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- PDB-8zbf: Crystal structure of the A58-T10 DNA aptamer in complex with SARS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zbf
タイトルCrystal structure of the A58-T10 DNA aptamer in complex with SARS-CoV-2 N-NTD
要素
  • DNA (40-MER)
  • Nucleoprotein
キーワードDNA / aptamer / A58 / nucleocapsid protein / SARS-CoV-2
機能・相同性
機能・相同性情報


: / response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling ...: / response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / protein sequestering activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / NOD1/2 Signaling Pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / molecular condensate scaffold activity / MHC class I protein complex / Interleukin-1 signaling / Interferon alpha/beta signaling / RNA stem-loop binding / viral capsid / PIP3 activates AKT signaling / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / viral nucleocapsid / host cell Golgi apparatus / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host extracellular space / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / host cell perinuclear region of cytoplasm / ribonucleoprotein complex / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Chen, X. / Huang, L.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171191 中国
Other privateYXQH202418
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular characterization and broad-spectrum mechanism of coronavirus N protein aptamer
著者: Chen, X. / Huang, L.
履歴
登録2024年4月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月7日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
C: Nucleoprotein
D: Nucleoprotein
E: DNA (40-MER)
F: DNA (40-MER)
G: DNA (40-MER)
H: DNA (40-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,78010
ポリマ－108,7348
非ポリマー462
水00
1
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
E: DNA (40-MER)
F: DNA (40-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3905
ポリマ－54,3674
非ポリマー231
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area26800 Å2
手法PISA
2
C: Nucleoprotein
D: Nucleoprotein
G: DNA (40-MER)
H: DNA (40-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3905
ポリマ－54,3674
非ポリマー231
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area26380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.970, 92.480, 77.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.54, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Nucleoprotein / N / Nucleocapsid protein / NC / Protein N


分子量: 14837.537 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: N / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC9
#2: DNA鎖
DNA (40-MER)


分子量: 12345.954 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.69 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.05 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 30% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.978565 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978565 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→35.48 Å / Num. obs: 24893 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.322 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1854 / CC1/2: 0.681

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.1_5286: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX(1.20.1_4487)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 6M3M and Double stranded DNA built by coot nucleotide builder

6m3m


解像度: 2.8→35.48 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2609 1138 4.59 %
Rwork0.2166 --
obs0.2187 24816 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→35.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3801 3235 2 0 7038
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067540
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91410919
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.7393156
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531179
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.015862
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.930.40451560.34882941X-RAY DIFFRACTION100
2.93-3.080.29941450.33162954X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.270.39861190.30682912X-RAY DIFFRACTION98
3.27-3.530.31411380.252960X-RAY DIFFRACTION99
3.53-3.880.26891420.22132964X-RAY DIFFRACTION100
3.88-4.440.22631540.19052943X-RAY DIFFRACTION100
4.44-5.590.22891390.18362994X-RAY DIFFRACTION100
5.59-35.480.21431450.17233010X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.30331.3766-1.91862.8853-1.38212.63540.0439-0.2235-0.10950.3151-0.0188-0.07210.08750.36080.07350.41520.0220.00480.3338-0.01930.432275.16066.7642-41.445
26.85111.6926-0.06635.1565-0.27822.8384-0.02850.80171.4309-0.2180.14110.0664-0.7410.3174-0.14310.43-0.03010.08570.35330.02130.530875.289218.1266-47.5031
31.08071.58870.25363.3703-0.5891.2904-0.44710.341-0.55-0.15130.0762-0.1630.29450.11840.17370.45330.01030.08250.47980.02010.46372.07843.0733-49.7895
40.61560.6022-1.56430.9551-1.65063.93780.583-0.98920.035-0.588-1.1572-1.3005-0.67040.01920.26810.6080.07810.04480.5571-0.00190.53274.29748.84332.9295
53.7756-0.2782-0.76465.44232.35516.44680.01180.15-0.1009-0.4268-0.27770.4465-0.4281-1.23960.15380.35210.08360.03560.7487-0.01640.43-6.43416.32062.6716
62.20991.2463.5148.71640.15026.1931-0.2698-0.54131.6911-1.6515-0.92011.5146-2.3913-1.7509-0.32211.21980.16730.0276-0.22280.42270.2777-1.012119.2444.9548
76.36141.4992.01967.65665.24727.08980.1616-0.7001-0.6220.4053-0.235-0.30540.5996-0.3915-0.21270.3860.0610.01120.60620.13820.4215-0.63981.80389.637
84.3426-0.6863.30120.293-0.48582.53130.5904-0.3752-2.72950.09530.1923-0.1846-0.53180.028-0.55190.43160.01750.0040.52550.06070.6136-29.470717.6793-47.6145
92.6134-0.5072.56251.1223-0.8823.30150.2671-0.2183-0.1668-0.18550.04350.6924-0.4951-1.0264-0.04390.51340.09350.05560.62820.06190.7343-45.480124.2566-50.7417
106.1660.46773.0163.419-1.30432.98270.4187-0.5842-0.48880.3165-0.02110.35110.1403-0.4637-0.37050.43950.02470.05130.41850.06560.6248-36.845419.7904-45.9361
118.8448-1.734-3.24026.07251.08215.96470.41650.0126-0.6039-0.0147-0.14150.06321.2156-1.7013-0.45020.4162-0.0144-0.10290.48370.12450.8038-45.379911.5659-47.9821
125.37571.79353.14965.80240.513.29170.782-0.7508-2.08220.4073-0.08980.03641.4158-0.165-0.67260.61580.1168-0.0690.51690.09810.8882-33.37447.0584-50.4291
133.33130.72742.17923.76620.53455.4301-0.27130.80990.41520.0633-0.13290.1216-0.48680.06020.36410.39680.0109-0.01350.32330.05040.4267-35.612124.4892-54.2275
141.73220.14451.29550.92740.22984.02450.0576-0.2297-0.1765-0.4074-0.1161-0.32870.41951.3457-0.11950.53060.1466-0.03760.7926-0.25030.562940.199823.48232.9449
151.42451.1659-0.00688.3139-1.6136.89350.25170.494-0.3998-0.4959-0.081-0.24130.55461.0818-0.10150.39340.29640.01821.024-0.1070.723340.987216.03991.4955
165.12094.6930.68598.56660.13620.15870.19561.34360.8733-1.7687-0.2641.4385-0.28531.93390.10170.8706-0.2861-0.01691.4051-0.13110.469734.506535.9191-13.1175
174.8394-0.49511.46984.5096-0.75415.07930.06270.5338-0.8019-0.3715-0.14420.28330.75370.70760.05170.6060.1665-0.02330.8561-0.2510.614838.869215.3399-1.2575
181.4755-1.9098-0.20252.89130.15580.93910.1088-0.94610.60361.19140.4367-0.0535-1.59121.25680.01360.6812-0.0923-0.06221.04220.02370.484642.463529.968.4303
198.97292.8059-3.67734.2828-2.9574.2337-0.2394-0.88830.59740.28310.13051.12060.3509-1.0140.00560.54110.07310.06280.7427-0.01430.777956.0769-0.3891-31.7689
209.87450.8779-2.72980.9169-1.25772.5006-0.5425-0.3078-0.3838-0.22180.1161-0.4774-0.04550.90260.40590.7395-0.0130.01911.3598-0.17490.955525.0822-0.5221-19.9393
217.162-1.9778-0.693.6786-0.4654.65770.15280.1712-0.0234-0.1723-0.19080.15780.31590.50520.09440.4326-0.00910.06730.4828-0.06750.629713.8647-0.8353-7.5717
227.258-3.4674-2.58572.2628-0.12743.9473-0.41060.8635-0.6254-0.5642-0.7396-0.3446-1.72050.64291.20650.643-0.06250.00090.9309-0.04660.885623.12590.1111-12.281
239.0543-0.3785-1.70721.2062-0.40671.9532-0.5891-0.2112-0.08880.3073-0.07810.1109-0.0358-0.15440.44180.6680.10440.08951.5138-0.15070.825448.5895-0.1151-20.0849
248.1598-1.8566-1.3432.20231.54252.02910.6858-0.846-1.01760.8543-0.0522-1.11661.6021-2.4647-0.64950.8625-0.144-0.00531.77380.18951.1611-27.613721.696-21.917
258.9725-0.44042.0793.30941.41544.1738-0.3357-1.60440.53830.62360.09751.5559-0.4713-0.26790.7270.77430.09940.08820.8229-0.09560.9476-22.184533.7662-35.0722
265.81031.29270.95063.1934-1.02771.7516-0.25180.44330.4429-0.27420.2191-0.7529-0.26170.09030.02140.54960.03320.08860.463-0.05130.7011-19.954229.4206-43.3515
275.31110.94371.16992.9831-1.51551.5642-0.3858-0.7463-0.5841-0.089-0.0944-0.26610.94491.25440.04570.73040.07480.11090.90620.03890.8596-10.899125.0262-34.2333
282.6936-0.58152.99411.58751.17864.2189-0.9609-0.097-0.20160.41110.2780.14090.0008-0.24220.65520.7093-0.07680.04761.0674-0.05030.763910.515128.3878-23.6398
296.8484-2.25343.64985.45661.99637.2391-0.28110.03360.0028-0.27520.42040.0531-0.08470.0793-0.12950.3817-0.04880.02380.7137-0.07340.697721.580328.8259-11.5445
309.31622.10952.5627-0.21430.2140.0138-0.5321-0.2072-0.45540.07940.15970.3515-0.0113-0.50060.44170.6465-0.01640.09021.2164-0.05011.1107-6.026627.7694-21.6569
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 48 through 129 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 130 through 149 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 150 through 173 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 48 through 55 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 56 through 139 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 140 through 149 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 150 through 173 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 48 through 55 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 56 through 73 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 74 through 118 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 119 through 139 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 140 through 149 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 150 through 173 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 49 through 78 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 79 through 90 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 91 through 106 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 107 through 159 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 160 through 173 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 1 through 25 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 26 through 40 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 1 through 20 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 22 through 26 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 27 through 40 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'G' and (resid 1 through 5 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'G' and (resid 6 through 10 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'G' and (resid 11 through 20 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'G' and (resid 21 through 25 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'G' and (resid 26 through 40 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'H' and (resid 1 through 20 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'H' and (resid 22 through 40 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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