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万見
- PDB-8ze4: MPXV mRNA cap N7 methyltransferase mutant-H122D -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ze4
タイトルMPXV mRNA cap N7 methyltransferase mutant-H122D
要素
  • mRNA-capping enzyme catalytic subunit
  • mRNA-capping enzyme regulatory subunit OPG124
キーワードTRANSFERASE / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


inorganic triphosphate phosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / DNA-templated transcription termination / virion component / mRNA guanylyltransferase activity / mRNA guanylyltransferase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
mRNA-capping enzyme catalytic subunit, OB fold domain superfamily / mRNA-capping enzyme catalytic subunit, nucleotidyltransferase domain superfamily / mRNA-capping enzyme catalytic subunit, RNA triphosphatase domain superfamily / : / : / mRNA capping enzyme catalytic subunit, GTase, NTPase domain / mRNA-capping enzyme catalytic subunit, GTase, OB fold / Poxvirus mRNA capping enzyme, small subunit / mRNA capping enzyme, large subunit, ATPase/guanylyltransferase, virus / Poxvirus mRNA capping enzyme, small subunit superfamily ...mRNA-capping enzyme catalytic subunit, OB fold domain superfamily / mRNA-capping enzyme catalytic subunit, nucleotidyltransferase domain superfamily / mRNA-capping enzyme catalytic subunit, RNA triphosphatase domain superfamily / : / : / mRNA capping enzyme catalytic subunit, GTase, NTPase domain / mRNA-capping enzyme catalytic subunit, GTase, OB fold / Poxvirus mRNA capping enzyme, small subunit / mRNA capping enzyme, large subunit, ATPase/guanylyltransferase, virus / Poxvirus mRNA capping enzyme, small subunit superfamily / Poxvirus mRNA capping enzyme, small subunit / mRNA capping enzyme catalytic subunit, RNA triphosphatase domain / mRNA cap guanine-N7 methyltransferase / mRNA (guanine-N(7))-methyltransferase domain / mRNA (guanine-N(7))-methyltransferase domain / mRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase (EC 2.1.1.56) domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / mRNA-capping enzyme catalytic subunit / mRNA-capping enzyme regulatory subunit OPG124
類似検索 - 構成要素
生物種Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.33 Å
データ登録者Chen, A.k. / Li, J.X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China) 中国
引用ジャーナル: Emerg Microbes Infect / 年: 2024
タイトル: Structural basis of the monkeypox virus mRNA cap N7 methyltransferase complex.
著者: Chen, A. / Fang, N. / Zhang, Z. / Wen, Y. / Shen, Y. / Zhang, Y. / Zhang, L. / Zhao, G. / Ding, J. / Li, J.
履歴
登録2024年5月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mRNA-capping enzyme catalytic subunit
B: mRNA-capping enzyme regulatory subunit OPG124
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5313
ポリマ－68,1322
非ポリマー3981
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area24490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.560, 136.560, 177.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 mRNA-capping enzyme catalytic subunit / Virus termination factor large subunit / VTF large subunit / mRNA-capping enzyme 97 kDa subunit / ...Virus termination factor large subunit / VTF large subunit / mRNA-capping enzyme 97 kDa subunit / mRNA-capping enzyme D1 subunit / mRNA-capping enzyme large subunit


分子量: 34632.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: E1CTD
由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
遺伝子: OPG113, MPXVgp098 / 発現宿主: Escherichia (バクテリア)
参照: UniProt: A0A7H0DN85, polynucleotide 5'-phosphatase, mRNA guanylyltransferase, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase
#2: タンパク質 mRNA-capping enzyme regulatory subunit OPG124 / Virus termination factor small subunit / mRNA-capping enzyme 33 kDa subunit / mRNA-capping enzyme ...Virus termination factor small subunit / mRNA-capping enzyme 33 kDa subunit / mRNA-capping enzyme D12 subunit / mRNA-capping enzyme small subunit


分子量: 33499.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: E12
由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
遺伝子: OPG124, MPXVgp109 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7H0DN96
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.01 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 2.0 M Sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.33→44.7 Å / Num. obs: 14964 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 23.1 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 3.33→3.42 Å / 冗長度: 23.1 % / Num. unique obs: 1081 / CC1/2: 0.716

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
XDSデータスケーリング
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.33→44.7 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3131 677 4.54 %
Rwork0.2767 --
obs0.2783 14905 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.33→44.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4414 0 27 0 4441
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024543
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5846162
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.15625
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042710
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004778
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.33-3.590.40591310.36652772X-RAY DIFFRACTION100
3.59-3.950.30521380.30332775X-RAY DIFFRACTION100
3.95-4.520.27281510.28242786X-RAY DIFFRACTION100
4.52-5.690.31261190.26722872X-RAY DIFFRACTION100
5.69-44.70.31611380.25123023X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.681 Å / Origin y: 47.4067 Å / Origin z: -5.7368 Å
111213212223313233
T0.7515 Å2-0.0873 Å2-0.1539 Å2-0.5994 Å2-0.0133 Å2--0.6866 Å2
L2.0368 °2-0.8847 °21.458 °2-0.5901 °2-0.7793 °2--1.477 °2
S0.3307 Å °-0.455 Å °0.0127 Å °-0.1345 Å °-0.1323 Å °-0.04 Å °0.2901 Å °-0.4803 Å °0.0574 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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