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- PDB-8zbo: Crystal structure of the biphotochromic fluorescent protein moxSA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zbo
タイトルCrystal structure of the biphotochromic fluorescent protein moxSAASoti (F97M variant) in its green on-state
要素F97M variant of the biphotochromic fluorescent protein moxSAASoti
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / moxSAASoti / point mutant / chromophore / mSAASoti / SAASoti / biphotochromic
機能・相同性NITRATE ION / TRIETHYLENE GLYCOL
機能・相同性情報
生物種Stylocoeniella armata (むかしさんご)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Boyko, K.M. / Matyuta, I.O. / Marynich, N.K. / Minyaev, M.E. / Khadiyatova, A.A. / Popov, V.O. / Savitsky, A.P.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation075-15-2021-1354 ロシア
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2024
タイトル: Single-point substitution F97M leads to in cellulo crystallization of the biphotochromic protein moxSAASoti.
著者: Marynich, N.K. / Boyko, K.M. / Matyuta, I.O. / Minyaev, M.E. / Khadiyatova, A.A. / Popov, V.O. / Savitsky, A.P.
履歴
登録2024年4月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年7月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
C: F97M variant of the biphotochromic fluorescent protein moxSAASoti
A: F97M variant of the biphotochromic fluorescent protein moxSAASoti
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,00111
ポリマ－50,3552
非ポリマー6469
水4,414245
1
C: F97M variant of the biphotochromic fluorescent protein moxSAASoti
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5507
ポリマ－25,1781
非ポリマー3726
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area9320 Å2
手法PISA
2
A: F97M variant of the biphotochromic fluorescent protein moxSAASoti
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4524
ポリマ－25,1781
非ポリマー2743
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area9040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.652, 81.254, 98.813
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 F97M variant of the biphotochromic fluorescent protein moxSAASoti


分子量: 25177.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stylocoeniella armata (むかしさんご)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.49 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Magnesium nitrate hexahydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54184 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→21.83 Å / Num. obs: 29554 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 11 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 1.17 / Net I/σ(I): 27.3 / Num. measured all: 325806
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / % possible obs: 98 % / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.449 / Num. measured all: 23609 / Num. unique obs: 2110 / CC1/2: 0.954 / Rpim(I) all: 0.138 / Rrim(I) all: 0.47 / Χ2: 0.87 / Net I/σ(I) obs: 5.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
Aimlessデータスケーリング
CrysalisProデータ削減
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→21.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 7.616 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23107 1475 5 %RANDOM
Rwork0.17764 ---
obs0.18041 27773 97.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.436 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.56 Å20 Å2-0 Å2
2---0.33 Å2-0 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→21.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3321 0 42 245 3608
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0123503
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0163177
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.261.8334714
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8841.7637366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.4665412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.103527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.48210582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2495
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.024022
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02796
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0761.5251663
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0761.5261663
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9482.7212063
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9482.7212064
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0761.8981840
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0761.8991841
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.5013.3142651
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.5717.793743
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.56917.793744
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 103 -
Rwork0.201 1977 -
obs--97.47 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.37930.41190.25382.0810.2611.91940.00410.0052-0.11750.0338-0.0051-0.10960.12740.11670.0010.01250.0050.00410.0092-0.0010.017-4.188212.5092-14.6154
21.55940.6341-0.04742.0753-0.52671.9610.0126-0.0720.25310.2137-0.0550.1376-0.2871-0.10220.04240.05840.0109-0.00630.0246-0.00870.051910.080842.7526-8.3062
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C7 - 221
2X-RAY DIFFRACTION2A8 - 219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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