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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8zgu | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structural of HTNV Gn and AH100 Fab | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HTNV Gn / neutralizing antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / virion membrane / cell surface / signal transduction ...symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / virion membrane / cell surface / signal transduction / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Orthohantavirus hantanense (ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.51 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wang, F.R. / Wu, Y. / Gao, F. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structural of HTNV Gn and AH100 Fab 著者: Wang, F.R. / Wu, Y. / Gao, F. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8zgu.cif.gz | 372.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8zgu.ent.gz | 259.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8zgu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/8zgu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/8zgu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38604.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Orthohantavirus hantanense (ウイルス) 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A077D153 |
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#2: 抗体 | 分子量: 23832.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#3: 抗体 | 分子量: 22659.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.95 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M sodium citrate, pH5.5, 50% PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1.00389 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00389 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.51→50 Å / Num. obs: 20660 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.9 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.7 |
反射 シェル | 解像度: 3.51→3.72 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 10 / CC1/2: 0.856 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.51→48.26 Å / SU ML: 0.6447 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.3357 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 189.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.51→48.26 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 45.8566885518 Å / Origin y: 16.1207774466 Å / Origin z: 45.4897522119 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |