PDB-8zf3: Quorum Sensing Master Regulator SmcR of Photobacterium profundum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zf3

タイトル

Quorum Sensing Master Regulator SmcR of Photobacterium profundum

要素

Hypothetical OpaR

キーワード

TRANSCRIPTION / Regulator

機能・相同性

: / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / Hypothetical OpaR

機能・相同性情報

生物種

Photobacterium profundum (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Basu Choudhury, G. / Saha, A. / Raychaudhuri, S. / Datta, S.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Quorum Sensing Master Regulator SmcR of Photobacterium profundum
著者: Basu Choudhury, G. / Saha, A. / Raychaudhuri, S. / Datta, S.

履歴

登録	2024年5月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zf3.cif.gz	206.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zf3.ent.gz	138.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zf3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/8zf3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/8zf3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7xxoS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical OpaR

B: Hypothetical OpaR

46.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.546, 45.901, 49.481
Angle α, β, γ (deg.)	92.620, 91.050, 99.940
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Hypothetical OpaR 分子量: 23406.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Photobacterium profundum (バクテリア) 遺伝子: SMCR, PBPRA3181 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6LMJ0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.45 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 30% (v/v) MPD ,100 mM Sodium acetate/ Acetic acid pH 4.5, 25% (w/v) PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER X8 PROTEUM / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→25.82 Å / Num. obs: 37767 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.1 % / B_iso Wilson estimate: 23.07 Å² / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 20
反射シェル	解像度: 1.78→1.84 Å / Num. unique obs: 3808 / CC_1/2: 0.871

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PROTEUM PLUS		データ削減
PROTEUM PLUS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7XXO

7xxo

解像度: 1.78→22.58 Å / SU ML: 0.1851 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.16 / 位相誤差: 26.6092
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2309	1687	4.78 %
R_work	0.19	33620	-
obs	0.192	35307	93.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→22.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3110	0	0	344	3454

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0123	3196
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.6017	4328
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0505	472
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0074	568
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.6196	420

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.78-1.83	0.2661	124	0.2585	2330	X-RAY DIFFRACTION	77.02
1.83-1.89	0.2774	125	0.2454	2472	X-RAY DIFFRACTION	83.48
1.89-1.96	0.2891	139	0.2432	2635	X-RAY DIFFRACTION	88.6
1.96-2.04	0.2905	126	0.2255	2780	X-RAY DIFFRACTION	92.46
2.04-2.13	0.2812	144	0.2176	2835	X-RAY DIFFRACTION	94.15
2.13-2.24	0.2518	149	0.2016	2877	X-RAY DIFFRACTION	96.22
2.24-2.38	0.2572	135	0.1921	2906	X-RAY DIFFRACTION	96.14
2.38-2.57	0.2292	144	0.1994	2902	X-RAY DIFFRACTION	97.29
2.57-2.82	0.2704	148	0.2034	2938	X-RAY DIFFRACTION	98.12
2.82-3.23	0.2388	162	0.1937	2963	X-RAY DIFFRACTION	99.21
3.23-4.07	0.1786	149	0.1643	2984	X-RAY DIFFRACTION	99.59
4.07-22.58	0.2085	142	0.166	2998	X-RAY DIFFRACTION	99.49

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.46427083359	1.06194423511	1.71034393506	2.66634459652	0.453365947647	5.22261944179	-0.102305449579	0.222931291233	0.120251986394	-0.0938887097327	0.0883486284167	0.199232062882	-0.36080477426	0.0664199321354	-0.0175148316648	0.204239455622	0.0111520205534	-0.0196015080275	0.216815577996	-0.0151208466464	0.19641374835	13.7405247214	-8.35620906215	26.2927523112
2	1.21078157619	0.102617169964	0.210948277402	2.40899682313	-0.747093520605	4.05399701402	-0.0183109995312	-0.0177694990278	-0.142135310032	0.134269302087	-0.00527578971398	-0.0449483696355	0.216059155804	-0.0468617175341	-0.0232874432761	0.154929170338	0.0339353947751	-0.0353327223016	0.134713644068	-0.0113697314558	0.178199477371	27.7144438299	-8.85646495409	46.7636822781
3	5.36219469012	2.25403075811	-2.60434824	6.54186633889	-4.05350589797	5.01399297736	-0.0531480307873	0.0607564814333	0.260192904646	-0.0116121904277	0.214460936777	0.268141643326	0.0340213699815	-0.202658262124	-0.210384642439	0.18777815282	0.0712704770665	-0.0523692845614	0.22382491236	-0.0217504243977	0.153681552072	29.4380552022	21.5569932466	27.4623587247
4	2.56639874279	-0.736864179394	2.25493515038	3.43350018879	-2.50489524901	7.55553099862	-0.0482554819637	-0.166731932847	0.0454543911852	0.0144200913542	0.0215440900549	-0.105223705674	0.00335670162802	0.0925671090087	0.0332723561891	0.141416628998	0.00641752525808	0.021614349169	0.180860405165	-0.0266378483192	0.127903161982	33.3501712758	18.6491635424	28.0158418643
5	0.748359602401	-0.258112770879	-0.228194956305	2.91966882047	0.40216125904	3.07552156201	-0.00575099624056	-0.0812541875563	0.00896619829232	0.135463522385	0.0552742157419	-0.265634415941	0.0332635697312	0.385646229231	-0.0118049848672	0.132899550396	0.0145567067832	-0.0121009151177	0.228863513521	-0.0161109544857	0.139193335455	35.5770585018	6.72584937178	48.5768193428

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 12 through 83 )	A	A	12 - 83	1 - 72
2	2	chain 'A' and (resid 84 through 202 )	A	A	84 - 202	73 - 191
3	3	chain 'B' and (resid 12 through 38 )	B	B	12 - 38	1 - 27
4	4	chain 'B' and (resid 39 through 83 )	B	B	39 - 83	28 - 72
5	5	chain 'B' and (resid 84 through 201 )	B	B	84 - 201	73 - 190

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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