PDB-8zaz: Crystal structure of Chitinase 3-like protein 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zaz

タイトル

Crystal structure of Chitinase 3-like protein 1

要素

Chitinase-3-like protein 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / CHI3L1 / Liver fibrosis biomarkers

機能・相同性

機能・相同性情報

response to interleukin-6 / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / cartilage development / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / extracellular matrix structural constituent / chitin catabolic process / chitin binding / response to tumor necrosis factor / response to mechanical stimulus / extracellular matrix ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.31 Å

データ登録者

Zhao, H.L. / Huang, M.D. / Jiang, L.G.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Chitinase 3-like protein 1
著者: Zhao, H.L. / Huang, M.D. / Jiang, L.G.

履歴

登録	2024年4月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zaz.cif.gz	304.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zaz.ent.gz	238.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zaz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8zaz_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8zaz_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	8zaz_validation.xml.gz	61.8 KB	表示
CIF形式データ	8zaz_validation.cif.gz	80.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/8zaz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/8zaz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chitinase-3-like protein 1

B: Chitinase-3-like protein 1

C: Chitinase-3-like protein 1

D: Chitinase-3-like protein 1

ヘテロ分子

163 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.480, 122.390, 137.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Chitinase-3-like protein 1 / 39 kDa synovial protein / Cartilage glycoprotein 39 / CGP-39 / GP-39 / hCGP-39 / YKL-40

分子量: 40536.758 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHI3L1 / 発現宿主: Mammalia (両生類) / 参照: UniProt: P36222

#2: 糖

ChemComp-NGA / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / N-acetyl-beta-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGalpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-galactopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GalpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GalNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.58 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10% PEG8000, 0.5 M NaCl, 0.1 M sodium citrate pH 3.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.31→50.84 Å / Num. obs: 81373 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / R_merge(I) obs: 0.167 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 2.31→2.37 Å / R_merge(I) obs: 1.844 / Num. unique obs: 5941

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.31→49.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 8.852 / SU ML: 0.204 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.293 / ESU R Free: 0.235 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2568	3961	4.872 %
R_work	0.2013	77336	-
all	0.204	-	-
obs	-	81297	99.964 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.425 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.866 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.668 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.534 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.31→49.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11412	0	60	252	11724

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	11780
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	10848
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.688	1.808	15956
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.594	1.762	24952
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.338	5	1440
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.611	5	76
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.339	10	1900
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.878	10	544
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	1700
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	14064
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2928
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	2367
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	9801
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	5761
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	5928
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.219	0.2	364
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.029	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.221	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.179	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.371	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.092	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.201	4.943	5772
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.201	4.943	5772
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.623	8.882	7208
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.623	8.882	7209
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.591	5.559	6008
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.591	5.56	6009
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.543	9.941	8748
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.543	9.941	8749
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.236	52.985	13157
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.237	52.991	13154

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.31-2.37	0.372	298	0.322	5631	0.324	5930	0.912	0.925	99.9831	0.301
2.37-2.435	0.358	287	0.302	5487	0.305	5776	0.917	0.936	99.9654	0.275
2.435-2.505	0.355	270	0.281	5370	0.285	5641	0.916	0.945	99.9823	0.25
2.505-2.582	0.344	262	0.265	5198	0.268	5460	0.923	0.954	100	0.231
2.582-2.666	0.367	274	0.255	5044	0.261	5320	0.924	0.959	99.9624	0.218
2.666-2.76	0.301	256	0.237	4870	0.24	5126	0.939	0.964	100	0.202
2.76-2.864	0.299	222	0.222	4746	0.226	4970	0.943	0.967	99.9598	0.19
2.864-2.98	0.285	214	0.219	4577	0.221	4791	0.948	0.969	100	0.188
2.98-3.112	0.25	215	0.206	4373	0.208	4588	0.958	0.972	100	0.182
3.112-3.263	0.291	239	0.217	4166	0.221	4405	0.941	0.969	100	0.195
3.263-3.439	0.259	194	0.202	4011	0.205	4205	0.957	0.975	100	0.187
3.439-3.647	0.23	199	0.194	3770	0.196	3969	0.968	0.98	100	0.183
3.647-3.897	0.215	178	0.188	3567	0.189	3745	0.971	0.98	100	0.183
3.897-4.207	0.234	163	0.169	3343	0.172	3506	0.968	0.983	100	0.169
4.207-4.605	0.213	151	0.159	3077	0.161	3228	0.972	0.984	100	0.165
4.605-5.143	0.192	129	0.148	2809	0.15	2938	0.978	0.987	100	0.158
5.143-5.929	0.238	149	0.179	2471	0.183	2621	0.971	0.984	99.9618	0.185
5.929-7.236	0.268	119	0.197	2121	0.201	2240	0.951	0.981	100	0.204
7.236-10.127	0.187	84	0.147	1687	0.148	1771	0.974	0.987	100	0.168
10.127-49.97	0.241	58	0.229	1018	0.23	1083	0.96	0.964	99.3536	0.267

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関連情報:EMDBヘッダ

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