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万見
- PDB-8zek: Cryo-EM structure of the E. coli BrxX methyltransferase complexed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zek
タイトルCryo-EM structure of the E. coli BrxX methyltransferase complexed with Ocr
要素
  • Protein Ocr
  • site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated evasion of host restriction-modification system / DNA modification / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / methylation / nucleic acid binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response
類似検索 - 分子機能
: / B-form DNA mimic Ocr / DNA mimic ocr / Protein Ocr / Type II restriction enzyme and methyltransferase RM.Eco57I-like / Eco57I restriction-modification methylase / : / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / Protein Ocr
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia phage T7 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Zhu, L. / Xu, T.H. / Sun, L.T.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32271314 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31600593 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024
タイトル: Ocr-mediated suppression of BrxX unveils a phage counter-defense mechanism.
著者: Shen Li / Tianhao Xu / Xinru Meng / Yujuan Yan / Ying Zhou / Lei Duan / Yulong Tang / Li Zhu / Litao Sun /
要旨: The burgeoning crisis of antibiotic resistance has directed attention to bacteriophages as natural antibacterial agents capable of circumventing bacterial defenses. Central to this are the bacterial ...The burgeoning crisis of antibiotic resistance has directed attention to bacteriophages as natural antibacterial agents capable of circumventing bacterial defenses. Central to this are the bacterial defense mechanisms, such as the BREX system, which utilizes the methyltransferase BrxX to protect against phage infection. This study presents the first in vitro characterization of BrxX from Escherichia coli, revealing its substrate-specific recognition and catalytic activity. We demonstrate that BrxX exhibits nonspecific DNA binding but selectively methylates adenine within specific motifs. Kinetic analysis indicates a potential regulation of BrxX by the concentration of its co-substrate, S-adenosylmethionine, and suggests a role for other BREX components in modulating BrxX activity. Furthermore, we elucidate the molecular mechanism by which the T7 phage protein Ocr (Overcoming classical restriction) inhibits BrxX. Despite low sequence homology between BrxX from different bacterial species, Ocr effectively suppresses BrxX's enzymatic activity through high-affinity binding. Cryo-electron microscopy and biophysical analyses reveal that Ocr, a DNA mimic, forms a stable complex with BrxX, highlighting a conserved interaction interface across diverse BrxX variants. Our findings provide insights into the strategic counteraction by phages against bacterial defense systems and offer a foundational understanding of the complex interplay between phages and their bacterial hosts, with implications for the development of phage therapy to combat antibiotic resistance.
履歴
登録2024年5月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月11日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月11日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月11日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月11日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月11日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月11日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月16日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月16日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
B: Protein Ocr
C: Protein Ocr


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,6813
ポリマ－165,6813
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)


分子量: 138043.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pglX, B6R15_003960 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A5E9SEK5, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
#2: タンパク質 Protein Ocr / Gene product 0.3 / Gp0.3 / Overcome classical restriction / Ocr


分子量: 13819.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia phage T7 (ファージ) / 遺伝子: 0.3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03775
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The complex of E. coli BrxX methyltransferase with Ocr from bacteriophage T7
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm
撮影電子線照射量: 54 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 448285 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
精密化最高解像度: 3.15 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00211809
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.61815981
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.8241560
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0381720
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0032089

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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