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- PDB-8zcc: Crystal structure of HCoV-NL63 main protease with X77 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zcc
タイトルCrystal structure of HCoV-NL63 main protease with X77
要素HCoV-NL63 main protease
キーワードVIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 5'-3' DNA helicase activity / 3'-5'-RNA exonuclease activity / mRNA guanylyltransferase / endonuclease activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity ...host cell membrane / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 5'-3' DNA helicase activity / 3'-5'-RNA exonuclease activity / mRNA guanylyltransferase / endonuclease activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA helicase / methyltransferase cap1 activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / regulation of autophagy / viral protein processing / lyase activity / RNA helicase / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Nonstructural protein 14, alphacoronavirus / RNA-dependent RNA polymerase, alphacoronavirus / : / Non-structural protein 5, alphacoronavirus / Non-structural protein 6, alphacoronavirus / Nonstructural protein 2, HCoV-229E-like / AAA domain / Pectin lyase fold/virulence factor / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus ...Nonstructural protein 14, alphacoronavirus / RNA-dependent RNA polymerase, alphacoronavirus / : / Non-structural protein 5, alphacoronavirus / Non-structural protein 6, alphacoronavirus / Nonstructural protein 2, HCoV-229E-like / AAA domain / Pectin lyase fold/virulence factor / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / : / Coronavirus replicase NSP7 / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus papain-like peptidase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-X77 / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Human coronavirus NL63 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Xu, J. / Li, W.W. / Yin, X.S. / Li, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of HCoV-NL63 main protease with X77
著者: Xu, J. / Li, W.W. / Yin, X.S. / Li, J.
履歴
登録2024年4月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HCoV-NL63 main protease
B: HCoV-NL63 main protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5604
ポリマ－64,6412
非ポリマー9192
水6,756375
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area24990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.852, 82.235, 64.136
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.416, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 HCoV-NL63 main protease / 3CL-PRO / 3CLp / M-PRO / nsp5 / p34


分子量: 32320.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human coronavirus NL63 (ウイルス)
遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: P0C6X5, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-X77 / N-(4-tert-butylphenyl)-N-[(1R)-2-(cyclohexylamino)-2-oxo-1-(pyridin-3-yl)ethyl]-1H-imidazole-4-carboxamide


分子量: 459.583 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate, 16% w/v Polyethylene glycol 3350, pH5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.978951 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→51.49 Å / Num. obs: 89859 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 17.4006910356 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 1.55→1.63 Å / Rmerge(I) obs: 1.43 / Num. unique obs: 13113

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→37.13 Å / SU ML: 0.183027823512 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33752171184 / 位相誤差: 22.9157839014
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.213568081262 4283 4.81869423849 %
Rwork0.192660497265 84600 -
obs0.193663496262 88883 98.327341114 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.5262203244 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→37.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4456 0 68 375 4899
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005994414454724632
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8593596673536310
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0608796257297714
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00545004687547806
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.398106088522614
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.56350.304654683551320.2815338550932454X-RAY DIFFRACTION85.4311199207
1.5635-1.58190.3510438609061420.2772096119762644X-RAY DIFFRACTION92.7738927739
1.5819-1.60120.299206987571420.2779268271862657X-RAY DIFFRACTION94.7208121827
1.6012-1.62140.3053279697761510.2631753193332757X-RAY DIFFRACTION97.5184439973
1.6214-1.64280.2615818323371440.2566342836052866X-RAY DIFFRACTION98.8830486202
1.6428-1.66530.2994483925761580.2435304324722778X-RAY DIFFRACTION99.2227103751
1.6653-1.6890.2409765038631490.2336489550682888X-RAY DIFFRACTION99.6718083361
1.689-1.71430.2622881736771370.226854603432832X-RAY DIFFRACTION99.6643168849
1.7143-1.7410.2625345488681640.2338729833582836X-RAY DIFFRACTION99.8336106489
1.741-1.76960.2906684587261610.2278461737082831X-RAY DIFFRACTION99.7998665777
1.7696-1.80010.2476180209431370.2174196971512861X-RAY DIFFRACTION99.8667554963
1.8001-1.83280.2515407068761520.2235871955322838X-RAY DIFFRACTION99.3355481728
1.8328-1.86810.2222130371891250.2083019795372848X-RAY DIFFRACTION99.6313672922
1.8681-1.90620.252025028311340.2042111235412896X-RAY DIFFRACTION99.6055226824
1.9062-1.94770.2491824082321250.2002290495272863X-RAY DIFFRACTION99.566811063
1.9477-1.9930.2238372128241410.1982598560682777X-RAY DIFFRACTION97.6246236199
1.993-2.04280.2250643182581440.1942038015662861X-RAY DIFFRACTION99.8338870432
2.0428-2.0980.2259863114671380.1992652367632891X-RAY DIFFRACTION99.901055409
2.098-2.15980.212892885471510.1929461983462844X-RAY DIFFRACTION100
2.1598-2.22950.195071652161390.1984897229572855X-RAY DIFFRACTION99.7335109927
2.2295-2.30910.2248798685361600.1990952586532856X-RAY DIFFRACTION99.6036988111
2.3091-2.40160.2343048988721500.2027368960852861X-RAY DIFFRACTION99.7350115932
2.4016-2.51090.2210002113291450.2052372985312835X-RAY DIFFRACTION99.7322623829
2.5109-2.64320.2254581112471490.2059482976352877X-RAY DIFFRACTION99.637800461
2.6432-2.80870.2255523391811170.2040705766692872X-RAY DIFFRACTION99.3683510638
2.8087-3.02550.2160117492211120.1941522712362876X-RAY DIFFRACTION98.5163204748
3.0255-3.32980.1856288019471560.1885269378312797X-RAY DIFFRACTION97.5553353155
3.3298-3.81120.2036084635921460.1696046770232847X-RAY DIFFRACTION98.5187623436
3.8112-4.80010.1451403475161440.1476777084552832X-RAY DIFFRACTION97.8303747535
4.8001-37.130.1768362810951380.1563938975812870X-RAY DIFFRACTION96.8448164842

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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