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- PDB-8zcs: Crystal structure of the MBP-MCL1 complex with highly selective a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zcs
タイトルCrystal structure of the MBP-MCL1 complex with highly selective and potent Cyclic peptide inhibitor
要素
  • Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
  • TYR-LEU-LEU-PHE-TRP-ARG-ASP-GLU-LEU-ILE-LEU-LEU-CCJ-NH2
キーワードAPOPTOSIS / Inhibitor / molecular glue / cyclic peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis ...positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / response to cytokine / negative regulation of autophagy / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / release of cytochrome c from mitochondria / cell chemotaxis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / positive regulation of neuron apoptotic process / outer membrane-bounded periplasmic space / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / periplasmic space / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Mcl-1 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like ...Apoptosis regulator, Mcl-1 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltotetraose / alpha-maltopentaose / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Li, F.W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: De novo discovery of a molecular glue-like macrocyclic peptide that induces MCL1 homodimerization.
著者: Li, F. / Zhang, M. / Liu, C. / Cheng, J. / Yang, Y. / Peng, X. / Li, Z. / Cai, W. / Yu, H. / Wu, J. / Guo, Y. / Geng, H. / Fa, Y. / Zhang, Y. / Wu, D. / Yin, Y.
履歴
登録2024年4月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
C: TYR-LEU-LEU-PHE-TRP-ARG-ASP-GLU-LEU-ILE-LEU-LEU-CCJ-NH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,5385
ポリマ－117,0433
非ポリマー1,4952
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area40350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.854, 75.709, 121.222
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L- ...MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT


分子量: 57644.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: malE, b4034, JW3994, MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: Q07820
#2: タンパク質・ペプチド TYR-LEU-LEU-PHE-TRP-ARG-ASP-GLU-LEU-ILE-LEU-LEU-CCJ-NH2


分子量: 1754.101 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotetraose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltopentaose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.73 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 Tris pH 8.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→50 Å / Num. obs: 24254 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.979 / CC star: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Rpim(I) all: 0.094 / Rrim(I) all: 0.204 / Χ2: 1.007 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.853.60.60110530.5020.8180.3440.6970.95982.8
2.85-2.93.60.61610820.5550.8450.3580.7180.96882.6
2.9-2.963.70.64510340.6670.8950.3680.7480.95382.9
2.96-3.0240.61211270.6870.9020.340.7060.95785.9
3.02-3.084.10.60711220.730.9190.3290.6951.06285.8
3.08-3.154.10.52811080.8110.9460.2820.6020.9487.6
3.15-3.234.10.48911490.8270.9510.2630.5591.00889.1
3.23-3.324.10.43211900.8370.9550.2390.4971.04290.6
3.32-3.4240.42411950.8290.9520.2360.4881.00993.1
3.42-3.534.30.37612350.8390.9550.2020.431.1196
3.53-3.654.40.30512680.9230.980.1610.3471.04896.4
3.65-3.84.30.27812620.9370.9840.1490.3171.1197.4
3.8-3.974.70.23212790.9540.9880.1210.2631.08598.8
3.97-4.184.60.19112910.9710.9920.0990.2161.07499.2
4.18-4.444.60.17312920.9770.9940.090.1951.08499.6
4.44-4.794.50.14413120.9860.9960.0750.1631.05899.8
4.79-5.274.60.14512970.9810.9950.0740.1641.03199.9
5.27-6.035.10.15312960.9830.9960.0750.1710.94499.9
6.03-7.594.90.11513210.9870.9970.0570.1290.999.4
7.59-504.90.0613410.9950.9990.0290.0670.79798.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.79→47.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.845 / SU B: 21.076 / SU ML: 0.408 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.573 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29554 1036 4.9 %RANDOM
Rwork0.2045 ---
obs0.20887 20113 80.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.449 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.85 Å20 Å2-1.11 Å2
2---2.09 Å20 Å2
3---3.1 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.79→47.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7870 0 111 161 8142
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0138172
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177650
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4491.65811105
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1821.59717625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.11551009
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.36823.416401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.052151315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.191537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.21103
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.029184
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021828
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3085.0094055
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3085.0094054
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.3287.5035054
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.3287.5035055
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1965.2164117
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1945.2164117
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.2727.6976051
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.76794.83934589
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.76694.87634552
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 15396 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.79→2.859 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 50 -
Rwork0.271 939 -
obs--51.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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