-0.8979715348146.17422487836-0.7239307590880.561582156012-0.725201543102-0.176234120452-0.0943573372967-0.5423596985030.75360263562-0.170818919270.6904253716980.220624295351-0.00386559811381-0.01291440162740.285119524799-0.03431374822040.23406484439526.862588230120.6795639198-5.91237351493
51.55294908709-0.994865554255-3.091518257920.6835819922191.66461280958.404870379160.03191217646550.08704324697680.229322589248-0.04480739194950.102798779246-0.332178822756-0.3253071142650.402166296303-0.1017970970760.2300521490380.004305977918460.01522867342850.389918553510.008081524389630.29332112796337.488618991926.8119589966-2.96194782313
65.966380896772.356914812682.255427567238.250346055044.395850960463.24237144897-0.04067889325051.29065375531-0.807096839047-1.06951533510.05586636550050.03872050510280.09791325228790.374030905481-0.1435173376690.3197532546970.06344980763080.01924381502620.42428566015-0.0353012034390.28144452470132.338400755918.31034687210.0514901120244
76.731441901263.357733406494.670161069088.59986661616-1.888646170875.8195107959-0.4442973761940.566440687295-0.524458017277-0.8788855356940.00235277047471-1.655625319420.771987919818-0.6624821492720.3522621628971.1999108301-0.1950985506590.1716640375730.846190548242-0.115257603940.47848155685830.503790347418.5398834425-19.489081207
85.02036828724-3.10543938449-1.030689414399.940004769484.542420645637.337363438850.5050885767581.52978647734-0.706244738333-0.805178121487-0.476936943610.3617015051510.242986896239-0.00774541518721-0.01956323895130.3907061561980.10494712634-0.03486393694520.7242060160490.02331966799010.35665250210815.432882268735.434217168-18.142552078
93.919430833650.593377456032-0.8597416206657.41033103871-2.674762940894.251421369240.04641302482750.525311764267-0.306099608228-0.325724643779-0.003607174090950.5134952644560.257379332373-0.405284704245-0.02173260904820.151659293511-0.0360866267134-0.01321599743240.297075052568-0.07489295921990.27011383551411.663133184426.943751825-8.47470953591
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 56 through 64 )56 - 641 - 9
22chain 'A' and (resid 66 through 93 )66 - 9311 - 38
33chain 'A' and (resid 94 through 107 )94 - 10739 - 52
44chain 'A' and (resid 108 through 117 )108 - 11753 - 62
55chain 'A' and (resid 118 through 129 )118 - 12963 - 74
66chain 'A' and (resid 131 through 140 )131 - 14076 - 85
77chain 'A' and (resid 141 through 153 )141 - 15386 - 91
88chain 'A' and (resid 154 through 168 )154 - 16892 - 106
99chain 'A' and (resid 169 through 208 )169 - 208107 - 141

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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