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- PDB-8zem: Crystal Structure of NLRP3 NACHT domain in complex with NP3-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zem
タイトルCrystal Structure of NLRP3 NACHT domain in complex with NP3-1
要素NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3
キーワードIMMUNE SYSTEM / NLRP3 / Inhibitor / NP3-1
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of biotic stimulus / molecular sensor activity / phosphatidylinositol phosphate binding / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / NLRP3 inflammasome complex assembly / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / interphase microtubule organizing center / positive regulation of type 2 immune response / NLRP3 inflammasome complex / cysteine-type endopeptidase activator activity ...detection of biotic stimulus / molecular sensor activity / phosphatidylinositol phosphate binding / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / NLRP3 inflammasome complex assembly / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / interphase microtubule organizing center / positive regulation of type 2 immune response / NLRP3 inflammasome complex / cysteine-type endopeptidase activator activity / peptidoglycan binding / osmosensory signaling pathway / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-1 beta production / pyroptotic inflammatory response / positive regulation of interleukin-4 production / microtubule organizing center / negative regulation of acute inflammatory response / The NLRP3 inflammasome / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / signaling adaptor activity / protein maturation / positive regulation of interleukin-1 beta production / molecular condensate scaffold activity / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / defense response / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / Cytoprotection by HMOX1 / Metalloprotease DUBs / ADP binding / protein homooligomerization / cellular response to virus / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / negative regulation of inflammatory response / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of inflammatory response / cellular response to lipopolysaccharide / regulation of inflammatory response / protein-macromolecule adaptor activity / molecular adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / inflammatory response / Golgi membrane / innate immune response / apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / endoplasmic reticulum / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NACHT-associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / : / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain / NACHT nucleoside triphosphatase ...NACHT-associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / : / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / DAPIN domain profile. / NACHT-NTPase domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / Death-like domain superfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Shi, C. / Liu, Z.M.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Deep-Learning-Driven Discovery of SN3-1, a Potent NLRP3 Inhibitor with Therapeutic Potential for Inflammatory Diseases.
著者: Shi, C. / Gao, T. / Lyu, W. / Qiang, B. / Chen, Y. / Chen, Q. / Zhang, L. / Liu, Z.
履歴
登録2024年5月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1963
ポリマ－64,2431
非ポリマー9532
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance, The KD value is 6.9 nM
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area790 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area21930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.246, 97.246, 256.792
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3 / Angiotensin/vasopressin receptor AII/AVP-like / Caterpiller protein 1.1 / CLR1.1 / Cold-induced ...Angiotensin/vasopressin receptor AII/AVP-like / Caterpiller protein 1.1 / CLR1.1 / Cold-induced autoinflammatory syndrome 1 protein / Cryopyrin / PYRIN-containing APAF1-like protein 1


分子量: 64243.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NLRP3, C1orf7, CIAS1, NALP3, PYPAF1 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス)
参照: UniProt: Q96P20, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物 ChemComp-A1D79 / 1-[5-[2,3-bis(chloranyl)phenyl]-2,3-dihydro-1~{H}-inden-4-yl]-3-[4-(2-oxidanylpropan-2-yl)thiophen-2-yl]sulfonyl-urea


分子量: 525.468 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H22Cl2N2O4S2
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.91 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 23~25 % w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 5,000 ;100 mM MES pH 6.3~6.7 ;200 mM Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.32→84.22 Å / Num. obs: 6782 / % possible obs: 60.1 % / 冗長度: 36.5 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.77 / Rpim(I) all: 0.127 / Rrim(I) all: 0.78 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 3.32→3.797 Å / Rmerge(I) obs: 2.702 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 339 / CC1/2: 0.749 / Rpim(I) all: 0.468 / Rrim(I) all: 2.745 / % possible all: 9.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROC1.1.7データ削減
STARANISO1.1.7データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.32→84.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.84 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.754 / SU B: 61.032 / SU ML: 0.839 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.34679 348 5.1 %RANDOM
Rwork0.30474 ---
obs0.30687 6434 60.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 83.869 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.54 Å20.27 Å20 Å2
2--0.54 Å2-0 Å2
3----1.74 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.32→84.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3910 0 60 0 3970
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0134059
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0153914
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5071.6545465
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2661.5869005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7285465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.42521.606218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.25715756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.4881528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2506
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024417
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02975
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8878.9461884
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8878.9451883
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.66713.3992341
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.66613.42342
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4368.9912175
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.4368.9912175
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.91613.4373125
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.7618504
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.768505
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.325→3.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.431 14 -
obs--1.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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