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- PDB-8zgd: The Crystal Structure of the NLRP1_LRR domain from Biortus. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zgd
タイトルThe Crystal Structure of the NLRP1_LRR domain from Biortus.
要素NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1, N-terminus
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Hydrolase / Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


NLRP1 inflammasome complex assembly / NLRP1 inflammasome complex / The NLRP1 inflammasome / NLRP3 inflammasome complex / self proteolysis / cysteine-type endopeptidase activator activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / pattern recognition receptor signaling pathway / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / cellular response to UV-B ...NLRP1 inflammasome complex assembly / NLRP1 inflammasome complex / The NLRP1 inflammasome / NLRP3 inflammasome complex / self proteolysis / cysteine-type endopeptidase activator activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / pattern recognition receptor signaling pathway / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / cellular response to UV-B / pattern recognition receptor activity / pyroptotic inflammatory response / response to muramyl dipeptide / signaling adaptor activity / antiviral innate immune response / activation of innate immune response / intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of interleukin-1 beta production / molecular condensate scaffold activity / protein homooligomerization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / positive regulation of inflammatory response / peptidase activity / double-stranded RNA binding / double-stranded DNA binding / regulation of inflammatory response / neuron apoptotic process / regulation of apoptotic process / defense response to virus / defense response to bacterium / inflammatory response / protein domain specific binding / apoptotic process / nucleolus / enzyme binding / signal transduction / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
FIIND domain / Function to find / UPA-FIIND domain / FIIND domain profile. / CARD8/ASC/NALP1, CARD domain / : / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain ...FIIND domain / Function to find / UPA-FIIND domain / FIIND domain profile. / CARD8/ASC/NALP1, CARD domain / : / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / DAPIN domain profile. / NACHT-NTPase domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Leucine Rich Repeat / Death-like domain superfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Qi, J. / Pan, W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of the NLRP1_LRR domain from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Qi, J. / Pan, W.
履歴
登録2024年5月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1, N-terminus
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4252
ポリマ－22,3331
非ポリマー921
水3,387188
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area160 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area9670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.582, 84.582, 132.495
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1161-

HOH

21A-1264-

HOH

31A-1265-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1, N-terminus / NLRP1-NT


分子量: 22332.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NLRP1, CARD7, DEFCAP, KIAA0926, NAC, NALP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9C000
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20mM MgCl2, 0.1M Tris pH 8.0, 19% polyacrylic acid 5100

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.952989 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.952989 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→49.13 Å / Num. obs: 18288 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.1 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.05→2.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.964 / Num. unique obs: 1387

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→49.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 3.428 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.147 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2209 916 5.023 %
Rwork0.1757 17320 -
all0.178 --
obs-18236 99.962 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 22.717 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.173 Å2-0.087 Å2-0 Å2
2---0.173 Å20 Å2
3---0.562 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→49.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1534 0 6 188 1728
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0121595
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0161600
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9291.8632156
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6541.7813688
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6865208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.628518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.0210315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.51070
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2258
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021902
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02364
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.2355
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1870.21479
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.2758
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0760.2930
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1980.2148
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1890.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.0890.210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1340.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2720.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6962.053799
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6852.052799
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0123.6731000
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.0123.6831001
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1342.743796
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.1312.743797
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.7614.7411150
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.7584.7411151
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.23221.911851
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other9.1621.3841806
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.1030.231680.2231248X-RAY DIFFRACTION99.9241
2.103-2.1610.225630.2121217X-RAY DIFFRACTION100
2.161-2.2230.217670.1891183X-RAY DIFFRACTION100
2.223-2.2910.241690.1761137X-RAY DIFFRACTION99.9172
2.291-2.3660.294580.1771113X-RAY DIFFRACTION100
2.366-2.4490.209620.1721070X-RAY DIFFRACTION100
2.449-2.5420.213490.1661064X-RAY DIFFRACTION100
2.542-2.6450.212430.1861024X-RAY DIFFRACTION100
2.645-2.7620.221490.174971X-RAY DIFFRACTION100
2.762-2.8970.255510.182936X-RAY DIFFRACTION100
2.897-3.0530.279460.193898X-RAY DIFFRACTION100
3.053-3.2370.255420.186848X-RAY DIFFRACTION100
3.237-3.460.204460.171792X-RAY DIFFRACTION100
3.46-3.7350.18330.146764X-RAY DIFFRACTION100
3.735-4.0890.178400.142690X-RAY DIFFRACTION100
4.089-4.5680.188300.137647X-RAY DIFFRACTION100
4.568-5.2670.196290.165576X-RAY DIFFRACTION100
5.267-6.4330.258360.219480X-RAY DIFFRACTION99.422
6.433-9.020.277180.2404X-RAY DIFFRACTION100
9.02-49.130.168170.193258X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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