PDB-8zav: alcohol dehydrogenases KpADH mutant - S9Y/F161K

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zav

タイトル

alcohol dehydrogenases KpADH mutant - S9Y/F161K

要素

NAD-dependent epimerase/dehydratase domain-containing protein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / KpADH / Complex / Alcohol dehydrogenases

機能・相同性

: / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NAD-dependent epimerase/dehydratase domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Vanderwaltozyma polyspora DSM 70294 (菌類)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Zhang, L. / Ni, Y. / Xu, G.C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Engineering alcohol dehydrogenases KpADH for enhanced organic-solvent tolerance and its molecular mechanisms
著者: Zhang, L. / Ni, Y. / Xu, G.C.

履歴

登録	2024年4月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zav.cif.gz	146.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zav.ent.gz	115.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zav.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8zav_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8zav_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8zav_validation.xml.gz	25.8 KB	表示
CIF形式データ	8zav_validation.cif.gz	34.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/8zav ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/8zav	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NAD-dependent epimerase/dehydratase domain-containing protein

B: NAD-dependent epimerase/dehydratase domain-containing protein

ヘテロ分子

79.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NAD-dependent epimerase/dehydratase domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
39.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: NAD-dependent epimerase/dehydratase domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.440, 103.440, 134.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	NAD-dependent epimerase/dehydratase domain-containing protein 分子量: 39007.246 Da / 分子数: 2 / 変異: S9Y/F161K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vanderwaltozyma polyspora DSM 70294 (菌類) 遺伝子: Kpol_529p27 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A7TM80
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.96 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Crystal Screen

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→48.34 Å / Num. obs: 17103 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.94 / Net I/σ(I): 4.8
反射シェル	解像度: 2.9→3.07 Å / Num. unique obs: 2824 / CC_1/2: 0.636

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.9→48.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.876 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.813 / SU B: 27.147 / SU ML: 0.465 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.511 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28837	875	5.1 %	RANDOM
R_work	0.23931	-	-	-
obs	0.24179	16225	93.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.203 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.68 Å²	-0.84 Å²	0 Å²
2-	-	-1.68 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.9→48.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5498	0	104	6	5608

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	5730
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5394
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.171	1.973	7772
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.728	3	12486
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.61	5	682
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.064	25.662	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.503	15	1010
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.656	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	868
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	6378
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.612	1.828	2734
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.612	1.828	2733
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.136	2.74	3414
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.136	2.74	3415
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.387	1.849	2996
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.387	1.849	2996
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.759	2.749	4359
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	1.96	20.735	6353
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	1.959	20.737	6352
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 11434 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.974 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.37	84	-
R_work	0.365	1203	-
obs	-	-	95.83 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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