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万見
- PDB-8zd5: Crystal structure of E40K variant of Cu/Zn-superoxide dismutase f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zd5
タイトルCrystal structure of E40K variant of Cu/Zn-superoxide dismutase from dog (Canis familiaris) in the holo form complexed with 22E1 Fv-clasp
要素
  • 22E1VH-SARAH
  • 22E1VL-SARAH
  • Superoxide dismutase [Cu-Zn]
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Complex / Antibody / SOD1
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / removal of superoxide radicals / reactive oxygen species metabolic process / peroxisome / copper ion binding / mitochondrion / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Canis lupus familiaris (イヌ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Shino, Y. / Furukawa, Y. / Muraki, N.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Disulfide-mediated oligomerization of mutant Cu/Zn-superoxide dismutase associated with canine degenerative myelopathy.
著者: Shino, Y. / Muraki, N. / Kobatake, Y. / Kamishina, H. / Kato, R. / Furukawa, Y.
履歴
登録2024年5月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: 22E1VH-SARAH
F: 22E1VL-SARAH
E: 22E1VH-SARAH
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
D: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
G: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
J: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: 22E1VH-SARAH
C: 22E1VL-SARAH
L: 22E1VL-SARAH
K: 22E1VH-SARAH
I: 22E1VL-SARAH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,57220
ポリマ－213,05612
非ポリマー5168
水00
1
H: 22E1VH-SARAH
G: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
J: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
L: 22E1VL-SARAH
K: 22E1VH-SARAH
I: 22E1VL-SARAH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,78610
ポリマ－106,5286
非ポリマー2584
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: 22E1VL-SARAH
E: 22E1VH-SARAH
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
D: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: 22E1VH-SARAH
C: 22E1VL-SARAH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,78610
ポリマ－106,5286
非ポリマー2584
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)167.915, 82.213, 187.612
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: 抗体
22E1VH-SARAH


分子量: 19194.514 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質
22E1VL-SARAH


分子量: 18204.660 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: タンパク質
Superoxide dismutase [Cu-Zn]


分子量: 15864.773 Da / 分子数: 4 / Mutation: E40K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 遺伝子: SOD1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle(DE3) / 参照: UniProt: Q8WNN6, superoxide dismutase
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 20% (w/v) polyethylene glycol 4000, 0.1M Tris pH 8.5, 0.2M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→48.11 Å / Num. obs: 53258 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.89→2.98 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4024 / CC1/2: 0.58 / Rpim(I) all: 0.74

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0403精密化
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.89→48.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 21.199 / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.391 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24921 2671 5 %RANDOM
Rwork0.20106 ---
obs0.20347 50587 97.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 98.162 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.63 Å20 Å20.58 Å2
2--4.11 Å20 Å2
3----6.64 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.89→48.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14151 0 8 0 14159
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01214458
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01613341
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1141.65119535
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3771.57630874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.88351832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.016566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.848102474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0510.22134
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216846
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023122
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.5139.6267391
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.5069.6267391
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.3917.2889202
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other11.3917.2889203
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.87110.4317067
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.87110.4317068
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other13.90318.83710334
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined16.97994.7815099
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other16.9894.7815100
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.894→2.969 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.414 175 -
Rwork0.365 3404 -
obs--89.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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