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- PDB-8zeh: PSI-FCPI-L in Thalassiosira pseudonana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zeh
タイトルPSI-FCPI-L in Thalassiosira pseudonana
要素
  • (Fucoxanthin chl a/c light-harvesting ...) x 5
  • (Fucoxanthin chlorophyll a/c light-harvesting ...) x 3
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 8
  • Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq8
  • Photosystem I iron-sulfur center
  • Pt17531-like protein
  • Tp-Lhcr18
  • Tp-Lhcr20
  • Tp-PsaR
  • Tp-RedCAP
キーワードPHOTOSYNTHESIS / photosystem I
機能・相同性
機能・相同性情報


light-harvesting complex / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus ...light-harvesting complex / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily ...Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A86 / BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / Chem-DD6 / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / Chem-ET4 / Chlorophyll c1 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE ...Chem-A86 / BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / Chem-DD6 / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / Chem-ET4 / Chlorophyll c1 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-SQD / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I iron-sulfur center / Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein, major type / Uncharacterized protein / Fucoxanthin chlorophyll a/c light-harvesting protein / Uncharacterized protein / Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein / Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein / Fucoxanthin chlorophyll a/c light-harvesting protein, lhcr type / Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein / Fucoxanthin chlorophyll a/c light-harvesting protein / Uncharacterized protein / Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein, lhcr type / Pt17531-like protein / PSAE, photosystem I reaction center subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Feng, Y. / Li, Z. / Wang, W. / Shen, J.R.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences2020081 中国
引用ジャーナル: J Integr Plant Biol / 年: 2025
タイトル: Structures of PSI-FCPI from Thalassiosira pseudonana grown under high light provide evidence for convergent evolution and light-adaptive strategies in diatom FCPIs.
著者: Yue Feng / Zhenhua Li / Yang Yang / Lili Shen / Xiaoyi Li / Xueyang Liu / Xiaofei Zhang / Jinyang Zhang / Fei Ren / Yuan Wang / Cheng Liu / Guangye Han / Xuchu Wang / Tingyun Kuang / Jian-Ren ...著者: Yue Feng / Zhenhua Li / Yang Yang / Lili Shen / Xiaoyi Li / Xueyang Liu / Xiaofei Zhang / Jinyang Zhang / Fei Ren / Yuan Wang / Cheng Liu / Guangye Han / Xuchu Wang / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Wenda Wang /
要旨: Diatoms rely on fucoxanthin chlorophyll a/c-binding proteins (FCPs) for light harvesting and energy quenching under marine environments. Here we report two cryo-electron microscopic structures of ...Diatoms rely on fucoxanthin chlorophyll a/c-binding proteins (FCPs) for light harvesting and energy quenching under marine environments. Here we report two cryo-electron microscopic structures of photosystem I (PSI) with either 13 or five fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Is (FCPIs) at 2.78 and 3.20 Å resolutions from Thalassiosira pseudonana grown under high light (HL) conditions. Among them, five FCPIs are stably associated with the PSI core, these include Lhcr3, RedCAP, Lhcq8, Lhcf10, and FCP3. The eight additional Lhcr-type FCPIs are loosely associated with the PSI core and detached under the present purification conditions. The pigments of this centric diatom showed a higher proportion of chlorophylls a, diadinoxanthins, and diatoxanthins; some of the chlorophyll as and diadinoxanthins occupy the locations of fucoxanthins found in the huge PSI-FCPI from another centric diatom Chaetoceros gracilis grown under low-light conditions. These additional chlorophyll as may form more energy transfer pathways and additional diadinoxanthins may form more energy dissipation sites relying on the diadinoxanthin-diatoxanthin cycle. These results reveal the assembly mechanism of FCPIs and corresponding light-adaptive strategies of T. pseudonana PSI-FCPI, as well as the convergent evolution of the diatom PSI-FCPI structures.
履歴
登録2024年5月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tp-Lhcr18
B: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq8
C: Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein, major type
E: Tp-RedCAP
F: Tp-Lhcr20
G: Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein, lhcr type
H: Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein
I: Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein
J: Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein
K: Fucoxanthin chlorophyll a/c light-harvesting protein
L: Fucoxanthin chlorophyll a/c light-harvesting protein
M: Fucoxanthin chlorophyll a/c light-harvesting protein, lhcr type
a: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
d: Photosystem I reaction center subunit II
e: Photosystem I reaction center subunit IV
f: Photosystem I reaction center subunit III
g: Photosystem I reaction center subunit Psa29
i: Photosystem I reaction center subunit VIII
j: Photosystem I reaction center subunit IX
l: Photosystem I reaction center subunit XI
m: Photosystem I reaction center subunit XII
r: Tp-PsaR
D: Pt17531-like protein
b: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
c: Photosystem I iron-sulfur center
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)802,304391
ポリマ－511,13625
非ポリマー291,168366
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 7種, 7分子 ABEFrDc

#1: タンパク質 Tp-Lhcr18


分子量: 16623.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
#2: タンパク質 Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq8


分子量: 18249.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻) / 参照: UniProt: B8C770
#4: タンパク質 Tp-RedCAP


分子量: 20184.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
#5: タンパク質 Tp-Lhcr20


分子量: 18561.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
#22: タンパク質 Tp-PsaR


分子量: 9740.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻) / 参照: UniProt: B8BRQ8
#23: タンパク質 Pt17531-like protein


分子量: 18091.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻) / 参照: UniProt: B8CEQ3
#25: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8675.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻) / 参照: UniProt: A0T0W4, photosystem I

-
Fucoxanthin chl a/c light-harvesting ... , 5種, 5分子 CGHIJ

#3: タンパク質 Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein, major type


分子量: 18537.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻) / 参照: UniProt: B5YM25
#6: タンパク質 Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein, lhcr type


分子量: 18926.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻) / 参照: UniProt: B8C8Q0
#7: タンパク質 Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein


分子量: 18522.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻) / 参照: UniProt: B8C2K6
#8: タンパク質 Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein


分子量: 18706.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻) / 参照: UniProt: B8C0K3
#9: タンパク質 Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein


分子量: 19792.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻) / 参照: UniProt: B8BYV4

-
Fucoxanthin chlorophyll a/c light-harvesting ... , 3種, 3分子 KLM

#10: タンパク質 Fucoxanthin chlorophyll a/c light-harvesting protein


分子量: 19044.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻) / 参照: UniProt: B8C2Y4
#11: タンパク質 Fucoxanthin chlorophyll a/c light-harvesting protein


分子量: 23791.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻) / 参照: UniProt: B8BU33
#12: タンパク質 Fucoxanthin chlorophyll a/c light-harvesting protein, lhcr type


分子量: 18608.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻) / 参照: UniProt: B8C0K4

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Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 ab

#13: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PSI-A / PsaA


分子量: 82691.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻) / 参照: UniProt: A0T0M8, photosystem I
#24: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PSI-B / PsaB


分子量: 82042.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻) / 参照: UniProt: A0T0M9, photosystem I

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Photosystem I reaction center subunit ... , 8種, 8分子 defgijlm

#14: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II


分子量: 14732.663 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻) / 参照: UniProt: A0T0T5
#15: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV


分子量: 7133.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻) / 参照: UniProt: B8LEQ8
#16: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III / PSI-F


分子量: 17617.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻) / 参照: UniProt: A0T0V0
#17: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit Psa29


分子量: 13936.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻) / 参照: UniProt: B8BUW3
#18: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII / PSI-I


分子量: 3604.257 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻) / 参照: UniProt: A0T0S9
#19: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / PSI-J


分子量: 4707.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻) / 参照: UniProt: A0T0V1
#20: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI / PSI subunit V / PSI-L


分子量: 15469.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻) / 参照: UniProt: A0T0U5
#21: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit XII / PSI-M


分子量: 3143.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻) / 参照: UniProt: A0T0S1

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糖 , 1種, 1分子

#37: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 11種, 365分子

#26: 化合物...
ChemComp-DD6 / (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol / Diadinoxanthin


分子量: 582.855 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#27: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#28: 化合物
ChemComp-KC1 / Chlorophyll c1


分子量: 610.941 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H30MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#29: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#30: 化合物...
ChemComp-A86 / (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate / Fucoxanthin


分子量: 658.906 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H58O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#31: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#32: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#33: 化合物 ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#34: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#35: 化合物 ChemComp-ET4 / (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15-octaen-17-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol / Diatoxanthin / ジアトキサンチン


分子量: 566.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#36: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Tp-PSI-FCPI-L / タイプ: COMPLEX
Entity ID: #2-#3, #23, #4, #7, #13, #24-#25, #14-#16, #18-#22, #5-#6, #8-#12, #1, #17
由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 129097 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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