PDB-8zdx: Crystal structure of MjHKU4r-CoV-1 RBD bound to hDPP4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zdx

タイトル

Crystal structure of MjHKU4r-CoV-1 RBD bound to hDPP4

要素

Dipeptidyl peptidase 4 membrane form
Spike glycoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Complex of a pangolin coronavirus spike protein bound to receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

glucagon processing / negative regulation of neutrophil chemotaxis / regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / negative regulation of extracellular matrix disassembly / dipeptidyl-peptidase IV / chemorepellent activity / psychomotor behavior / intercellular canaliculus / dipeptidyl-peptidase activity ...
類似検索 - 分子機能

Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / : / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Pangolin coronavirus HKU4 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Yang, M. / Li, Z. / Xu, Y. / Zhang, S.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2024
タイトル: Structural basis for human DPP4 receptor recognition by a pangolin MERS-like coronavirus.
著者: Yang, M. / Li, Z. / Chen, J. / Li, Y. / Xu, R. / Wang, M. / Xu, Y. / Chen, R. / Ji, W. / Li, X. / Wei, J. / Zhou, Z. / Ren, M. / Ma, K. / Guan, J. / Mo, G. / Zhou, P. / Shu, B. / Guo, J. / ...

履歴

登録	2024年5月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zdx.cif.gz	776.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zdx.ent.gz	651 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8zdx_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8zdx_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	8zdx_validation.xml.gz	73.4 KB	表示
CIF形式データ	8zdx_validation.cif.gz	91.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/8zdx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/8zdx	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8ze6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (10) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (1) #149 - 2012年5月レプチン (Leptin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dipeptidyl peptidase 4 membrane form

C: Dipeptidyl peptidase 4 membrane form

D: Spike glycoprotein

B: Spike glycoprotein

ヘテロ分子

219 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.980, 121.901, 144.664
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.82, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACDB

#1: タンパク質	Dipeptidyl peptidase 4 membrane form / Dipeptidyl peptidase IV membrane form 分子量: 84577.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPP4, ADCP2, CD26 発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス) 参照: UniProt: P27487
#2: タンパク質	Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein 分子量: 23020.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Sequence reference for source organism Pangolin coronavirus HKU4 is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id A0AAE8ZFM2. 由来: (組換発現) Pangolin coronavirus HKU4 (ウイルス) 発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス) 参照: UniProt: A0AAE8ZFM2

#1: タンパク質

Dipeptidyl peptidase 4 membrane form / Dipeptidyl peptidase IV membrane form

分子量: 84577.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPP4, ADCP2, CD26
発現宿主:

Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: P27487

#2: タンパク質

Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein

分子量: 23020.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Sequence reference for source organism Pangolin coronavirus HKU4 is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id A0AAE8ZFM2.
由来: (組換発現)

Pangolin coronavirus HKU4 (ウイルス)
発現宿主:

Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: A0AAE8ZFM2

-
糖 , 3種, 11分子

#3: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 24分子

#6: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.9 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.0) and 10% (wt/vol) PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 79444 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.95 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.85
反射シェル	解像度: 2.6→2.75 Å / Num. unique obs: 12098 / CC_1/2: 0.372

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→19.69 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2519	3934	4.98 %
R_work	0.2077	-	-
obs	0.2099	78995	98.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15152	0	261	23	15436

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	15837
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.485	21531
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.973	5727
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	2337
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2724

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.63	0.4757	110	0.4262	1837	X-RAY DIFFRACTION	70
2.63-2.66	0.4591	152	0.4061	2678	X-RAY DIFFRACTION	99
2.66-2.7	0.3919	172	0.3914	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.73	0.3821	132	0.3807	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.77	0.3999	132	0.3707	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.81	0.3806	149	0.3583	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.86	0.4115	127	0.3409	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-2.9	0.3675	173	0.3298	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-2.95	0.3157	147	0.3141	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.01	0.3434	136	0.3086	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.07	0.3335	143	0.2939	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.13	0.3347	146	0.262	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.2	0.3252	130	0.2535	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.27	0.3142	141	0.2568	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.35	0.2882	120	0.2393	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.44	0.2928	147	0.2343	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.54	0.2866	146	0.2246	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.54-3.66	0.2711	129	0.2137	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
3.66-3.78	0.2397	135	0.2	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
3.78-3.94	0.2641	149	0.1956	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
3.94-4.11	0.2299	126	0.1812	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
4.11-4.33	0.202	140	0.1689	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
4.33-4.6	0.1689	131	0.1518	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6-4.94	0.1732	152	0.1522	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
4.95-5.43	0.2096	152	0.1611	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
5.43-6.2	0.2395	137	0.1857	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2-7.73	0.2533	132	0.196	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
7.73-19.69	0.2064	148	0.1633	2771	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4714	0.5518	-0.2797	0.414	0.4343	2.5751	-0.3257	-0.5838	0.3538	0.0548	-0.1901	0.4321	0.0391	-1.1666	0.3761	0.8467	0.1014	0.0699	1.7137	0.0257	1.024	10.6251	75.5172	129.5702
2	1.2405	-0.2456	0.4353	2.4332	0.3723	2.3395	-0.0962	-0.3581	0.0984	0.0735	-0.0038	0.2961	-0.3711	-0.1667	0.1914	0.8164	0.0369	0.0421	1.1697	0.0552	0.8242	32.9587	81.2449	134.505
3	0.9804	-0.1574	0.1526	1.0693	-0.2473	1.9218	0.0048	-0.5806	-0.1309	0.3856	0.0255	0.0214	0.3675	-0.3105	-0.031	0.8561	-0.0014	0.0145	1.1675	0.2252	0.7852	41.3423	65.3174	136.3304
4	2.3204	0.6787	0.9981	1.5959	-0.4544	2.9154	0.1673	-0.9377	-0.5889	0.3444	0.1957	0.2878	0.4234	-0.2422	-0.3486	1.3207	-0.2955	0.0852	1.5849	0.4794	1.018	27.7002	47.627	144.3336
5	1.4589	0.1368	-0.0129	0.7684	-0.2262	2.4038	0.0242	-0.4068	-0.4492	0.1338	-0.0067	0.1881	0.9054	-0.7133	-0.0099	0.9315	-0.2847	0.0227	0.9867	0.2558	0.8501	21.5798	50.2637	118.6783
6	2.4487	-0.3909	-0.3011	3.4573	-0.2973	4.5915	0.2132	-0.0059	-0.0712	-0.092	-0.0999	0.3219	0.5269	-0.733	-0.0916	0.7152	-0.0738	0.007	0.8286	0.1324	0.7571	28.8055	62.2736	101.1393
7	2.6651	0.8743	0.1555	1.0396	0.6919	1.3778	-0.0648	0.2916	-0.25	0.0873	0.2276	-0.3649	0.4424	0.7324	-0.1807	0.7348	0.188	-0.007	0.968	-0.0063	0.7756	66.4731	65.0216	76.0695
8	1.4705	0.46	-0.1499	1.3186	-0.3931	1.7624	0.0023	0.0057	-0.1134	0.0784	0.0126	-0.2559	0.0497	0.6405	-0.0171	0.4807	0.0068	0.0059	0.8266	0.0646	0.6753	66.3629	83.3748	94.1906
9	1.0374	0.1755	-0.3013	0.8732	0.2537	1.8702	0.01	0.316	0.1314	-0.1729	0.0107	0.0985	-0.2111	-0.1615	-0.0227	0.4969	0.0863	-0.029	0.669	0.1418	0.6097	44.6268	82.7309	75.1564
10	1.444	-1.2171	-0.2366	1.8742	-1.1613	2.214	0.1416	-1.1616	0.3251	0.9366	-0.1474	-0.2415	-0.4967	0.9522	0.0389	1.1525	0.0366	0.0438	1.7176	0.0759	0.6603	84.9665	122.7556	114.3075
11	1.878	1.4658	0.6621	4.0306	-0.5884	3.5281	0.018	-0.4472	-0.1246	0.1241	-0.1093	-0.4896	0.0115	0.7738	0.0095	0.6855	0.0579	-0.0489	1.1268	-0.0321	0.7313	88.1163	121.2784	101.5751
12	3.4617	-0.5757	-1.1897	4.8377	-1.0969	2.9024	-0.1187	-0.7229	-0.0067	0.7635	0.233	-0.1411	-0.1681	1.1841	-0.1725	0.8081	-0.0527	0.085	0.8001	0.0072	0.5341	76.6209	110.5119	104.6592
13	5.9581	3.0709	1.031	3.3934	1.9211	1.2789	-0.0184	0.171	0.1669	-0.0953	0.234	-0.1249	-0.1108	0.3359	-0.1608	0.8077	0.0311	-0.0751	1.0824	0.0742	0.7678	65.2591	117.1995	90.5914
14	3.2156	-1.1892	0.4358	0.8292	0.6995	1.9425	0.3755	-1.203	-0.3104	1.1047	-0.1539	0.0428	0.4995	-0.0205	-0.0242	1.0691	-0.0446	0.1227	1.4278	0.132	0.8609	69.0128	109.5343	105.5635
15	7.2413	-0.3505	1.8462	7.3103	0.1576	4.8595	-0.2068	-0.8084	0.5367	0.4475	-0.0331	0.6648	0.0617	-0.6682	0.2904	0.7653	0.0085	-0.003	1.1417	0.0442	0.8312	59.1649	116.8829	97.8855
16	4.9373	-1.686	0.9201	4.6232	-0.2861	3.0564	0.0789	-0.6181	-0.1078	0.2123	0.2245	-0.403	0.5888	0.458	-0.3967	0.8797	-0.053	0.0585	0.7111	0.1414	0.8784	75.0728	106.067	102.8462
17	4.5878	2.7188	-0.9242	2.3745	-2.4074	5.2846	0.1735	-0.2203	0.5011	1.2097	0.1038	-0.2436	-1.0918	0.6679	-0.3218	0.8989	-0.043	0.0033	1.2727	-0.1353	0.8033	90.508	130.8129	104.7449
18	0.2025	-0.1387	-0.143	0.9401	-0.2256	0.2283	-0.2132	0.4761	0.39	-0.2298	0.3833	-0.4179	-0.6899	1.2655	-0.2998	1.0959	-0.3927	0.0834	2.0418	0.0304	1.0325	73.6558	70.1361	164.5601
19	0.2866	0.0546	0.124	1.7034	1.7623	3.2871	-0.3092	0.1657	0.4442	0.2405	0.6282	-0.9054	-0.2555	1.7278	-0.4007	1.0036	-0.0388	-0.0546	2.0363	-0.2418	1.2528	77.4184	64.7723	173.3283
20	4.3127	0.0622	1.8113	4.3218	-3.0061	4.496	-1.0063	-0.0604	0.163	0.5679	1.1466	-0.9818	-1.288	-0.2901	-0.0535	1.3805	0.0502	-0.0355	1.3819	-0.1486	1.1898	65.0129	73.5847	175.2416
21	3.9739	-1.2996	0.8381	4.8952	-1.8454	5.6116	-0.1454	-0.9178	0.5523	0.6733	0.6116	-0.8035	-0.6004	0.4693	-0.3251	1.0873	-0.1144	-0.0198	1.7141	-0.2256	1.0128	69.3139	64.5397	176.8782
22	2.0208	-0.9518	0.8906	3.6056	-1.1395	3.8742	-0.0138	-0.5427	0.0785	-0.2592	0.4222	0.2328	-0.0597	-0.4047	-0.5875	0.9101	0.0168	0.0966	1.2831	0.1549	0.871	57.8664	64.1475	166.1362
23	5.092	1.2105	-1.7211	2.1183	-1.4545	1.1926	-0.1546	-0.8159	-0.0097	0.1153	0.724	-0.3163	1.1731	-0.6965	-0.5269	1.7302	-0.2804	-0.0068	1.5023	0.1045	1.051	68.5964	80.951	160.2954
24	4.0066	-0.809	1.5884	2.1919	2.7051	5.1471	0.3723	0.4876	0.1285	-0.2768	0.1808	0.0328	0.1899	0.7362	-0.495	1.2115	-0.0071	0.0416	1.4383	0.297	0.8837	59.3243	57.7308	150.0669
25	3.7955	-2.5687	-1.9106	6.0241	3.5875	2.7773	-0.025	0.4688	-0.4982	-0.3465	0.3229	-0.0699	0.451	0.359	-0.0558	1.2877	0.1457	-0.0058	1.6077	0.1827	0.9255	62.0857	54.8817	145.2679
26	2.1405	0.8007	1.2543	0.9788	2.149	4.8882	-0.2536	0.3906	1.143	-0.4606	-0.3347	-0.4362	-1.0191	0.7399	0.5438	1.237	-0.2504	0.0187	1.3769	0.1346	1.0799	63.3046	73.6947	165.1845
27	5.3099	5.7067	1.1158	6.5311	-0.0731	4.2587	0.1005	-0.7922	-0.6764	1.7982	-0.3706	-2.8655	0.6007	2.0474	0.1859	1.3291	0.2133	-0.3725	1.9702	-0.1738	1.2543	77.1168	57.2191	182.3013

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 38 through 118 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 119 through 206 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 207 through 363 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 364 through 413 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 414 through 712 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 713 through 766 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 38 through 143 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 144 through 297 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 298 through 766 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 389 through 403 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 404 through 492 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 493 through 514 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 515 through 534 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 535 through 546 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 547 through 560 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 561 through 574 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 575 through 596 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 389 through 407 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 408 through 418 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 419 through 434 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 435 through 455 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 456 through 492 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'B' and (resid 493 through 503 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'B' and (resid 504 through 547 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'B' and (resid 548 through 569 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'B' and (resid 570 through 583 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'B' and (resid 584 through 594 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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